qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp

   1 #ifndef _PATH_WIDGET_H_
   2 #define _PATH_WIDGET_H_
   3 #include <vector>
   4
   5 #include <boost/shared_ptr.hpp>
   6
   7 #include <QDir>
   8 #include <QWidget>
   9
  10 #include "alg/sequence.hpp"
  11 #include "alg/glsequence.hpp"
  12 #include "qui/seqbrowser/ScrollableSequenceBrowser.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserSidebar.hpp"
  14
  15 //! the master widget that makes a useful Sequence Browser
  16 class SequenceBrowserWidget : public QWidget
  17 {
  18   Q_OBJECT
  19
  20 public:
  21   SequenceBrowserWidget(boost::shared_ptr<QDir>, QWidget *parent=0);
  22
  23   //! return the popup menu for the glcanvas (reference stored internally)
  24   QMenu *getPopupMenu();
  25   //! return our copy actioy (reference stored internally)
  26   QAction *getCopySelectedSequenceAsFastaAction();
  27
  28   //! copy selected track regions into a list of SequenceLocations
  29   void copySelectedTracksAsSeqLocation(std::list<SequenceLocation>& );
  30
  31   //! return current zoom size
  32   double zoom();
  33
  34   //! reset all of our stored data back to the empty state
  35   void clear();
  36
  37   /* Attach sequences to our browser, its best to attach them all
  38    * at once, as otherwise the Sidebar has some rendering trouble
  39    * as it draw and redraws the SequenceDescriptions in the various
  40    * positions.
  41    */
  42   //void push_sequences(std::vector<Sequence>& sequences);
  43   void setSequences(
  44       const std::vector< boost::shared_ptr<Sequence> >& sequences,
  45       boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm);
  46   void setSequences(std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences);
  47   const std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> >& sequences() const;
  48
  49   //! reset just the links we're displaying
  50   void clear_links();
  51   //! set per species links
  52   void link(const std::vector<int> &path, const std::vector<bool>& isRC, int length);
  53   // return set of pathids defined by order of link calls
  54   const std::set<int> selectedPaths() const;
  55   void centerOnPath(const std::vector<int>& paths);
  56
  57 public slots:
  58   //! copy selected sequence
  59   void copySelectedSequenceAsFasta();
  60
  61   //! set the zoom level of our browser
  62   void setZoom(double);
  63   //! zoom to fit the whole scene on the screen
  64   double zoomOut();
  65   //! zoom to sequence
  66   double zoomToSequence();
  67
  68   void updatePosition();
  69   //! ask the user where to save an image of the current browser view
  70   void promptSaveBrowserPixmap();
  71
  72   void update();
  73
  74 private:
  75   boost::shared_ptr<QDir> default_dir;
  76   ScrollableSequenceBrowser scrollable_browser;
  77   SequenceBrowserSidebar left_sidebar;
  78   SequenceBrowserSidebar right_sidebar;
  79
  80   //! sequences created by a setSequences(vector<Sequences>) call
  81   /*! I need to save them so i can free them to avoid a memory leak
  82    */
  83   std::vector<boost::shared_ptr<GlSequence> > converted_sequences;
  84 };
  85 #endif