qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QLabel>
   4 #include <QScrollBar>
   5 #include <QSpacerItem>
   6 #include <QSplitter>
   7 #include <QVBoxLayout>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  14 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  15
  16 #include "alg/glsequence.hpp"
  17
  18 #include <math.h>
  19 using namespace std;
  20
  21 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(QWidget *parent)
  22   : QWidget(parent),
  23     scrollable_browser(parent)
  24 {
  25   QHBoxLayout *hlayout = new QHBoxLayout;
  26   hlayout->addWidget(&left_sidebar, 0);
  27   hlayout->addWidget(&scrollable_browser, 1);
  28   hlayout->addWidget(&right_sidebar, 0);
  29   setLayout(hlayout);
  30
  31   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  32   connect(&scrollable_browser.browser(), SIGNAL(viewportChanged()),
  33           this, SLOT(updatePosition()));
  34 }
  35
  36 void SequenceBrowserWidget::clear()
  37 {
  38   converted_sequences.clear();
  39   scrollable_browser.browser().clear();
  40   left_sidebar.clear();
  41   right_sidebar.clear();
  42 }
  43
  44 void SequenceBrowserWidget::setSequences(const std::vector<Sequence>& sequences,
  45                                             AnnotationColors& cm)
  46 {
  47   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  48   clear();
  49   for(vector<Sequence>::const_iterator seq_i = sequences.begin();
  50       seq_i != sequences.end();
  51       ++seq_i)
  52   {
  53     GlSequence *gs= new GlSequence(*seq_i, cm);
  54     converted_sequences.push_back(*gs);
  55     browser.push_sequence(*gs);
  56   }
  57   left_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  58   right_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  59   updatePosition();
  60 }
  61
  62 void SequenceBrowserWidget::setSequences(std::vector<GlSequence>& sequences)
  63 {
  64   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  65   clear();
  66   for(vector<GlSequence>::iterator seq_i = sequences.begin();
  67       seq_i != sequences.end();
  68       ++seq_i)
  69   {
  70     browser.push_sequence(*seq_i);
  71   }
  72   left_sidebar.setSequences(sequences);
  73   right_sidebar.setSequences(sequences);
  74   updatePosition();
  75 }
  76
  77 const vector<GlSequence>& SequenceBrowserWidget::sequences() const
  78 {
  79   return scrollable_browser.browser().sequences();
  80 }
  81
  82 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
  83 {
  84   std::string buffer;
  85   scrollable_browser.browser().copySelectedTracksAsFasta(buffer);
  86 }
  87
  88 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
  89 {
  90   scrollable_browser.browser().clear_links();
  91 }
  92
  93 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
  94                                  const std::vector<bool>& isRC,
  95                                  int length)
  96 {
  97   scrollable_browser.browser().link(path, isRC, length);
  98   scrollable_browser.browser().update();
  99 }
 100
 101 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 102 {
 103   return scrollable_browser.browser().selectedPaths();
 104 }
 105
 106 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 107 {
 108   scrollable_browser.browser().centerOnPath(paths);
 109   updatePosition();
 110 }
 111
 112 /* This could theoretically be pushed down to some set
 113  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 114  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 115  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 116  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 117  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 118  * And so though this could be better the typical use cases
 119  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 120  * or mussa output
 121  */
 122 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 123 {
 124   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 125   const vector<GlSequence> &sequences = browser.sequences();
 126   vector<SequenceDescription *> left = left_sidebar.descriptions;
 127   vector<SequenceDescription *> right = right_sidebar.descriptions;
 128   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 129   {
 130     left[i]->setPosition(sequences[i].leftbase(browser.viewportLeft()));
 131     right[i]->setPosition(sequences[i].rightbase(browser.viewportRight()));
 132   }
 133   scrollable_browser.browser().update();
 134   scrollable_browser.updateScrollBar();
 135 }
 136
 137 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 138 {
 139   QSize size;
 140   size = scrollable_browser.browser().size();
 141   //Image Save Dialog
 142   ImageSaveDialog imageSaveDialog(&scrollable_browser.browser(), this);
 143   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 144   imageSaveDialog.exec();
 145 }
 146
 147 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 148 {
 149   return scrollable_browser.browser().zoom();
 150 }
 151
 152 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 153 {
 154   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomOut();
 155   scrollable_browser.updateScrollBar();
 156   return zoom_level;
 157 }
 158
 159 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 160 {
 161   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomToSequence();
 162   scrollable_browser.updateScrollBar();
 163   return zoom_level;
 164 }
 165
 166 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 167 {
 168   scrollable_browser.browser().setZoom(z);
 169 }
 170
 171 void SequenceBrowserWidget::update()
 172 {
 173   QWidget::update();
 174   scrollable_browser.browser().update();
 175 }