qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QLabel>
   4 #include <QScrollBar>
   5 #include <QSpacerItem>
   6 #include <QSplitter>
   7 #include <QVBoxLayout>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  14 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  15
  16 #include "alg/glsequence.hpp"
  17
  18 #include <math.h>
  19 using namespace std;
  20
  21 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(
  22     QWidget *parent)
  23   : QScrollArea(parent),
  24     left_sidebar(0),
  25     scrollable_browser(0),
  26     right_sidebar(0),
  27     layout(0),
  28     layout_container(0)
  29 {
  30   boost::shared_ptr<QDir> empty_dir(new QDir);
  31   default_dir = empty_dir;
  32
  33   init();
  34 }
  35
  36 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(
  37     boost::shared_ptr<QDir> default_dir_,
  38     QWidget *parent
  39 )
  40   : QScrollArea(parent),
  41     left_sidebar(0),
  42     scrollable_browser(0),
  43     right_sidebar(0),
  44     layout(0),
  45     layout_container(0)
  46 {
  47   default_dir = default_dir_;
  48
  49   init();
  50 }
  51
  52 void SequenceBrowserWidget::init()
  53 {
  54   layout_container = new QWidget(this);
  55   layout = new QHBoxLayout(layout_container);
  56   left_sidebar = new SequenceBrowserSidebar(layout_container);
  57   scrollable_browser = new ScrollableSequenceBrowser(layout_container);
  58   right_sidebar = new SequenceBrowserSidebar(layout_container);
  59
  60   layout->addWidget(left_sidebar, 0);
  61   layout->addWidget(scrollable_browser, 1);
  62   layout->addWidget(right_sidebar, 0);
  63
  64   layout_container->setLayout(layout);
  65   setWidget(layout_container);
  66   setWidgetResizable(true);
  67
  68   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  69   connect(&(scrollable_browser->browser()), SIGNAL(viewportChanged()),
  70           this, SLOT(updatePosition()));
  71   connect(&(scrollable_browser->browser()), SIGNAL(basepairsCopied(size_t)),
  72           this, SIGNAL(basepairsCopied(size_t)));
  73
  74   // Send the signal mouseWheelZoom signal from seq browser upward.
  75   connect(&(scrollable_browser->browser()), SIGNAL(mouseWheelZoom(double)),
  76           this, SIGNAL(mouseWheelZoom(double)));
  77 }
  78
  79
  80 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(const SequenceBrowserWidget &o)
  81   : QScrollArea(o.window()),
  82     left_sidebar(o.left_sidebar),
  83     scrollable_browser(o.scrollable_browser),
  84     right_sidebar(o.right_sidebar),
  85     layout(o.layout),
  86     layout_container(o.layout_container)
  87 {
  88 }
  89
  90 QSize SequenceBrowserWidget::sizeHint() const
  91 {
  92   // don't trust the layouts size computation
  93   // use some heavy handed brute force to compute
  94   // the correct size so our stupid scrollable_browser
  95   // will show the full viewport.
  96   QSize left = left_sidebar->sizeHint();
  97   QSize center = scrollable_browser->sizeHint();
  98   QSize right = right_sidebar->sizeHint();
  99
 100   int width = left.width()+center.width()+right.width();
 101   width += 2 * layout->margin();
 102   if (layout->spacing() > 0) {
 103     width += layout->spacing() * 3;
 104   }
 105   return QSize(width, center.height());
 106 }
 107
 108 void SequenceBrowserWidget::clear()
 109 {
 110   converted_sequences.clear();
 111   scrollable_browser->browser().clear();
 112
 113   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar->descriptions;
 114   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar->descriptions;
 115   for(size_t i = 0; i != left_sidebar->size(); ++i)
 116   {
 117     disconnect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 118                right[i], SLOT(setName(const QString &)));
 119     disconnect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 120                left[i], SLOT(setName(const QString &)));
 121   }
 122   left_sidebar->clear();
 123   right_sidebar->clear();
 124 }
 125
 126 QMenu *SequenceBrowserWidget::getPopupMenu()
 127 {
 128   return scrollable_browser->browser().getPopupMenu();
 129 }
 130
 131 QAction *SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsStringAction()
 132 {
 133   return scrollable_browser->browser().getCopySelectedSequenceAsStringAction();
 134 }
 135
 136 QAction *SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsFastaAction()
 137 {
 138   return scrollable_browser->browser().getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
 139 }
 140
 141 QAction *SequenceBrowserWidget::getEditSequencePropertiesAction()
 142 {
 143   return scrollable_browser->browser().getEditSequencePropertiesAction();
 144 }
 145
 146 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
 147 {
 148   scrollable_browser->browser().copySelectedSequenceAsFasta();
 149 }
 150
 151 void SequenceBrowserWidget::copySelectedTracksAsSeqLocation(
 152     std::list<SequenceLocation>& locations
 153 )
 154 {
 155   scrollable_browser->browser().copySelectedTracksAsSeqLocation(locations);
 156 }
 157
 158 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
 159     const std::vector<SequenceRef >& new_sequences,
 160     AnnotationColorsRef cm)
 161 {
 162   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser->browser();
 163   clear();
 164   for(Mussa::vector_sequence_type::const_iterator seq_i = new_sequences.begin();
 165       seq_i != new_sequences.end();
 166       ++seq_i)
 167   {
 168     // Blech *(*seq_i) is dereferencing the shared_ptr stored in the iterator.
 169     boost::shared_ptr<GlSequence> gs(new GlSequence(*seq_i, cm));
 170     converted_sequences.push_back(gs);
 171     browser.push_sequence(gs);
 172   }
 173   left_sidebar->setSequences(converted_sequences);
 174   right_sidebar->setSequences(converted_sequences);
 175
 176   // connect the text change signals to each other
 177   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar->descriptions;
 178   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar->descriptions;
 179   for(size_t i = 0; i != new_sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 180   {
 181     connect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 182             right[i], SLOT(setName(const QString &)));
 183     connect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 184             left[i], SLOT(setName(const QString &)));
 185   }
 186
 187   updatePosition();
 188 }
 189
 190 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
 191   std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences
 192 )
 193 {
 194   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser->browser();
 195   clear();
 196   for(vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::iterator seq_i = sequences.begin();
 197       seq_i != sequences.end();
 198       ++seq_i)
 199   {
 200     browser.push_sequence(*seq_i);
 201   }
 202   left_sidebar->setSequences(sequences);
 203   right_sidebar->setSequences(sequences);
 204   updatePosition();
 205 }
 206
 207 const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& SequenceBrowserWidget::sequences() const
 208 {
 209   return scrollable_browser->browser().sequences();
 210 }
 211
 212 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
 213 {
 214   scrollable_browser->browser().clear_links();
 215 }
 216
 217 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
 218                                  const std::vector<bool>& isRC,
 219                                  int length)
 220 {
 221   scrollable_browser->browser().link(path, isRC, length);
 222   scrollable_browser->browser().update();
 223 }
 224
 225 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 226 {
 227   return scrollable_browser->browser().selectedPaths();
 228 }
 229
 230 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 231 {
 232   scrollable_browser->browser().centerOnPath(paths);
 233   updatePosition();
 234 }
 235
 236 /* This could theoretically be pushed down to some set
 237  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 238  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 239  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 240  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 241  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 242  * And so though this could be better the typical use cases
 243  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 244  * or mussa output
 245  */
 246 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 247 {
 248   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser->browser();
 249   const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> > &sequences = browser.sequences();
 250   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar->descriptions;
 251   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar->descriptions;
 252   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 253   {
 254     left[i]->setPosition(sequences[i]->leftbase(browser.viewportLeft()));
 255     right[i]->setPosition(sequences[i]->rightbase(browser.viewportRight()));
 256   }
 257   scrollable_browser->browser().update();
 258   scrollable_browser->updateScrollBar();
 259 }
 260
 261 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 262 {
 263   QSize size;
 264   size = scrollable_browser->browser().size();
 265   //Image Save Dialog
 266   ImageSaveDialog imageSaveDialog(default_dir, scrollable_browser, this);
 267   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 268   imageSaveDialog.exec();
 269 }
 270
 271 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 272 {
 273   return scrollable_browser->browser().zoom();
 274 }
 275
 276 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 277 {
 278   double zoom_level = scrollable_browser->browser().zoomOut();
 279   scrollable_browser->updateScrollBar();
 280   return zoom_level;
 281 }
 282
 283 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 284 {
 285   double zoom_level = scrollable_browser->browser().zoomToSequence();
 286   scrollable_browser->updateScrollBar();
 287   return zoom_level;
 288 }
 289
 290 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 291 {
 292   scrollable_browser->browser().setZoom(z);
 293 }
 294
 295 void SequenceBrowserWidget::update()
 296 {
 297   QWidget::update();
 298   scrollable_browser->browser().update();
 299 }