qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QLabel>
   4 #include <QScrollBar>
   5 #include <QSpacerItem>
   6 #include <QSplitter>
   7 #include <QVBoxLayout>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  14 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  15
  16 #include "alg/glsequence.hpp"
  17
  18 #include <math.h>
  19 using namespace std;
  20
  21 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(QWidget *parent)
  22   : QWidget(parent),
  23     scrollable_browser(parent)
  24 {
  25   QHBoxLayout *hlayout = new QHBoxLayout;
  26   hlayout->addWidget(&left_sidebar, 0);
  27   hlayout->addWidget(&scrollable_browser, 1);
  28   hlayout->addWidget(&right_sidebar, 0);
  29   setLayout(hlayout);
  30
  31   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  32   connect(&scrollable_browser.browser(), SIGNAL(viewportChanged()),
  33           this, SLOT(updatePosition()));
  34 }
  35
  36 void SequenceBrowserWidget::clear()
  37 {
  38   converted_sequences.clear();
  39   scrollable_browser.browser().clear();
  40   left_sidebar.clear();
  41   right_sidebar.clear();
  42 }
  43
  44 QMenu &SequenceBrowserWidget::getPopupMenu()
  45 {
  46   return scrollable_browser.browser().getPopupMenu();
  47 }
  48
  49 QAction &SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsFastaAction()
  50 {
  51   return scrollable_browser.browser().getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  52 }
  53
  54
  55 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
  56 {
  57   scrollable_browser.browser().copySelectedSequenceAsFasta();
  58 }
  59
  60 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
  61     const std::vector< boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
  62     boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm)
  63 {
  64   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  65   clear();
  66   for(Mussa::vector_sequence_type::const_iterator seq_i = sequences.begin();
  67       seq_i != sequences.end();
  68       ++seq_i)
  69   {
  70     boost::shared_ptr<GlSequence> gs(new GlSequence(*seq_i, cm));
  71     converted_sequences.push_back(*gs);
  72     browser.push_sequence(*gs);
  73   }
  74   left_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  75   right_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  76   updatePosition();
  77 }
  78
  79 void SequenceBrowserWidget::setSequences(std::vector<GlSequence>& sequences)
  80 {
  81   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  82   clear();
  83   for(vector<GlSequence>::iterator seq_i = sequences.begin();
  84       seq_i != sequences.end();
  85       ++seq_i)
  86   {
  87     browser.push_sequence(*seq_i);
  88   }
  89   left_sidebar.setSequences(sequences);
  90   right_sidebar.setSequences(sequences);
  91   updatePosition();
  92 }
  93
  94 const vector<GlSequence>& SequenceBrowserWidget::sequences() const
  95 {
  96   return scrollable_browser.browser().sequences();
  97 }
  98
  99 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
 100 {
 101   scrollable_browser.browser().clear_links();
 102 }
 103
 104 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
 105                                  const std::vector<bool>& isRC,
 106                                  int length)
 107 {
 108   scrollable_browser.browser().link(path, isRC, length);
 109   scrollable_browser.browser().update();
 110 }
 111
 112 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 113 {
 114   return scrollable_browser.browser().selectedPaths();
 115 }
 116
 117 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 118 {
 119   scrollable_browser.browser().centerOnPath(paths);
 120   updatePosition();
 121 }
 122
 123 /* This could theoretically be pushed down to some set
 124  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 125  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 126  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 127  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 128  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 129  * And so though this could be better the typical use cases
 130  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 131  * or mussa output
 132  */
 133 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 134 {
 135   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 136   const vector<GlSequence> &sequences = browser.sequences();
 137   vector<SequenceDescription *> left = left_sidebar.descriptions;
 138   vector<SequenceDescription *> right = right_sidebar.descriptions;
 139   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 140   {
 141     left[i]->setPosition(sequences[i].leftbase(browser.viewportLeft()));
 142     right[i]->setPosition(sequences[i].rightbase(browser.viewportRight()));
 143   }
 144   scrollable_browser.browser().update();
 145   scrollable_browser.updateScrollBar();
 146 }
 147
 148 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 149 {
 150   QSize size;
 151   size = scrollable_browser.browser().size();
 152   //Image Save Dialog
 153   ImageSaveDialog imageSaveDialog(&scrollable_browser.browser(), this);
 154   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 155   imageSaveDialog.exec();
 156 }
 157
 158 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 159 {
 160   return scrollable_browser.browser().zoom();
 161 }
 162
 163 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 164 {
 165   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomOut();
 166   scrollable_browser.updateScrollBar();
 167   return zoom_level;
 168 }
 169
 170 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 171 {
 172   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomToSequence();
 173   scrollable_browser.updateScrollBar();
 174   return zoom_level;
 175 }
 176
 177 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 178 {
 179   scrollable_browser.browser().setZoom(z);
 180 }
 181
 182 void SequenceBrowserWidget::update()
 183 {
 184   QWidget::update();
 185   scrollable_browser.browser().update();
 186 }