qui/motif_editor/MotifElement.hpp

   1 #ifndef MOTIFELEMENT_HPP_
   2 #define MOTIFELEMENT_HPP_
   3
   4 #include <QColor>
   5 #include <QString>
   6
   7 #include "alg/color.hpp"
   8 #include "alg/sequence.hpp"
   9
  10 class MotifElement {
  11 public:
  12   MotifElement();
  13   MotifElement(const Sequence& seq, Color c=Color(1.0,0.0,0.0,1.0));
  14
  15   //! is the element "empty"
  16   bool isEmpty() const;
  17
  18   //! should we search the analysis for this element?
  19   bool isEnabled() const;
  20   //! set the state for searching the analysis for this element?
  21   void setEnabled(bool);
  22
  23   //! return color should this motif be drawn as
  24   Color getColor() const;
  25   //! set what color this motif should be drawn as
  26   void setColor(const Color& c);
  27   //! return QColor should this motif should be drawn as
  28   QColor getQColor() const;
  29   //! set color using QColor
  30   void setQColor(const QColor& c);
  31
  32   //! return sequence
  33   const Sequence& getSequence() const;
  34   //! set sequence
  35   void setSequence(const Sequence& seq);
  36   //! set sequence text
  37   void setSequence(const std::string& seq_text);
  38   //! get sequence text
  39   QString getSequenceText() const;
  40
  41   //! get sequence name
  42   std::string getName() const;
  43   //! set sequence name
  44   void setName(const std::string& seq_name);
  45
  46 protected:
  47   //! search for motif
  48   bool enabled;
  49   //! store motif color
  50   Color color;
  51   //! store sequence
  52   Sequence motif;
  53 };
  54 #endif /*MOTIFELEMENT_HPP_*/