qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp

   1 #ifndef _PATH_WIDGET_H_
   2 #define _PATH_WIDGET_H_
   3 #include <vector>
   4
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QWidget>
   8
   9 #include "alg/sequence.hpp"
  10 #include "alg/glsequence.hpp"
  11 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserSidebar.hpp"
  13
  14 //! the master widget that makes a useful Sequence Browser
  15 class SequenceBrowserWidget : public QWidget
  16 {
  17   Q_OBJECT
  18
  19 public:
  20   SequenceBrowserWidget(QWidget *parent=0);
  21
  22   //! return the popup menu for the glcanvas (reference stored internally)
  23   QMenu &getPopupMenu();
  24   //! return our copy actioy (reference stored internally)
  25   QAction &getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  26
  27   //! copy selected track regions into a list of SequenceLocations
  28   void copySelectedTracksAsSeqLocation(std::list<SequenceLocation>& );
  29
  30   //! return current zoom size
  31   double zoom();
  32
  33   //! reset all of our stored data back to the empty state
  34   void clear();
  35
  36   /* Attach sequences to our browser, its best to attach them all
  37    * at once, as otherwise the Sidebar has some rendering trouble
  38    * as it draw and redraws the SequenceDescriptions in the various
  39    * positions.
  40    */
  41   //void push_sequences(std::vector<Sequence>& sequences);
  42   void setSequences(
  43       const std::vector< boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
  44       boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm);
  45   void setSequences(std::vector<GlSequence>& sequences);
  46   const std::vector<GlSequence>& sequences() const;
  47
  48   //! reset just the links we're displaying
  49   void clear_links();
  50   //! set per species links
  51   void link(const std::vector<int> &path, const std::vector<bool>& isRC, int length);
  52   // return set of pathids defined by order of link calls
  53   const std::set<int> selectedPaths() const;
  54   void centerOnPath(const std::vector<int>& paths);
  55
  56 public slots:
  57   //! copy selected sequence
  58   void copySelectedSequenceAsFasta();
  59
  60   //! set the zoom level of our browser
  61   void setZoom(double);
  62   //! zoom to fit the whole scene on the screen
  63   double zoomOut();
  64   //! zoom to sequence
  65   double zoomToSequence();
  66
  67   void updatePosition();
  68   //! ask the user where to save an image of the current browser view
  69   void promptSaveBrowserPixmap();
  70
  71   void update();
  72
  73 private:
  74   ScrollableSequenceBrowser scrollable_browser;
  75   SequenceBrowserSidebar left_sidebar;
  76   SequenceBrowserSidebar right_sidebar;
  77
  78   //! sequences created by a setSequences(vector<Sequences>) call
  79   /*! I need to save them so i can free them to avoid a memory leak
  80    */
  81   std::vector<GlSequence> converted_sequences;
  82 };
  83 #endif