qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp

   1 #ifndef _PATH_WIDGET_H_
   2 #define _PATH_WIDGET_H_
   3 #include <vector>
   4
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QDir>
   8 #include <QScrollArea>
   9 #include <QSize>
  10 #include <QWidget>
  11
  12 #include "alg/sequence.hpp"
  13 #include "alg/glsequence.hpp"
  14 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  15 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserSidebar.hpp"
  16
  17 //! the master widget that makes a useful Sequence Browser
  18 class SequenceBrowserWidget : public QWidget
  19 {
  20   Q_OBJECT
  21
  22 public:
  23   SequenceBrowserWidget(boost::shared_ptr<QDir>, QWidget *parent=0);
  24
  25   //! return the popup menu for the glcanvas (reference stored internally)
  26   QMenu *getPopupMenu();
  27   //! return our fasta copy action (reference stored internally)
  28   QAction *getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  29   //! return our string copy action (reference stored internally)
  30   QAction *getCopySelectedSequenceAsStringAction();
  31
  32   QSize sizeHint() const;
  33
  34   //! copy selected track regions into a list of SequenceLocations
  35   void copySelectedTracksAsSeqLocation(std::list<SequenceLocation>& );
  36
  37   //! return current zoom size
  38   double zoom();
  39
  40   //! reset all of our stored data back to the empty state
  41   void clear();
  42
  43   /* Attach sequences to our browser, its best to attach them all
  44    * at once, as otherwise the Sidebar has some rendering trouble
  45    * as it draw and redraws the SequenceDescriptions in the various
  46    * positions.
  47    */
  48   //void push_sequences(std::vector<Sequence>& sequences);
  49   void setSequences(
  50       const std::vector< boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
  51       boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm);
  52   void setSequences(std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences);
  53   const std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences() const;
  54
  55   //! reset just the links we're displaying
  56   void clear_links();
  57   //! set per species links
  58   void link(const std::vector<int> &path, const std::vector<bool>& isRC, int length);
  59   // return set of pathids defined by order of link calls
  60   const std::set<int> selectedPaths() const;
  61   void centerOnPath(const std::vector<int>& paths);
  62
  63 public slots:
  64   //! copy selected sequence
  65   void copySelectedSequenceAsFasta();
  66
  67   //! set the zoom level of our browser
  68   void setZoom(double);
  69   //! zoom to fit the whole scene on the screen
  70   double zoomOut();
  71   //! zoom to sequence
  72   double zoomToSequence();
  73
  74   void updatePosition();
  75   //! ask the user where to save an image of the current browser view
  76   void promptSaveBrowserPixmap();
  77
  78   void update();
  79
  80 signals:
  81   //! emit when someone copies basepairs
  82   void basepairsCopied(size_t);
  83
  84 private:
  85   boost::shared_ptr<QDir> default_dir;
  86   ScrollableSequenceBrowser *scrollable_browser;
  87   SequenceBrowserSidebar *left_sidebar;
  88   SequenceBrowserSidebar *right_sidebar;
  89   QHBoxLayout *layout;
  90
  91   //! sequences created by a setSequences(vector<Sequences>) call
  92   /*! I need to save them so i can free them to avoid a memory leak
  93    */
  94   std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> > converted_sequences;
  95 };
  96 #endif