qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QLabel>
   4 #include <QScrollBar>
   5 #include <QSpacerItem>
   6 #include <QSplitter>
   7 #include <QVBoxLayout>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  14 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  15
  16 #include "alg/glsequence.hpp"
  17
  18 #include <math.h>
  19 using namespace std;
  20
  21 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(
  22     boost::shared_ptr<QDir> default_dir_,
  23     QWidget *parent
  24 )
  25   : QWidget(parent),
  26     default_dir(default_dir_),
  27     scrollable_browser(this)
  28 {
  29   QHBoxLayout *hlayout = new QHBoxLayout;
  30   hlayout->addWidget(&left_sidebar, 0);
  31   hlayout->addWidget(&scrollable_browser, 1);
  32   hlayout->addWidget(&right_sidebar, 0);
  33   setLayout(hlayout);
  34
  35   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  36   connect(&scrollable_browser.browser(), SIGNAL(viewportChanged()),
  37           this, SLOT(updatePosition()));
  38 }
  39
  40 void SequenceBrowserWidget::clear()
  41 {
  42   converted_sequences.clear();
  43   scrollable_browser.browser().clear();
  44
  45   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar.descriptions;
  46   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar.descriptions;
  47   for(size_t i = 0; i != left_sidebar.size(); ++i)
  48   {
  49     disconnect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  50                right[i], SLOT(setName(const QString &)));
  51     disconnect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  52                left[i], SLOT(setName(const QString &)));
  53   }
  54   left_sidebar.clear();
  55   right_sidebar.clear();
  56 }
  57
  58 QMenu *SequenceBrowserWidget::getPopupMenu()
  59 {
  60   return scrollable_browser.browser().getPopupMenu();
  61 }
  62
  63 QAction *SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsFastaAction()
  64 {
  65   return scrollable_browser.browser().getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  66 }
  67
  68
  69 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
  70 {
  71   scrollable_browser.browser().copySelectedSequenceAsFasta();
  72 }
  73
  74 void SequenceBrowserWidget::copySelectedTracksAsSeqLocation(
  75     std::list<SequenceLocation>& locations
  76 )
  77 {
  78   scrollable_browser.browser().copySelectedTracksAsSeqLocation(locations);
  79 }
  80
  81 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
  82     const std::vector<boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
  83     boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm)
  84 {
  85   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  86   clear();
  87   for(Mussa::vector_sequence_type::const_iterator seq_i = sequences.begin();
  88       seq_i != sequences.end();
  89       ++seq_i)
  90   {
  91     boost::shared_ptr<GlSequence> gs(new GlSequence(*seq_i, cm));
  92     converted_sequences.push_back(gs);
  93     browser.push_sequence(gs);
  94   }
  95   left_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  96   right_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  97
  98   // connect the text change signals to each other
  99   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar.descriptions;
 100   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar.descriptions;
 101   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 102   {
 103     connect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 104             right[i], SLOT(setName(const QString &)));
 105     connect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 106             left[i], SLOT(setName(const QString &)));
 107   }
 108
 109   updatePosition();
 110 }
 111
 112 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
 113   std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences
 114 )
 115 {
 116   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 117   clear();
 118   for(vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::iterator seq_i = sequences.begin();
 119       seq_i != sequences.end();
 120       ++seq_i)
 121   {
 122     browser.push_sequence(*seq_i);
 123   }
 124   left_sidebar.setSequences(sequences);
 125   right_sidebar.setSequences(sequences);
 126   updatePosition();
 127 }
 128
 129 const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& SequenceBrowserWidget::sequences() const
 130 {
 131   return scrollable_browser.browser().sequences();
 132 }
 133
 134 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
 135 {
 136   scrollable_browser.browser().clear_links();
 137 }
 138
 139 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
 140                                  const std::vector<bool>& isRC,
 141                                  int length)
 142 {
 143   scrollable_browser.browser().link(path, isRC, length);
 144   scrollable_browser.browser().update();
 145 }
 146
 147 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 148 {
 149   return scrollable_browser.browser().selectedPaths();
 150 }
 151
 152 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 153 {
 154   scrollable_browser.browser().centerOnPath(paths);
 155   updatePosition();
 156 }
 157
 158 /* This could theoretically be pushed down to some set
 159  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 160  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 161  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 162  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 163  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 164  * And so though this could be better the typical use cases
 165  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 166  * or mussa output
 167  */
 168 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 169 {
 170   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 171   const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> > &sequences = browser.sequences();
 172   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar.descriptions;
 173   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar.descriptions;
 174   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 175   {
 176     left[i]->setPosition(sequences[i]->leftbase(browser.viewportLeft()));
 177     right[i]->setPosition(sequences[i]->rightbase(browser.viewportRight()));
 178   }
 179   scrollable_browser.browser().update();
 180   scrollable_browser.updateScrollBar();
 181 }
 182
 183 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 184 {
 185   QSize size;
 186   size = scrollable_browser.browser().size();
 187   //Image Save Dialog
 188   ImageSaveDialog imageSaveDialog(default_dir, &scrollable_browser.browser(), this);
 189   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 190   imageSaveDialog.exec();
 191 }
 192
 193 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 194 {
 195   return scrollable_browser.browser().zoom();
 196 }
 197
 198 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 199 {
 200   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomOut();
 201   scrollable_browser.updateScrollBar();
 202   return zoom_level;
 203 }
 204
 205 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 206 {
 207   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomToSequence();
 208   scrollable_browser.updateScrollBar();
 209   return zoom_level;
 210 }
 211
 212 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 213 {
 214   scrollable_browser.browser().setZoom(z);
 215 }
 216
 217 void SequenceBrowserWidget::update()
 218 {
 219   QWidget::update();
 220   scrollable_browser.browser().update();
 221 }