qui/seqbrowser/test/TestSequenceBrowserWidget.hpp

   1 #ifndef TESTSEQUENCEBROWSERWIDGET_HPP_
   2 #define TESTSEQUENCEBROWSERWIDGET_HPP_
   3 #include <QtGui>
   4 #include <QVariant>
   5 #include <QtTest/QtTest>
   6 #include <QtTest/QSignalSpy>
   7
   8 #include <vector>
   9
  10 #include <boost/shared_ptr.hpp>
  11
  12 #include "alg/sequence.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  14
  15 class TestSequenceBrowserWidget : public QObject
  16 {
  17   Q_OBJECT
  18
  19 private slots:
  20
  21   void testSimpleConstructor() {
  22     boost::shared_ptr<QDir> d(new QDir("."));
  23     SequenceBrowserWidget *browser = new SequenceBrowserWidget(d);
  24   }
  25
  26   // do we have the right colors?
  27   void testChangeMotifColor() {
  28     boost::shared_ptr<QDir> d(new QDir("."));
  29
  30     std::vector<Sequence> motifs;
  31     motifs.push_back("AAGG");
  32     std::vector<Color> colors1;
  33     colors1.push_back(Color(0.0, 0.0, 1.0));
  34
  35     MussaRef m(new Mussa);
  36     m->append_sequence("AAAAGGGGTTTT");
  37     m->set_motifs(motifs, colors1);
  38     QVERIFY(m->sequences().size() == 1);
  39     QVERIFY(m->sequences()[0]->motifs().size() == 1);
  40     QVERIFY(m->sequences()[0]->motifs().front().sequence == "AAGG");
  41     QVERIFY(m->colorMapper()->lookup("motif", "AAGG") == colors1[0]);
  42
  43     SequenceBrowserWidget *browser = new SequenceBrowserWidget(d);
  44     browser->setSequences(m->sequences(), m->colorMapper());
  45     std::vector<GlSequenceRef> glseqs1(browser->sequences());
  46     QVERIFY(glseqs1.size() == 1);
  47     QVERIFY(glseqs1[0]->colorMapper() == m->colorMapper());
  48     QVERIFY(glseqs1[0]->colorMapper()->lookup("motif", "AAGG") == colors1[0]);
  49
  50     std::vector<Color> colors2;
  51     colors2.push_back(Color(1.0, 0.0, 0.0));
  52     m->set_motifs(motifs, colors2);
  53     QVERIFY(m->sequences().size() == 1);
  54     QVERIFY(m->sequences()[0]->motifs().size() == 1);
  55     QVERIFY(m->sequences()[0]->motifs().front().sequence == "AAGG");
  56     QVERIFY(m->colorMapper()->lookup("motif", "AAGG") == colors2[0]);
  57
  58     std::vector<GlSequenceRef> glseqs2(browser->sequences());
  59     QVERIFY(glseqs2.size() == 1);
  60     QVERIFY(glseqs2[0]->colorMapper() == m->colorMapper());
  61     QVERIFY(glseqs2[0]->colorMapper()->lookup("motif", "AAGG") == colors2[0]);
  62   }
  63
  64   // do we have the right colors?
  65   void testChangeMotifSequencer() {
  66     boost::shared_ptr<QDir> d(new QDir("."));
  67
  68     std::string aagg("AAGG");
  69     std::vector<Sequence> motifs1;
  70     motifs1.push_back(aagg);
  71     std::vector<Color> colors1;
  72     colors1.push_back(Color(0.0, 0.0, 1.0));
  73
  74     MussaRef m(new Mussa);
  75     m->append_sequence("AAAAGGGG");
  76     m->append_sequence("AAAACCCC");
  77     m->set_motifs(motifs1, colors1);
  78     QVERIFY(m->sequences().size() == 2);
  79     QVERIFY(m->sequences()[0]->motifs().size() == 1);
  80     QVERIFY(m->sequences()[0]->motifs().front().sequence == aagg);
  81     QVERIFY(m->sequences()[1]->motifs().size() == 0);
  82     QVERIFY(m->colorMapper()->lookup("motif", aagg) == colors1[0]);
  83
  84     SequenceBrowserWidget *browser = new SequenceBrowserWidget(d);
  85     browser->setSequences(m->sequences(), m->colorMapper());
  86     // does the sequence browser have the right motif pattern?
  87     std::vector<GlSequenceRef> glseqs1(browser->sequences());
  88     QVERIFY(glseqs1.size() == 2);
  89     QVERIFY(glseqs1[0]->motifs().size() == 1);
  90     QVERIFY(glseqs1[0]->motifs().front().sequence == aagg);
  91     QVERIFY(glseqs1[1]->motifs().size() == 0);
  92     QVERIFY(glseqs1[0]->colorMapper() == m->colorMapper());
  93     QVERIFY(glseqs1[0]->colorMapper()->lookup("motif", aagg) == colors1[0]);
  94
  95     std::vector<Sequence> motifs2;
  96     std::string aacc("AACC");
  97     motifs2.push_back(aacc);
  98     m->set_motifs(motifs2, colors1);
  99     // did the copy of our sequences in the mussa analysis object get updated?
 100     QVERIFY(m->sequences().size() == 2);
 101     QVERIFY(m->sequences()[0]->motifs().size() == 0);
 102     QVERIFY(m->sequences()[1]->motifs().size() == 1);
 103     QVERIFY(m->sequences()[1]->motifs().front().sequence == aacc);
 104     QVERIFY(m->colorMapper()->lookup("motif", aacc) == colors1[0]);
 105
 106     // did the copy of our sequences in the browser get updated?
 107     std::vector<GlSequenceRef> glseqs2(browser->sequences());
 108     QVERIFY(glseqs2.size() == 2);
 109     QVERIFY(glseqs2[0]->motifs().size() == 0);
 110     QVERIFY(glseqs2[1]->motifs().size() == 1);
 111     QVERIFY(glseqs2[1]->motifs().front().sequence == aacc);
 112     QVERIFY(glseqs2[0]->colorMapper() == m->colorMapper());
 113     QVERIFY(glseqs2[0]->colorMapper()->lookup("motif", aacc) == colors1[0]);
 114   }
 115
 116   void testAnnotationsInTwoBrowsers()
 117   {
 118     // Make sure that our annotations parent is pointing to the
 119     // most right seqspan parent
 120     boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm(new AnnotationColors);
 121     std::vector<SequenceRef> seqs;
 122     SequenceRef seq0(new Sequence("AAAAGGGG"));
 123     seq0->add_annotation("A","A", 0, 4);
 124     seqs.push_back(seq0);
 125     SequenceRef seq1(new Sequence("GGGGTTTT"));
 126     seqs.push_back(seq1);
 127
 128     QVERIFY(seq0->annotations().size() == 1);
 129     QVERIFY(seq0->seqspan() == seq0->annotations().front()->parent() );
 130
 131     boost::shared_ptr<QDir> d(new QDir("."));
 132     SequenceBrowserWidget *b1 = new SequenceBrowserWidget(d);
 133     b1->setSequences(seqs, cm );
 134     QVERIFY( b1->sequences().size() == 2);
 135     // annotations().size() now always has the base
 136     // where is the sequence annotation
 137     QVERIFY( b1->sequences()[0]->annotations().size() == 2 );
 138     QVERIFY( b1->sequences()[0]->seqspan() ==
 139              b1->sequences()[0]->annotations().front()->parent() );
 140
 141     SequenceBrowserWidget *b2 = new SequenceBrowserWidget(d);
 142     b2->setSequences(seqs, cm);
 143
 144     QVERIFY( b2->sequences()[0]->annotations().size() == 2 );
 145     QVERIFY( b2->sequences()[0]->seqspan() ==
 146              b2->sequences()[0]->annotations().front()->parent() );
 147   }
 148 };
 149 #endif /*TESTSEQUENCEBROWSERWIDGET_HPP_*/