qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QLabel>
   4 #include <QScrollBar>
   5 #include <QSpacerItem>
   6 #include <QSplitter>
   7 #include <QVBoxLayout>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  14 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  15
  16 #include "alg/glsequence.hpp"
  17
  18 #include <math.h>
  19 using namespace std;
  20
  21 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(QWidget *parent)
  22   : QWidget(parent),
  23     scrollable_browser(parent)
  24 {
  25   QHBoxLayout *hlayout = new QHBoxLayout;
  26   hlayout->addWidget(&left_sidebar, 0);
  27   hlayout->addWidget(&scrollable_browser, 1);
  28   hlayout->addWidget(&right_sidebar, 0);
  29   setLayout(hlayout);
  30
  31   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  32   connect(&scrollable_browser.browser(), SIGNAL(viewportChanged()),
  33           this, SLOT(updatePosition()));
  34 }
  35
  36 void SequenceBrowserWidget::clear()
  37 {
  38   converted_sequences.clear();
  39   scrollable_browser.browser().clear();
  40
  41   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar.descriptions;
  42   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar.descriptions;
  43   for(size_t i = 0; i != left_sidebar.size(); ++i)
  44   {
  45     disconnect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  46                right[i], SLOT(setName(const QString &)));
  47     disconnect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  48                left[i], SLOT(setName(const QString &)));
  49   }
  50   left_sidebar.clear();
  51   right_sidebar.clear();
  52 }
  53
  54 QMenu &SequenceBrowserWidget::getPopupMenu()
  55 {
  56   return scrollable_browser.browser().getPopupMenu();
  57 }
  58
  59 QAction &SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsFastaAction()
  60 {
  61   return scrollable_browser.browser().getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  62 }
  63
  64
  65 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
  66 {
  67   scrollable_browser.browser().copySelectedSequenceAsFasta();
  68 }
  69
  70 void SequenceBrowserWidget::copySelectedTracksAsSeqLocation(
  71     std::list<SequenceLocation>& locations
  72 )
  73 {
  74   scrollable_browser.browser().copySelectedTracksAsSeqLocation(locations);
  75 }
  76
  77 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
  78     const std::vector<boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
  79     boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm)
  80 {
  81   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  82   clear();
  83   for(Mussa::vector_sequence_type::const_iterator seq_i = sequences.begin();
  84       seq_i != sequences.end();
  85       ++seq_i)
  86   {
  87     boost::shared_ptr<GlSequence> gs(new GlSequence(*seq_i, cm));
  88     converted_sequences.push_back(gs);
  89     browser.push_sequence(gs);
  90   }
  91   left_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  92   right_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  93
  94   // connect the text change signals to each other
  95   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar.descriptions;
  96   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar.descriptions;
  97   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
  98   {
  99     connect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 100             right[i], SLOT(setName(const QString &)));
 101     connect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 102             left[i], SLOT(setName(const QString &)));
 103   }
 104
 105   updatePosition();
 106 }
 107
 108 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
 109   std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences
 110 )
 111 {
 112   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 113   clear();
 114   for(vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::iterator seq_i = sequences.begin();
 115       seq_i != sequences.end();
 116       ++seq_i)
 117   {
 118     browser.push_sequence(*seq_i);
 119   }
 120   left_sidebar.setSequences(sequences);
 121   right_sidebar.setSequences(sequences);
 122   updatePosition();
 123 }
 124
 125 const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& SequenceBrowserWidget::sequences() const
 126 {
 127   return scrollable_browser.browser().sequences();
 128 }
 129
 130 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
 131 {
 132   scrollable_browser.browser().clear_links();
 133 }
 134
 135 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
 136                                  const std::vector<bool>& isRC,
 137                                  int length)
 138 {
 139   scrollable_browser.browser().link(path, isRC, length);
 140   scrollable_browser.browser().update();
 141 }
 142
 143 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 144 {
 145   return scrollable_browser.browser().selectedPaths();
 146 }
 147
 148 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 149 {
 150   scrollable_browser.browser().centerOnPath(paths);
 151   updatePosition();
 152 }
 153
 154 /* This could theoretically be pushed down to some set
 155  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 156  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 157  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 158  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 159  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 160  * And so though this could be better the typical use cases
 161  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 162  * or mussa output
 163  */
 164 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 165 {
 166   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 167   const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> > &sequences = browser.sequences();
 168   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar.descriptions;
 169   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar.descriptions;
 170   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 171   {
 172     left[i]->setPosition(sequences[i]->leftbase(browser.viewportLeft()));
 173     right[i]->setPosition(sequences[i]->rightbase(browser.viewportRight()));
 174   }
 175   scrollable_browser.browser().update();
 176   scrollable_browser.updateScrollBar();
 177 }
 178
 179 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 180 {
 181   QSize size;
 182   size = scrollable_browser.browser().size();
 183   //Image Save Dialog
 184   ImageSaveDialog imageSaveDialog(&scrollable_browser.browser(), this);
 185   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 186   imageSaveDialog.exec();
 187 }
 188
 189 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 190 {
 191   return scrollable_browser.browser().zoom();
 192 }
 193
 194 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 195 {
 196   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomOut();
 197   scrollable_browser.updateScrollBar();
 198   return zoom_level;
 199 }
 200
 201 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 202 {
 203   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomToSequence();
 204   scrollable_browser.updateScrollBar();
 205   return zoom_level;
 206 }
 207
 208 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 209 {
 210   scrollable_browser.browser().setZoom(z);
 211 }
 212
 213 void SequenceBrowserWidget::update()
 214 {
 215   QWidget::update();
 216   scrollable_browser.browser().update();
 217 }