qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QLabel>
   4 #include <QScrollBar>
   5 #include <QSpacerItem>
   6 #include <QSplitter>
   7 #include <QVBoxLayout>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  14 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  15
  16 #include "alg/glsequence.hpp"
  17
  18 #include <math.h>
  19 using namespace std;
  20
  21 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(
  22     boost::shared_ptr<QDir> default_dir_,
  23     QWidget *parent
  24 )
  25   : QScrollArea(parent),
  26     left_sidebar(0),
  27     scrollable_browser(0),
  28     right_sidebar(0),
  29     layout(0),
  30     layout_container(0)
  31 {
  32   default_dir = default_dir_;
  33
  34   layout_container = new QWidget(this);
  35   layout = new QHBoxLayout(layout_container);
  36   left_sidebar = new SequenceBrowserSidebar(layout_container);
  37   scrollable_browser = new ScrollableSequenceBrowser(layout_container);
  38   right_sidebar = new SequenceBrowserSidebar(layout_container);
  39
  40   layout->addWidget(left_sidebar, 0);
  41   layout->addWidget(scrollable_browser, 1);
  42   layout->addWidget(right_sidebar, 0);
  43
  44   layout_container->setLayout(layout);
  45   setWidget(layout_container);
  46   setWidgetResizable(true);
  47
  48   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  49   connect(&(scrollable_browser->browser()), SIGNAL(viewportChanged()),
  50           this, SLOT(updatePosition()));
  51   connect(&(scrollable_browser->browser()), SIGNAL(basepairsCopied(size_t)),
  52           this, SIGNAL(basepairsCopied(size_t)));
  53 }
  54
  55 QSize SequenceBrowserWidget::sizeHint() const
  56 {
  57   // don't trust the layouts size computation
  58   // use some heavy handed brute force to compute
  59   // the correct size so our stupid scrollable_browser
  60   // will show the full viewport.
  61   QSize left = left_sidebar->sizeHint();
  62   QSize center = scrollable_browser->sizeHint();
  63   QSize right = right_sidebar->sizeHint();
  64
  65   int width = left.width()+center.width()+right.width();
  66   width += 2 * layout->margin();
  67   if (layout->spacing() > 0) {
  68     width += layout->spacing() * 3;
  69   }
  70   return QSize(width, center.height());
  71 }
  72
  73
  74 void SequenceBrowserWidget::clear()
  75 {
  76   converted_sequences.clear();
  77   scrollable_browser->browser().clear();
  78
  79   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar->descriptions;
  80   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar->descriptions;
  81   for(size_t i = 0; i != left_sidebar->size(); ++i)
  82   {
  83     disconnect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  84                right[i], SLOT(setName(const QString &)));
  85     disconnect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  86                left[i], SLOT(setName(const QString &)));
  87   }
  88   left_sidebar->clear();
  89   right_sidebar->clear();
  90 }
  91
  92 QMenu *SequenceBrowserWidget::getPopupMenu()
  93 {
  94   return scrollable_browser->browser().getPopupMenu();
  95 }
  96
  97 QAction *SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsStringAction()
  98 {
  99   return scrollable_browser->browser().getCopySelectedSequenceAsStringAction();
 100 }
 101
 102 QAction *SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsFastaAction()
 103 {
 104   return scrollable_browser->browser().getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
 105 }
 106
 107 QAction *SequenceBrowserWidget::getEditSequencePropertiesAction()
 108 {
 109   return scrollable_browser->browser().getEditSequencePropertiesAction();
 110 }
 111
 112 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
 113 {
 114   scrollable_browser->browser().copySelectedSequenceAsFasta();
 115 }
 116
 117 void SequenceBrowserWidget::copySelectedTracksAsSeqLocation(
 118     std::list<SequenceLocation>& locations
 119 )
 120 {
 121   scrollable_browser->browser().copySelectedTracksAsSeqLocation(locations);
 122 }
 123
 124 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
 125     const std::vector<boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
 126     boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm)
 127 {
 128   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser->browser();
 129   clear();
 130   for(Mussa::vector_sequence_type::const_iterator seq_i = sequences.begin();
 131       seq_i != sequences.end();
 132       ++seq_i)
 133   {
 134     // Blech *(*seq_i) is dereferencing the shared_ptr stored in the iterator.
 135     boost::shared_ptr<GlSequence> gs(new GlSequence(*(*seq_i), cm));
 136     converted_sequences.push_back(gs);
 137     browser.push_sequence(gs);
 138   }
 139   left_sidebar->setSequences(converted_sequences);
 140   right_sidebar->setSequences(converted_sequences);
 141
 142   // connect the text change signals to each other
 143   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar->descriptions;
 144   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar->descriptions;
 145   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 146   {
 147     connect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 148             right[i], SLOT(setName(const QString &)));
 149     connect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 150             left[i], SLOT(setName(const QString &)));
 151   }
 152
 153   updatePosition();
 154 }
 155
 156 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
 157   std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences
 158 )
 159 {
 160   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser->browser();
 161   clear();
 162   for(vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::iterator seq_i = sequences.begin();
 163       seq_i != sequences.end();
 164       ++seq_i)
 165   {
 166     browser.push_sequence(*seq_i);
 167   }
 168   left_sidebar->setSequences(sequences);
 169   right_sidebar->setSequences(sequences);
 170   updatePosition();
 171 }
 172
 173 const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& SequenceBrowserWidget::sequences() const
 174 {
 175   return scrollable_browser->browser().sequences();
 176 }
 177
 178 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
 179 {
 180   scrollable_browser->browser().clear_links();
 181 }
 182
 183 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
 184                                  const std::vector<bool>& isRC,
 185                                  int length)
 186 {
 187   scrollable_browser->browser().link(path, isRC, length);
 188   scrollable_browser->browser().update();
 189 }
 190
 191 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 192 {
 193   return scrollable_browser->browser().selectedPaths();
 194 }
 195
 196 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 197 {
 198   scrollable_browser->browser().centerOnPath(paths);
 199   updatePosition();
 200 }
 201
 202 /* This could theoretically be pushed down to some set
 203  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 204  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 205  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 206  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 207  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 208  * And so though this could be better the typical use cases
 209  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 210  * or mussa output
 211  */
 212 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 213 {
 214   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser->browser();
 215   const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> > &sequences = browser.sequences();
 216   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar->descriptions;
 217   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar->descriptions;
 218   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 219   {
 220     left[i]->setPosition(sequences[i]->leftbase(browser.viewportLeft()));
 221     right[i]->setPosition(sequences[i]->rightbase(browser.viewportRight()));
 222   }
 223   scrollable_browser->browser().update();
 224   scrollable_browser->updateScrollBar();
 225 }
 226
 227 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 228 {
 229   QSize size;
 230   size = scrollable_browser->browser().size();
 231   //Image Save Dialog
 232   ImageSaveDialog imageSaveDialog(default_dir, scrollable_browser, this);
 233   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 234   imageSaveDialog.exec();
 235 }
 236
 237 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 238 {
 239   return scrollable_browser->browser().zoom();
 240 }
 241
 242 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 243 {
 244   double zoom_level = scrollable_browser->browser().zoomOut();
 245   scrollable_browser->updateScrollBar();
 246   return zoom_level;
 247 }
 248
 249 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 250 {
 251   double zoom_level = scrollable_browser->browser().zoomToSequence();
 252   scrollable_browser->updateScrollBar();
 253   return zoom_level;
 254 }
 255
 256 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 257 {
 258   scrollable_browser->browser().setZoom(z);
 259 }
 260
 261 void SequenceBrowserWidget::update()
 262 {
 263   QWidget::update();
 264   scrollable_browser->browser().update();
 265 }