qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.cpp

   1 #include <iostream>
   2
   3 #include <QLabel>
   4 #include <QScrollBar>
   5 #include <QSpacerItem>
   6 #include <QSplitter>
   7 #include <QVBoxLayout>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  14 #include "qui/ImageSaveDialog.hpp"
  15
  16 #include "alg/glsequence.hpp"
  17
  18 #include <math.h>
  19 using namespace std;
  20
  21 SequenceBrowserWidget::SequenceBrowserWidget(
  22     boost::shared_ptr<QDir> default_dir_,
  23     QWidget *parent
  24 )
  25   : QWidget(parent),
  26     default_dir(default_dir_),
  27     scrollable_browser(this)
  28 {
  29   QHBoxLayout *hlayout = new QHBoxLayout;
  30   hlayout->addWidget(&left_sidebar, 0);
  31   hlayout->addWidget(&scrollable_browser, 1);
  32   hlayout->addWidget(&right_sidebar, 0);
  33   setLayout(hlayout);
  34
  35   // update position values when something in the SequenceBrowser changes
  36   connect(&scrollable_browser.browser(), SIGNAL(viewportChanged()),
  37           this, SLOT(updatePosition()));
  38   connect(&scrollable_browser.browser(), SIGNAL(basepairsCopied(size_t)),
  39           this, SIGNAL(basepairsCopied(size_t)));
  40 }
  41
  42 void SequenceBrowserWidget::clear()
  43 {
  44   converted_sequences.clear();
  45   scrollable_browser.browser().clear();
  46
  47   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar.descriptions;
  48   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar.descriptions;
  49   for(size_t i = 0; i != left_sidebar.size(); ++i)
  50   {
  51     disconnect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  52                right[i], SLOT(setName(const QString &)));
  53     disconnect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
  54                left[i], SLOT(setName(const QString &)));
  55   }
  56   left_sidebar.clear();
  57   right_sidebar.clear();
  58 }
  59
  60 QMenu *SequenceBrowserWidget::getPopupMenu()
  61 {
  62   return scrollable_browser.browser().getPopupMenu();
  63 }
  64
  65 QAction *SequenceBrowserWidget::getCopySelectedSequenceAsFastaAction()
  66 {
  67   return scrollable_browser.browser().getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  68 }
  69
  70
  71 void SequenceBrowserWidget::copySelectedSequenceAsFasta()
  72 {
  73   scrollable_browser.browser().copySelectedSequenceAsFasta();
  74 }
  75
  76 void SequenceBrowserWidget::copySelectedTracksAsSeqLocation(
  77     std::list<SequenceLocation>& locations
  78 )
  79 {
  80   scrollable_browser.browser().copySelectedTracksAsSeqLocation(locations);
  81 }
  82
  83 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
  84     const std::vector<boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
  85     boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm)
  86 {
  87   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
  88   clear();
  89   for(Mussa::vector_sequence_type::const_iterator seq_i = sequences.begin();
  90       seq_i != sequences.end();
  91       ++seq_i)
  92   {
  93     boost::shared_ptr<GlSequence> gs(new GlSequence(*seq_i, cm));
  94     converted_sequences.push_back(gs);
  95     browser.push_sequence(gs);
  96   }
  97   left_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  98   right_sidebar.setSequences(converted_sequences);
  99
 100   // connect the text change signals to each other
 101   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar.descriptions;
 102   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar.descriptions;
 103   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 104   {
 105     connect(left[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 106             right[i], SLOT(setName(const QString &)));
 107     connect(right[i], SIGNAL(nameChanged(const QString &)),
 108             left[i], SLOT(setName(const QString &)));
 109   }
 110
 111   updatePosition();
 112 }
 113
 114 void SequenceBrowserWidget::setSequences(
 115   std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences
 116 )
 117 {
 118   SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 119   clear();
 120   for(vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >::iterator seq_i = sequences.begin();
 121       seq_i != sequences.end();
 122       ++seq_i)
 123   {
 124     browser.push_sequence(*seq_i);
 125   }
 126   left_sidebar.setSequences(sequences);
 127   right_sidebar.setSequences(sequences);
 128   updatePosition();
 129 }
 130
 131 const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& SequenceBrowserWidget::sequences() const
 132 {
 133   return scrollable_browser.browser().sequences();
 134 }
 135
 136 void SequenceBrowserWidget::clear_links()
 137 {
 138   scrollable_browser.browser().clear_links();
 139 }
 140
 141 void SequenceBrowserWidget::link(const std::vector<int>& path,
 142                                  const std::vector<bool>& isRC,
 143                                  int length)
 144 {
 145   scrollable_browser.browser().link(path, isRC, length);
 146   scrollable_browser.browser().update();
 147 }
 148
 149 const std::set<int> SequenceBrowserWidget::selectedPaths() const
 150 {
 151   return scrollable_browser.browser().selectedPaths();
 152 }
 153
 154 void SequenceBrowserWidget::centerOnPath(const vector<int>& paths)
 155 {
 156   scrollable_browser.browser().centerOnPath(paths);
 157   updatePosition();
 158 }
 159
 160 /* This could theoretically be pushed down to some set
 161  * of signals and slots connecting SequenceDescriptions and
 162  * some signal emitted by the browser's viewportChanged code
 163  * but evertime I tried to figure it out, I got confused about
 164  * how the descriptions in one of the sidebars was supposed to know
 165  * if it was mapping the rightbase or the leftbase.
 166  * And so though this could be better the typical use cases
 167  * can just talk to the SequenceBrowserWidget for rendering
 168  * or mussa output
 169  */
 170 void SequenceBrowserWidget::updatePosition()
 171 {
 172   const SequenceBrowser& browser = scrollable_browser.browser();
 173   const vector<boost::shared_ptr<GlSequence> > &sequences = browser.sequences();
 174   SequenceBrowserSidebar::collection left = left_sidebar.descriptions;
 175   SequenceBrowserSidebar::collection right = right_sidebar.descriptions;
 176   for(size_t i = 0; i != sequences.size() and i != right.size(); ++i)
 177   {
 178     left[i]->setPosition(sequences[i]->leftbase(browser.viewportLeft()));
 179     right[i]->setPosition(sequences[i]->rightbase(browser.viewportRight()));
 180   }
 181   scrollable_browser.browser().update();
 182   scrollable_browser.updateScrollBar();
 183 }
 184
 185 void SequenceBrowserWidget::promptSaveBrowserPixmap()
 186 {
 187   QSize size;
 188   size = scrollable_browser.browser().size();
 189   //Image Save Dialog
 190   ImageSaveDialog imageSaveDialog(default_dir, &scrollable_browser, this);
 191   imageSaveDialog.setSize(size.width(), size.height());
 192   imageSaveDialog.exec();
 193 }
 194
 195 double SequenceBrowserWidget::zoom()
 196 {
 197   return scrollable_browser.browser().zoom();
 198 }
 199
 200 double SequenceBrowserWidget::zoomOut()
 201 {
 202   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomOut();
 203   scrollable_browser.updateScrollBar();
 204   return zoom_level;
 205 }
 206
 207 double SequenceBrowserWidget::zoomToSequence()
 208 {
 209   double zoom_level = scrollable_browser.browser().zoomToSequence();
 210   scrollable_browser.updateScrollBar();
 211   return zoom_level;
 212 }
 213
 214 void SequenceBrowserWidget::setZoom(double z)
 215 {
 216   scrollable_browser.browser().setZoom(z);
 217 }
 218
 219 void SequenceBrowserWidget::update()
 220 {
 221   QWidget::update();
 222   scrollable_browser.browser().update();
 223 }