qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp

   1 #ifndef _PATH_WIDGET_H_
   2 #define _PATH_WIDGET_H_
   3 #include <vector>
   4
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QDir>
   8 #include <QScrollArea>
   9 #include <QSize>
  10 #include <QWidget>
  11
  12 #include "alg/sequence.hpp"
  13 #include "alg/glsequence.hpp"
  14 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  15 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserSidebar.hpp"
  16
  17 //! the master widget that makes a useful Sequence Browser
  18 class SequenceBrowserWidget : public QScrollArea
  19 {
  20   Q_OBJECT
  21
  22 public:
  23   SequenceBrowserWidget(QWidget *parent=0);
  24   SequenceBrowserWidget(const SequenceBrowserWidget &);
  25   SequenceBrowserWidget(boost::shared_ptr<QDir>, QWidget *parent=0);
  26
  27   //! return our wrapped browser, so we can test it.
  28   SequenceBrowser& browser() { return scrollable_browser->browser(); }
  29
  30   //! return the popup menu for the glcanvas (reference stored internally)
  31   QMenu *getPopupMenu();
  32   //! return our fasta copy action (reference stored internally)
  33   QAction *getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  34   //! return our string copy action (reference stored internally)
  35   QAction *getCopySelectedSequenceAsStringAction();
  36   //! return sequence properties edit action
  37   QAction *getEditSequencePropertiesAction();
  38
  39   QSize sizeHint() const;
  40
  41   //! copy selected track regions into a list of SequenceLocations
  42   void copySelectedTracksAsSeqLocation(std::list<SequenceLocation>& );
  43
  44   //! return current zoom size
  45   double zoom();
  46
  47   //! reset all of our stored data back to the empty state
  48   void clear();
  49
  50   /* Attach sequences to our browser, its best to attach them all
  51    * at once, as otherwise the Sidebar has some rendering trouble
  52    * as it draw and redraws the SequenceDescriptions in the various
  53    * positions.
  54    */
  55   void setSequences(
  56       const std::vector< boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
  57       boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm);
  58   void setSequences(std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences);
  59   const std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences() const;
  60
  61   //! reset just the links we're displaying
  62   void clear_links();
  63   //! set per species links
  64   void link(const std::vector<int> &path, const std::vector<bool>& isRC, int length);
  65   // return set of pathids defined by order of link calls
  66   const std::set<int> selectedPaths() const;
  67   void centerOnPath(const std::vector<int>& paths);
  68
  69 public slots:
  70   //! copy selected sequence
  71   void copySelectedSequenceAsFasta();
  72
  73   //! set the zoom level of our browser
  74   void setZoom(double);
  75   //! zoom to fit the whole scene on the screen
  76   double zoomOut();
  77   //! zoom to sequence
  78   double zoomToSequence();
  79
  80   void updatePosition();
  81   //! ask the user where to save an image of the current browser view
  82   void promptSaveBrowserPixmap();
  83
  84   void update();
  85
  86 signals:
  87   //! emit when someone copies basepairs
  88   void basepairsCopied(size_t);
  89   //! emit when sequence browser alerts this widget of mouse wheel zoom event
  90   void mouseWheelZoom(double);
  91
  92 private:
  93   boost::shared_ptr<QDir> default_dir;
  94   ScrollableSequenceBrowser *scrollable_browser;
  95   SequenceBrowserSidebar *left_sidebar;
  96   SequenceBrowserSidebar *right_sidebar;
  97   QHBoxLayout *layout;
  98   QWidget *layout_container;
  99
 100   //! sequences created by a setSequences(vector<Sequences>) call
 101   /*! I need to save them so i can free them to avoid a memory leak
 102    */
 103   std::vector<GlSequenceRef > converted_sequences;
 104
 105   //! shared code for constructors
 106   void init();
 107 };
 108 #endif