qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QLabel>
   4 #include <QScrollBar>
   5 #include <QSpacerItem>
   6 #include <QSplitter>
   7 #include <QVBoxLayout>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  14 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  15
  16 #include "alg/glsequence.hpp"
  17
  18 #include <math.h>
  19 using namespace std;
  20
  21 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(QWidget *parent)
  22   : QWidget(parent),
  23     scrollable_browser(parent)
  24 {
  25   QHBoxLayout *hlayout = new QHBoxLayout;
  26   hlayout->addWidget(&left_sidebar, 0);
  27   hlayout->addWidget(&scrollable_browser, 1);
  28   hlayout->addWidget(&right_sidebar, 0);
  29   setLayout(hlayout);
  30
  31   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  32   connect(&scrollable_browser.browser(), SIGNAL(viewportChanged()),
  33           this, SLOT(updatePosition()));
  34 }
  35
  36 void SequenceBrowserWidget::clear()
  37 {
  38   converted_sequences.clear();
  39   scrollable_browser.browser().clear();
  40   left_sidebar.clear();
  41   right_sidebar.clear();
  42 }
  43
  44 QMenu &SequenceBrowserWidget::getPopupMenu()
  45 {
  46   return scrollable_browser.browser().getPopupMenu();
  47 }
  48
  49 QAction &SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsFastaAction()
  50 {
  51   return scrollable_browser.browser().getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  52 }
  53
  54
  55 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
  56 {
  57   scrollable_browser.browser().copySelectedSequenceAsFasta();
  58 }
  59
  60 void SequenceBrowserWidget::copySelectedTracksAsSeqLocation(
  61     std::list<SequenceLocation>& locations
  62 )
  63 {
  64   scrollable_browser.browser().copySelectedTracksAsSeqLocation(locations);
  65 }
  66
  67 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
  68     const std::vector<boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
  69     boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm)
  70 {
  71   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  72   clear();
  73   for(Mussa::vector_sequence_type::const_iterator seq_i = sequences.begin();
  74       seq_i != sequences.end();
  75       ++seq_i)
  76   {
  77     boost::shared_ptr<GlSequence> gs(new GlSequence(*seq_i, cm));
  78     converted_sequences.push_back(gs);
  79     browser.push_sequence(gs);
  80   }
  81   left_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  82   right_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  83
  84   // connect the text change signals to each other
  85   vector<SequenceDescription *> left = left_sidebar.descriptions;
  86   vector<SequenceDescription *> right = right_sidebar.descriptions;
  87   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
  88   {
  89     connect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  90             right[i], SLOT(setName(const QString &)));
  91     connect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  92             left[i], SLOT(setName(const QString &)));
  93   }
  94
  95   updatePosition();
  96 }
  97
  98 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
  99   std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences
 100 )
 101 {
 102   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 103   clear();
 104   for(vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::iterator seq_i = sequences.begin();
 105       seq_i != sequences.end();
 106       ++seq_i)
 107   {
 108     browser.push_sequence(*seq_i);
 109   }
 110   left_sidebar.setSequences(sequences);
 111   right_sidebar.setSequences(sequences);
 112   updatePosition();
 113 }
 114
 115 const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& SequenceBrowserWidget::sequences() const
 116 {
 117   return scrollable_browser.browser().sequences();
 118 }
 119
 120 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
 121 {
 122   scrollable_browser.browser().clear_links();
 123 }
 124
 125 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
 126                                  const std::vector<bool>& isRC,
 127                                  int length)
 128 {
 129   scrollable_browser.browser().link(path, isRC, length);
 130   scrollable_browser.browser().update();
 131 }
 132
 133 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 134 {
 135   return scrollable_browser.browser().selectedPaths();
 136 }
 137
 138 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 139 {
 140   scrollable_browser.browser().centerOnPath(paths);
 141   updatePosition();
 142 }
 143
 144 /* This could theoretically be pushed down to some set
 145  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 146  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 147  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 148  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 149  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 150  * And so though this could be better the typical use cases
 151  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 152  * or mussa output
 153  */
 154 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 155 {
 156   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 157   const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> > &sequences = browser.sequences();
 158   vector<SequenceDescription *> left = left_sidebar.descriptions;
 159   vector<SequenceDescription *> right = right_sidebar.descriptions;
 160   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 161   {
 162     left[i]->setPosition(sequences[i]->leftbase(browser.viewportLeft()));
 163     right[i]->setPosition(sequences[i]->rightbase(browser.viewportRight()));
 164   }
 165   scrollable_browser.browser().update();
 166   scrollable_browser.updateScrollBar();
 167 }
 168
 169 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 170 {
 171   QSize size;
 172   size = scrollable_browser.browser().size();
 173   //Image Save Dialog
 174   ImageSaveDialog imageSaveDialog(&scrollable_browser.browser(), this);
 175   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 176   imageSaveDialog.exec();
 177 }
 178
 179 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 180 {
 181   return scrollable_browser.browser().zoom();
 182 }
 183
 184 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 185 {
 186   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomOut();
 187   scrollable_browser.updateScrollBar();
 188   return zoom_level;
 189 }
 190
 191 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 192 {
 193   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomToSequence();
 194   scrollable_browser.updateScrollBar();
 195   return zoom_level;
 196 }
 197
 198 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 199 {
 200   scrollable_browser.browser().setZoom(z);
 201 }
 202
 203 void SequenceBrowserWidget::update()
 204 {
 205   QWidget::update();
 206   scrollable_browser.browser().update();
 207 }