qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QLabel>
   4 #include <QScrollBar>
   5 #include <QSpacerItem>
   6 #include <QSplitter>
   7 #include <QVBoxLayout>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  14 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  15
  16 #include "alg/glsequence.hpp"
  17
  18 #include <math.h>
  19 using namespace std;
  20
  21 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(QWidget *parent)
  22   : QWidget(parent),
  23     scrollable_browser(parent)
  24 {
  25   QHBoxLayout *hlayout = new QHBoxLayout;
  26   hlayout->addWidget(&left_sidebar, 0);
  27   hlayout->addWidget(&scrollable_browser, 1);
  28   hlayout->addWidget(&right_sidebar, 0);
  29   setLayout(hlayout);
  30
  31   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  32   connect(&scrollable_browser.browser(), SIGNAL(viewportChanged()),
  33           this, SLOT(updatePosition()));
  34 }
  35
  36 void SequenceBrowserWidget::clear()
  37 {
  38   converted_sequences.clear();
  39   scrollable_browser.browser().clear();
  40   left_sidebar.clear();
  41   right_sidebar.clear();
  42 }
  43
  44 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
  45 {
  46   scrollable_browser.browser().copySelectedSequenceAsFasta();
  47 }
  48
  49 void SequenceBrowserWidget::setSequences(const std::vector<Sequence>& sequences,
  50                                             AnnotationColors& cm)
  51 {
  52   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  53   clear();
  54   for(vector<Sequence>::const_iterator seq_i = sequences.begin();
  55       seq_i != sequences.end();
  56       ++seq_i)
  57   {
  58     GlSequence *gs= new GlSequence(*seq_i, cm);
  59     converted_sequences.push_back(*gs);
  60     browser.push_sequence(*gs);
  61   }
  62   left_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  63   right_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  64   updatePosition();
  65 }
  66
  67 void SequenceBrowserWidget::setSequences(std::vector<GlSequence>& sequences)
  68 {
  69   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  70   clear();
  71   for(vector<GlSequence>::iterator seq_i = sequences.begin();
  72       seq_i != sequences.end();
  73       ++seq_i)
  74   {
  75     browser.push_sequence(*seq_i);
  76   }
  77   left_sidebar.setSequences(sequences);
  78   right_sidebar.setSequences(sequences);
  79   updatePosition();
  80 }
  81
  82 const vector<GlSequence>& SequenceBrowserWidget::sequences() const
  83 {
  84   return scrollable_browser.browser().sequences();
  85 }
  86
  87 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
  88 {
  89   scrollable_browser.browser().clear_links();
  90 }
  91
  92 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
  93                                  const std::vector<bool>& isRC,
  94                                  int length)
  95 {
  96   scrollable_browser.browser().link(path, isRC, length);
  97   scrollable_browser.browser().update();
  98 }
  99
 100 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 101 {
 102   return scrollable_browser.browser().selectedPaths();
 103 }
 104
 105 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 106 {
 107   scrollable_browser.browser().centerOnPath(paths);
 108   updatePosition();
 109 }
 110
 111 /* This could theoretically be pushed down to some set
 112  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 113  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 114  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 115  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 116  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 117  * And so though this could be better the typical use cases
 118  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 119  * or mussa output
 120  */
 121 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 122 {
 123   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 124   const vector<GlSequence> &sequences = browser.sequences();
 125   vector<SequenceDescription *> left = left_sidebar.descriptions;
 126   vector<SequenceDescription *> right = right_sidebar.descriptions;
 127   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 128   {
 129     left[i]->setPosition(sequences[i].leftbase(browser.viewportLeft()));
 130     right[i]->setPosition(sequences[i].rightbase(browser.viewportRight()));
 131   }
 132   scrollable_browser.browser().update();
 133   scrollable_browser.updateScrollBar();
 134 }
 135
 136 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 137 {
 138   QSize size;
 139   size = scrollable_browser.browser().size();
 140   //Image Save Dialog
 141   ImageSaveDialog imageSaveDialog(&scrollable_browser.browser(), this);
 142   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 143   imageSaveDialog.exec();
 144 }
 145
 146 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 147 {
 148   return scrollable_browser.browser().zoom();
 149 }
 150
 151 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 152 {
 153   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomOut();
 154   scrollable_browser.updateScrollBar();
 155   return zoom_level;
 156 }
 157
 158 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 159 {
 160   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomToSequence();
 161   scrollable_browser.updateScrollBar();
 162   return zoom_level;
 163 }
 164
 165 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 166 {
 167   scrollable_browser.browser().setZoom(z);
 168 }
 169
 170 void SequenceBrowserWidget::update()
 171 {
 172   QWidget::update();
 173   scrollable_browser.browser().update();
 174 }