qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QLabel>
   4 #include <QScrollBar>
   5 #include <QSpacerItem>
   6 #include <QSplitter>
   7 #include <QVBoxLayout>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  14 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  15
  16 #include "alg/glsequence.hpp"
  17
  18 #include <math.h>
  19 using namespace std;
  20
  21 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(
  22     boost::shared_ptr<QDir> default_dir_,
  23     QWidget *parent
  24 )
  25   : QWidget(parent),
  26     default_dir(default_dir_),
  27     left_sidebar(new SequenceBrowserSidebar),
  28     scrollable_browser(new ScrollableSequenceBrowser),
  29     right_sidebar(new SequenceBrowserSidebar),
  30     layout(new QHBoxLayout)
  31 {
  32   layout->addWidget(left_sidebar, 0);
  33   layout->addWidget(scrollable_browser, 1);
  34   layout->addWidget(right_sidebar, 0);
  35
  36   setLayout(layout);
  37
  38   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  39   connect(&(scrollable_browser->browser()), SIGNAL(viewportChanged()),
  40           this, SLOT(updatePosition()));
  41   connect(&(scrollable_browser->browser()), SIGNAL(basepairsCopied(size_t)),
  42           this, SIGNAL(basepairsCopied(size_t)));
  43 }
  44
  45 QSize SequenceBrowserWidget::sizeHint() const
  46 {
  47   // don't trust the layouts size computation
  48   // use some heavy handed brute force to compute
  49   // the correct size so our stupid scrollable_browser
  50   // will show the full viewport.
  51   QSize left = left_sidebar->sizeHint();
  52   QSize center = scrollable_browser->sizeHint();
  53   QSize right = right_sidebar->sizeHint();
  54
  55   int width = left.width()+center.width()+right.width();
  56   width += 2 * layout->margin();
  57   if (layout->spacing() > 0) {
  58     width += layout->spacing() * 3;
  59   }
  60   return QSize(width, center.height());
  61 }
  62
  63
  64 void SequenceBrowserWidget::clear()
  65 {
  66   converted_sequences.clear();
  67   scrollable_browser->browser().clear();
  68
  69   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar->descriptions;
  70   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar->descriptions;
  71   for(size_t i = 0; i != left_sidebar->size(); ++i)
  72   {
  73     disconnect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  74                right[i], SLOT(setName(const QString &)));
  75     disconnect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  76                left[i], SLOT(setName(const QString &)));
  77   }
  78   left_sidebar->clear();
  79   right_sidebar->clear();
  80 }
  81
  82 QMenu *SequenceBrowserWidget::getPopupMenu()
  83 {
  84   return scrollable_browser->browser().getPopupMenu();
  85 }
  86
  87 QAction *SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsStringAction()
  88 {
  89   return scrollable_browser->browser().getCopySelectedSequenceAsStringAction();
  90 }
  91
  92 QAction *SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsFastaAction()
  93 {
  94   return scrollable_browser->browser().getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  95 }
  96
  97 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
  98 {
  99   scrollable_browser->browser().copySelectedSequenceAsFasta();
 100 }
 101
 102 void SequenceBrowserWidget::copySelectedTracksAsSeqLocation(
 103     std::list<SequenceLocation>& locations
 104 )
 105 {
 106   scrollable_browser->browser().copySelectedTracksAsSeqLocation(locations);
 107 }
 108
 109 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
 110     const std::vector<boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
 111     boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm)
 112 {
 113   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser->browser();
 114   clear();
 115   for(Mussa::vector_sequence_type::const_iterator seq_i = sequences.begin();
 116       seq_i != sequences.end();
 117       ++seq_i)
 118   {
 119     boost::shared_ptr<GlSequence> gs(new GlSequence(*seq_i, cm));
 120     converted_sequences.push_back(gs);
 121     browser.push_sequence(gs);
 122   }
 123   left_sidebar->setSequences(converted_sequences);
 124   right_sidebar->setSequences(converted_sequences);
 125
 126   // connect the text change signals to each other
 127   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar->descriptions;
 128   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar->descriptions;
 129   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 130   {
 131     connect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 132             right[i], SLOT(setName(const QString &)));
 133     connect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 134             left[i], SLOT(setName(const QString &)));
 135   }
 136
 137   updatePosition();
 138 }
 139
 140 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
 141   std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences
 142 )
 143 {
 144   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser->browser();
 145   clear();
 146   for(vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::iterator seq_i = sequences.begin();
 147       seq_i != sequences.end();
 148       ++seq_i)
 149   {
 150     browser.push_sequence(*seq_i);
 151   }
 152   left_sidebar->setSequences(sequences);
 153   right_sidebar->setSequences(sequences);
 154   updatePosition();
 155 }
 156
 157 const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& SequenceBrowserWidget::sequences() const
 158 {
 159   return scrollable_browser->browser().sequences();
 160 }
 161
 162 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
 163 {
 164   scrollable_browser->browser().clear_links();
 165 }
 166
 167 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
 168                                  const std::vector<bool>& isRC,
 169                                  int length)
 170 {
 171   scrollable_browser->browser().link(path, isRC, length);
 172   scrollable_browser->browser().update();
 173 }
 174
 175 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 176 {
 177   return scrollable_browser->browser().selectedPaths();
 178 }
 179
 180 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 181 {
 182   scrollable_browser->browser().centerOnPath(paths);
 183   updatePosition();
 184 }
 185
 186 /* This could theoretically be pushed down to some set
 187  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 188  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 189  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 190  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 191  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 192  * And so though this could be better the typical use cases
 193  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 194  * or mussa output
 195  */
 196 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 197 {
 198   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser->browser();
 199   const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> > &sequences = browser.sequences();
 200   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar->descriptions;
 201   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar->descriptions;
 202   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 203   {
 204     left[i]->setPosition(sequences[i]->leftbase(browser.viewportLeft()));
 205     right[i]->setPosition(sequences[i]->rightbase(browser.viewportRight()));
 206   }
 207   scrollable_browser->browser().update();
 208   scrollable_browser->updateScrollBar();
 209 }
 210
 211 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 212 {
 213   QSize size;
 214   size = scrollable_browser->browser().size();
 215   //Image Save Dialog
 216   ImageSaveDialog imageSaveDialog(default_dir, scrollable_browser, this);
 217   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 218   imageSaveDialog.exec();
 219 }
 220
 221 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 222 {
 223   return scrollable_browser->browser().zoom();
 224 }
 225
 226 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 227 {
 228   double zoom_level = scrollable_browser->browser().zoomOut();
 229   scrollable_browser->updateScrollBar();
 230   return zoom_level;
 231 }
 232
 233 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 234 {
 235   double zoom_level = scrollable_browser->browser().zoomToSequence();
 236   scrollable_browser->updateScrollBar();
 237   return zoom_level;
 238 }
 239
 240 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 241 {
 242   scrollable_browser->browser().setZoom(z);
 243 }
 244
 245 void SequenceBrowserWidget::update()
 246 {
 247   QWidget::update();
 248   scrollable_browser->browser().update();
 249 }