qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QApplication>
   4 #include <QClipboard>
   5 #include <QLabel>
   6 #include <QScrollBar>
   7 #include <QSpacerItem>
   8 #include <QSplitter>
   9 #include <QVBoxLayout>
  10 #include <QWidget>
  11
  12 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  14 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  15 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  16 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  17
  18 #include "alg/glsequence.hpp"
  19
  20 #include <math.h>
  21 using namespace std;
  22
  23 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(QWidget *parent)
  24   : QWidget(parent),
  25     scrollable_browser(parent)
  26 {
  27   QHBoxLayout *hlayout = new QHBoxLayout;
  28   hlayout->addWidget(&left_sidebar, 0);
  29   hlayout->addWidget(&scrollable_browser, 1);
  30   hlayout->addWidget(&right_sidebar, 0);
  31   setLayout(hlayout);
  32
  33   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  34   connect(&scrollable_browser.browser(), SIGNAL(viewportChanged()),
  35           this, SLOT(updatePosition()));
  36 }
  37
  38 void SequenceBrowserWidget::clear()
  39 {
  40   converted_sequences.clear();
  41   scrollable_browser.browser().clear();
  42   left_sidebar.clear();
  43   right_sidebar.clear();
  44 }
  45
  46 void SequenceBrowserWidget::setSequences(const std::vector<Sequence>& sequences,
  47                                             AnnotationColors& cm)
  48 {
  49   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  50   clear();
  51   for(vector<Sequence>::const_iterator seq_i = sequences.begin();
  52       seq_i != sequences.end();
  53       ++seq_i)
  54   {
  55     GlSequence *gs= new GlSequence(*seq_i, cm);
  56     converted_sequences.push_back(*gs);
  57     browser.push_sequence(*gs);
  58   }
  59   left_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  60   right_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  61   updatePosition();
  62 }
  63
  64 void SequenceBrowserWidget::setSequences(std::vector<GlSequence>& sequences)
  65 {
  66   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  67   clear();
  68   for(vector<GlSequence>::iterator seq_i = sequences.begin();
  69       seq_i != sequences.end();
  70       ++seq_i)
  71   {
  72     browser.push_sequence(*seq_i);
  73   }
  74   left_sidebar.setSequences(sequences);
  75   right_sidebar.setSequences(sequences);
  76   updatePosition();
  77 }
  78
  79 const vector<GlSequence>& SequenceBrowserWidget::sequences() const
  80 {
  81   return scrollable_browser.browser().sequences();
  82 }
  83
  84 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
  85 {
  86   // get fasta data
  87   std::string buffer;
  88   scrollable_browser.browser().copySelectedTracksAsFasta(buffer);
  89
  90   // get reference to clipboard
  91   QClipboard *clipboard = QApplication::clipboard();
  92   clipboard->setText(buffer.c_str());
  93 }
  94
  95 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
  96 {
  97   scrollable_browser.browser().clear_links();
  98 }
  99
 100 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
 101                                  const std::vector<bool>& isRC,
 102                                  int length)
 103 {
 104   scrollable_browser.browser().link(path, isRC, length);
 105   scrollable_browser.browser().update();
 106 }
 107
 108 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 109 {
 110   return scrollable_browser.browser().selectedPaths();
 111 }
 112
 113 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 114 {
 115   scrollable_browser.browser().centerOnPath(paths);
 116   updatePosition();
 117 }
 118
 119 /* This could theoretically be pushed down to some set
 120  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 121  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 122  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 123  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 124  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 125  * And so though this could be better the typical use cases
 126  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 127  * or mussa output
 128  */
 129 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 130 {
 131   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 132   const vector<GlSequence> &sequences = browser.sequences();
 133   vector<SequenceDescription *> left = left_sidebar.descriptions;
 134   vector<SequenceDescription *> right = right_sidebar.descriptions;
 135   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 136   {
 137     left[i]->setPosition(sequences[i].leftbase(browser.viewportLeft()));
 138     right[i]->setPosition(sequences[i].rightbase(browser.viewportRight()));
 139   }
 140   scrollable_browser.browser().update();
 141   scrollable_browser.updateScrollBar();
 142 }
 143
 144 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 145 {
 146   QSize size;
 147   size = scrollable_browser.browser().size();
 148   //Image Save Dialog
 149   ImageSaveDialog imageSaveDialog(&scrollable_browser.browser(), this);
 150   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 151   imageSaveDialog.exec();
 152 }
 153
 154 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 155 {
 156   return scrollable_browser.browser().zoom();
 157 }
 158
 159 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 160 {
 161   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomOut();
 162   scrollable_browser.updateScrollBar();
 163   return zoom_level;
 164 }
 165
 166 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 167 {
 168   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomToSequence();
 169   scrollable_browser.updateScrollBar();
 170   return zoom_level;
 171 }
 172
 173 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 174 {
 175   scrollable_browser.browser().setZoom(z);
 176 }
 177
 178 void SequenceBrowserWidget::update()
 179 {
 180   QWidget::update();
 181   scrollable_browser.browser().update();
 182 }