qui/motif_editor/test/TestMotifEditor.hpp

   1 #ifndef TESTMOTIFEDITOR_HPP_
   2 #define TESTMOTIFEDITOR_HPP_
   3 #include <QtGui>
   4 #include <QVariant>
   5 #include <QtTest/QtTest>
   6 #include <QtTest/QSignalSpy>
   7
   8 #include <vector>
   9 #include "alg/sequence.hpp"
  10
  11 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  12 #include "qui/motif_editor/MotifModel.hpp"
  13
  14 class TestMotifEditor : public QObject
  15 {
  16   Q_OBJECT
  17
  18 private slots:
  19
  20   void testSimpleConstructor() {
  21     MussaRef m1(new Mussa);
  22     MotifEditor *editor = new MotifEditor(m1);
  23
  24     QVERIFY(editor->get_analysis() == m1);
  25     QVERIFY(editor->get_model() != 0);
  26   }
  27
  28   // do we still have motifs in our sequences after hitting apply?
  29   void testEditColorApply() {
  30     std::vector<Sequence> motifs;
  31     motifs.push_back("AAGG");
  32     std::vector<Color> colors;
  33     colors.push_back(Color(0.0, 0.0, 1.0));
  34
  35     MussaRef m(new Mussa);
  36     m->append_sequence("AAAAGGGGTTTT");
  37     m->append_sequence("AAAAAAAACCCC");
  38     m->set_motifs(motifs, colors);
  39
  40     // do the sequences have the right motifs?
  41     std::vector<SequenceRef> sequences1(m->sequences());
  42     QVERIFY(sequences1[0]->motifs().size() == 1);
  43     QVERIFY(sequences1[1]->motifs().size() == 0);
  44
  45     // get color
  46     boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm(m->colorMapper());
  47     QVERIFY(cm->lookup("motif", "AAGG") == Color(0.0, 0.0, 1.0));
  48
  49     MotifEditor *editor(new MotifEditor(m));
  50     MotifModel *model(editor->get_model());
  51     // the AAGG motif and the emtpy motif
  52     QVERIFY(model->size() == 2);
  53     QModelIndex row0_color(model->index(0, MotifModel::ColorCell));
  54
  55     model->setData(row0_color, QVariant(QColor(0,255,0)));
  56     // this is equivalent to pressing apply
  57     editor->updateAnalysisMotifs();
  58
  59     std::vector<SequenceRef> sequences2(m->sequences());
  60     QVERIFY(sequences2[0]->motifs().size() == 1);
  61     QVERIFY(sequences2[1]->motifs().size() == 0);
  62     QVERIFY(cm->lookup("motif", "AAGG") == Color(0.0, 1.0, 0.0));
  63     QVERIFY(m->colorMapper()->lookup("motif", "AAGG") == Color(0.0, 1.0, 0.0));
  64
  65     QVERIFY(editor->get_analysis() == m);
  66     QVERIFY(editor->get_model() == model);
  67     QVERIFY(m->colorMapper() == cm);
  68   }
  69
  70   void testEditMotifApply() {
  71     std::vector<Sequence> motifs;
  72     motifs.push_back("AAGG");
  73     std::vector<Color> colors;
  74     colors.push_back(Color(0.0, 0.0, 1.0));
  75
  76     MussaRef m(new Mussa);
  77     m->append_sequence("AAAAGGGG");
  78     m->append_sequence("AAAACCCC");
  79     m->set_motifs(motifs, colors);
  80
  81     // do the sequences have the right motifs?
  82     std::vector<SequenceRef> sequences1(m->sequences());
  83     QVERIFY(sequences1[0]->get_sequence() == "AAAAGGGG");
  84     QVERIFY(sequences1[1]->get_sequence() == "AAAACCCC");
  85     QVERIFY(sequences1[0]->motifs().size() == 1);
  86     QVERIFY(sequences1[1]->motifs().size() == 0);
  87
  88     // get color
  89     boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm(m->colorMapper());
  90     QVERIFY(cm->lookup("motif", "AAGG") == Color(0.0, 0.0, 1.0));
  91
  92     MotifEditor *editor(new MotifEditor(m));
  93     MotifModel *model(editor->get_model());
  94     // the AATT motif and the empty motif
  95     QVERIFY(model->size() == 2);
  96     QModelIndex row0_color(model->index(0, MotifModel::ColorCell));
  97     QModelIndex row0_sequence(model->index(0, MotifModel::SequenceCell));
  98     QVERIFY(model->data(row0_sequence) == "AAGG");
  99
 100     // change contents of cell
 101     model->setData(row0_sequence, QVariant("AACC"));
 102     // this is equivalent to pressing apply
 103     editor->updateAnalysisMotifs();
 104     QVERIFY(model->data(row0_sequence) == "AACC");
 105
 106     // does the mussa analysis have the right data?
 107     std::vector<SequenceRef> sequences2(m->sequences());
 108     QVERIFY(sequences2[0]->motifs().size() == 0);
 109     QVERIFY(sequences2[1]->motifs().size() == 1);
 110     QVERIFY(cm->lookup("motif", "AACC") == Color(0.0, 0.0, 1.0));
 111     QVERIFY(m->colorMapper()->lookup("motif", "AACC") == Color(0.0, 0.0, 1.0));
 112     QVERIFY(cm->lookup("motif", "AAGG") == Color(0.0, 0.0, 0.0));
 113     QVERIFY(m->colorMapper()->lookup("motif", "AAGG") == Color(0.0, 0.0, 0.0));
 114
 115     QVERIFY(editor->get_analysis() == m);
 116     QVERIFY(editor->get_model() == model);
 117     QVERIFY(m->colorMapper() == cm);
 118   }
 119 /*
 120
 121 public slots:
 122   void updateModel();
 123   void updateAnalysisMotifs();
 124
 125 signals:
 126   void changedMotifs();
 127   */
 128 };
 129 #endif /*TESTMOTIFEDITOR_HPP_*/