qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QLabel>
   4 #include <QScrollBar>
   5 #include <QSpacerItem>
   6 #include <QSplitter>
   7 #include <QVBoxLayout>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  14 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  15
  16 #include "alg/glsequence.hpp"
  17
  18 #include <math.h>
  19 using namespace std;
  20
  21 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(QWidget *parent)
  22   : QWidget(parent),
  23     scrollable_browser(parent)
  24 {
  25   QHBoxLayout *hlayout = new QHBoxLayout;
  26   hlayout->addWidget(&left_sidebar, 0);
  27   hlayout->addWidget(&scrollable_browser, 1);
  28   hlayout->addWidget(&right_sidebar, 0);
  29   setLayout(hlayout);
  30
  31   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  32   connect(&scrollable_browser.browser(), SIGNAL(viewportChanged()),
  33           this, SLOT(updatePosition()));
  34 }
  35
  36 void SequenceBrowserWidget::clear()
  37 {
  38   converted_sequences.clear();
  39   scrollable_browser.browser().clear();
  40   left_sidebar.clear();
  41   right_sidebar.clear();
  42 }
  43
  44 QMenu &SequenceBrowserWidget::getPopupMenu()
  45 {
  46   return scrollable_browser.browser().getPopupMenu();
  47 }
  48
  49 QAction &SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsFastaAction()
  50 {
  51   return scrollable_browser.browser().getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  52 }
  53
  54
  55 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
  56 {
  57   scrollable_browser.browser().copySelectedSequenceAsFasta();
  58 }
  59
  60 void SequenceBrowserWidget::copySelectedTracksAsSeqLocation(
  61     std::list<SequenceLocation>& locations
  62 )
  63 {
  64   scrollable_browser.browser().copySelectedTracksAsSeqLocation(locations);
  65 }
  66
  67 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
  68     const std::vector< boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
  69     boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm)
  70 {
  71   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  72   clear();
  73   for(Mussa::vector_sequence_type::const_iterator seq_i = sequences.begin();
  74       seq_i != sequences.end();
  75       ++seq_i)
  76   {
  77     boost::shared_ptr<GlSequence> gs(new GlSequence(*seq_i, cm));
  78     converted_sequences.push_back(*gs);
  79     browser.push_sequence(*gs);
  80   }
  81   left_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  82   right_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  83   updatePosition();
  84 }
  85
  86 void SequenceBrowserWidget::setSequences(std::vector<GlSequence>& sequences)
  87 {
  88   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  89   clear();
  90   for(vector<GlSequence>::iterator seq_i = sequences.begin();
  91       seq_i != sequences.end();
  92       ++seq_i)
  93   {
  94     browser.push_sequence(*seq_i);
  95   }
  96   left_sidebar.setSequences(sequences);
  97   right_sidebar.setSequences(sequences);
  98   updatePosition();
  99 }
 100
 101 const vector<GlSequence>& SequenceBrowserWidget::sequences() const
 102 {
 103   return scrollable_browser.browser().sequences();
 104 }
 105
 106 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
 107 {
 108   scrollable_browser.browser().clear_links();
 109 }
 110
 111 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
 112                                  const std::vector<bool>& isRC,
 113                                  int length)
 114 {
 115   scrollable_browser.browser().link(path, isRC, length);
 116   scrollable_browser.browser().update();
 117 }
 118
 119 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 120 {
 121   return scrollable_browser.browser().selectedPaths();
 122 }
 123
 124 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 125 {
 126   scrollable_browser.browser().centerOnPath(paths);
 127   updatePosition();
 128 }
 129
 130 /* This could theoretically be pushed down to some set
 131  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 132  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 133  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 134  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 135  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 136  * And so though this could be better the typical use cases
 137  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 138  * or mussa output
 139  */
 140 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 141 {
 142   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 143   const vector<GlSequence> &sequences = browser.sequences();
 144   vector<SequenceDescription *> left = left_sidebar.descriptions;
 145   vector<SequenceDescription *> right = right_sidebar.descriptions;
 146   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 147   {
 148     left[i]->setPosition(sequences[i].leftbase(browser.viewportLeft()));
 149     right[i]->setPosition(sequences[i].rightbase(browser.viewportRight()));
 150   }
 151   scrollable_browser.browser().update();
 152   scrollable_browser.updateScrollBar();
 153 }
 154
 155 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 156 {
 157   QSize size;
 158   size = scrollable_browser.browser().size();
 159   //Image Save Dialog
 160   ImageSaveDialog imageSaveDialog(&scrollable_browser.browser(), this);
 161   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 162   imageSaveDialog.exec();
 163 }
 164
 165 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 166 {
 167   return scrollable_browser.browser().zoom();
 168 }
 169
 170 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 171 {
 172   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomOut();
 173   scrollable_browser.updateScrollBar();
 174   return zoom_level;
 175 }
 176
 177 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 178 {
 179   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomToSequence();
 180   scrollable_browser.updateScrollBar();
 181   return zoom_level;
 182 }
 183
 184 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 185 {
 186   scrollable_browser.browser().setZoom(z);
 187 }
 188
 189 void SequenceBrowserWidget::update()
 190 {
 191   QWidget::update();
 192   scrollable_browser.browser().update();
 193 }