qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QLabel>
   4 #include <QScrollBar>
   5 #include <QSpacerItem>
   6 #include <QSplitter>
   7 #include <QVBoxLayout>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  14 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  15
  16 #include "alg/glsequence.hpp"
  17
  18 #include <math.h>
  19 using namespace std;
  20
  21 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(
  22     boost::shared_ptr<QDir> default_dir_,
  23     QWidget *parent
  24 )
  25   : QScrollArea(parent),
  26     default_dir(default_dir_),
  27     left_sidebar(new SequenceBrowserSidebar),
  28     scrollable_browser(new ScrollableSequenceBrowser),
  29     right_sidebar(new SequenceBrowserSidebar),
  30     layout(new QHBoxLayout),
  31     layout_container(new QWidget(this))
  32 {
  33   layout->addWidget(left_sidebar, 0);
  34   layout->addWidget(scrollable_browser, 1);
  35   layout->addWidget(right_sidebar, 0);
  36
  37   layout_container->setLayout(layout);
  38   setWidget(layout_container);
  39   setWidgetResizable(true);
  40
  41   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  42   connect(&(scrollable_browser->browser()), SIGNAL(viewportChanged()),
  43           this, SLOT(updatePosition()));
  44   connect(&(scrollable_browser->browser()), SIGNAL(basepairsCopied(size_t)),
  45           this, SIGNAL(basepairsCopied(size_t)));
  46 }
  47
  48 QSize SequenceBrowserWidget::sizeHint() const
  49 {
  50   // don't trust the layouts size computation
  51   // use some heavy handed brute force to compute
  52   // the correct size so our stupid scrollable_browser
  53   // will show the full viewport.
  54   QSize left = left_sidebar->sizeHint();
  55   QSize center = scrollable_browser->sizeHint();
  56   QSize right = right_sidebar->sizeHint();
  57
  58   int width = left.width()+center.width()+right.width();
  59   width += 2 * layout->margin();
  60   if (layout->spacing() > 0) {
  61     width += layout->spacing() * 3;
  62   }
  63   return QSize(width, center.height());
  64 }
  65
  66
  67 void SequenceBrowserWidget::clear()
  68 {
  69   converted_sequences.clear();
  70   scrollable_browser->browser().clear();
  71
  72   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar->descriptions;
  73   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar->descriptions;
  74   for(size_t i = 0; i != left_sidebar->size(); ++i)
  75   {
  76     disconnect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  77                right[i], SLOT(setName(const QString &)));
  78     disconnect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  79                left[i], SLOT(setName(const QString &)));
  80   }
  81   left_sidebar->clear();
  82   right_sidebar->clear();
  83 }
  84
  85 QMenu *SequenceBrowserWidget::getPopupMenu()
  86 {
  87   return scrollable_browser->browser().getPopupMenu();
  88 }
  89
  90 QAction *SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsStringAction()
  91 {
  92   return scrollable_browser->browser().getCopySelectedSequenceAsStringAction();
  93 }
  94
  95 QAction *SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsFastaAction()
  96 {
  97   return scrollable_browser->browser().getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  98 }
  99
 100 QAction *SequenceBrowserWidget::getEditSequencePropertiesAction()
 101 {
 102   return scrollable_browser->browser().getEditSequencePropertiesAction();
 103 }
 104
 105 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
 106 {
 107   scrollable_browser->browser().copySelectedSequenceAsFasta();
 108 }
 109
 110 void SequenceBrowserWidget::copySelectedTracksAsSeqLocation(
 111     std::list<SequenceLocation>& locations
 112 )
 113 {
 114   scrollable_browser->browser().copySelectedTracksAsSeqLocation(locations);
 115 }
 116
 117 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
 118     const std::vector<boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
 119     boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm)
 120 {
 121   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser->browser();
 122   clear();
 123   for(Mussa::vector_sequence_type::const_iterator seq_i = sequences.begin();
 124       seq_i != sequences.end();
 125       ++seq_i)
 126   {
 127     boost::shared_ptr<GlSequence> gs(new GlSequence(*seq_i, cm));
 128     converted_sequences.push_back(gs);
 129     browser.push_sequence(gs);
 130   }
 131   left_sidebar->setSequences(converted_sequences);
 132   right_sidebar->setSequences(converted_sequences);
 133
 134   // connect the text change signals to each other
 135   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar->descriptions;
 136   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar->descriptions;
 137   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 138   {
 139     connect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 140             right[i], SLOT(setName(const QString &)));
 141     connect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 142             left[i], SLOT(setName(const QString &)));
 143   }
 144
 145   updatePosition();
 146 }
 147
 148 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
 149   std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences
 150 )
 151 {
 152   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser->browser();
 153   clear();
 154   for(vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::iterator seq_i = sequences.begin();
 155       seq_i != sequences.end();
 156       ++seq_i)
 157   {
 158     browser.push_sequence(*seq_i);
 159   }
 160   left_sidebar->setSequences(sequences);
 161   right_sidebar->setSequences(sequences);
 162   updatePosition();
 163 }
 164
 165 const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& SequenceBrowserWidget::sequences() const
 166 {
 167   return scrollable_browser->browser().sequences();
 168 }
 169
 170 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
 171 {
 172   scrollable_browser->browser().clear_links();
 173 }
 174
 175 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
 176                                  const std::vector<bool>& isRC,
 177                                  int length)
 178 {
 179   scrollable_browser->browser().link(path, isRC, length);
 180   scrollable_browser->browser().update();
 181 }
 182
 183 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 184 {
 185   return scrollable_browser->browser().selectedPaths();
 186 }
 187
 188 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 189 {
 190   scrollable_browser->browser().centerOnPath(paths);
 191   updatePosition();
 192 }
 193
 194 /* This could theoretically be pushed down to some set
 195  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 196  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 197  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 198  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 199  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 200  * And so though this could be better the typical use cases
 201  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 202  * or mussa output
 203  */
 204 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 205 {
 206   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser->browser();
 207   const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> > &sequences = browser.sequences();
 208   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar->descriptions;
 209   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar->descriptions;
 210   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 211   {
 212     left[i]->setPosition(sequences[i]->leftbase(browser.viewportLeft()));
 213     right[i]->setPosition(sequences[i]->rightbase(browser.viewportRight()));
 214   }
 215   scrollable_browser->browser().update();
 216   scrollable_browser->updateScrollBar();
 217 }
 218
 219 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 220 {
 221   QSize size;
 222   size = scrollable_browser->browser().size();
 223   //Image Save Dialog
 224   ImageSaveDialog imageSaveDialog(default_dir, scrollable_browser, this);
 225   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 226   imageSaveDialog.exec();
 227 }
 228
 229 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 230 {
 231   return scrollable_browser->browser().zoom();
 232 }
 233
 234 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 235 {
 236   double zoom_level = scrollable_browser->browser().zoomOut();
 237   scrollable_browser->updateScrollBar();
 238   return zoom_level;
 239 }
 240
 241 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 242 {
 243   double zoom_level = scrollable_browser->browser().zoomToSequence();
 244   scrollable_browser->updateScrollBar();
 245   return zoom_level;
 246 }
 247
 248 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 249 {
 250   scrollable_browser->browser().setZoom(z);
 251 }
 252
 253 void SequenceBrowserWidget::update()
 254 {
 255   QWidget::update();
 256   scrollable_browser->browser().update();
 257 }