qui/subanalysis/SubanalysisWindow.cpp

   1 #include "qui/subanalysis/SubanalysisWindow.hpp"
   2 #include "qui/MussaWindow.hpp"
   3
   4 #include "mussa_exceptions.hpp"
   5 #include "alg/mussa.hpp"
   6
   7 #include <QMessageBox>
   8 #include <QVBoxLayout>
   9 #include <QHBoxLayout>
  10 #include <QGridLayout>
  11
  12 SubanalysisWindow::SubanalysisWindow(MussaRef m, QWidget *parent)
  13   : QWidget(parent),
  14     analysis(m),
  15     parameterLayout(0),
  16     thresholdLabel(0),
  17     windowLabel(0),
  18     window(0),
  19     threshold(0),
  20     table(0),
  21     ok(0),
  22     cancel(0)
  23 {
  24   parameterLayout = new QGridLayout;
  25
  26   thresholdLabel = new QLabel(tr("threshold (bp)"));
  27   parameterLayout->addWidget(thresholdLabel, 0, 0);
  28   threshold = new QSpinBox(this);
  29   threshold->setValue(8);
  30   parameterLayout->addWidget(threshold, 1, 0);
  31   windowLabel = new QLabel(tr("window (bp)"));
  32   parameterLayout->addWidget(windowLabel, 0, 1);
  33   window = new QSpinBox(this);
  34   window->setValue(10);
  35   parameterLayout->addWidget(window, 1, 1);
  36
  37   ok = new QPushButton(tr("&OK"), this);
  38   ok->setEnabled( false );
  39   connect(ok, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(run()));
  40
  41   cancel = new QPushButton(tr("Cancel"), this);
  42   connect(cancel, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(abort()));
  43
  44   table = new QTableView(this);
  45   table->setModel(&model);
  46
  47   // layout buttons
  48   QHBoxLayout *buttonLayout = new QHBoxLayout;
  49   buttonLayout->addWidget(ok);
  50   buttonLayout->addWidget(cancel);
  51
  52   // layout vertical space
  53   QVBoxLayout *verticalLayout = new QVBoxLayout;
  54   verticalLayout->addLayout(parameterLayout);
  55   verticalLayout->addWidget(table);
  56   verticalLayout->addLayout(buttonLayout);
  57   setLayout(verticalLayout);
  58
  59   // now that we're all setup lets get notices when we're updated
  60   connect(&model, SIGNAL(rowsInserted(const QModelIndex&, int, int)),
  61           this, SLOT(modelUpdated(const QModelIndex&, int, int)));
  62   connect(&model, SIGNAL(rowsRemoved(const QModelIndex&, int, int)),
  63           this, SLOT(modelUpdated(const QModelIndex&, int, int)));
  64
  65   updateTitle();
  66 }
  67
  68 SequenceLocationModel& SubanalysisWindow::getModel()
  69 {
  70   return model;
  71 }
  72
  73 void SubanalysisWindow::abort()
  74 {
  75   model.clear();
  76   hide();
  77 }
  78
  79 void SubanalysisWindow::run()
  80 {
  81   if (window == 0 or threshold == 0) {
  82     throw std::runtime_error("SubanalysisWindow misconstructed");
  83   }
  84
  85   if (model.size() == 0) {
  86     throw std::runtime_error("It shouldn't be possible to call run with an "
  87                              "empty model now.");
  88   }
  89
  90   MussaRef new_m(new Mussa);
  91
  92   for(SequenceLocationModel::iterator itor = model.begin();
  93       itor != model.end();
  94       ++itor)
  95   {
  96     // append_sequence from a const Sequence & will make a copy
  97     // for the shared pointer.
  98     Sequence s = itor->getSelectedSequence();
  99     s.clear_motifs();
 100     new_m->append_sequence(s);
 101   }
 102
 103   try {
 104     new_m->set_window(window->value());
 105     new_m->set_threshold(threshold->value());
 106     new_m->analyze();
 107     // FIXME: why isn't the nway_paths refined_pathz structure just initialized
 108     // FIXME: with the contents of pathz?
 109     new_m->set_soft_threshold(threshold->value());
 110     // copy over motifs
 111     std::vector<Sequence> motifs_copy;
 112     std::vector<Color> color_copy;
 113     const Mussa::motif_set motifs = analysis->motifs();
 114     boost::shared_ptr<AnnotationColors> mapper = analysis->colorMapper();
 115     for(Mussa::motif_set::const_iterator motif_i = motifs.begin();
 116         motif_i != motifs.end();
 117         ++motif_i)
 118     {
 119       motifs_copy.push_back(*motif_i);
 120       color_copy.push_back(mapper->lookup("motif", motif_i->get_sequence()));
 121     }
 122     new_m->set_motifs(motifs_copy, color_copy);
 123     MussaWindow *mw = new MussaWindow(new_m);
 124     mw->show();
 125         mw->setSoftThreshold(threshold->value());
 126     model.clear();
 127     hide();
 128   } catch(mussa_error e) {
 129     QMessageBox::critical(this,
 130                           "Mussa Subanalysis Error",
 131                           QString(e.what()),
 132                           QMessageBox::Ok, 0, 0);
 133   }
 134 }
 135
 136 void SubanalysisWindow::modelUpdated(const QModelIndex&, int, int )
 137 {
 138   // if the model is empty we shouldn't be able to click ok
 139   if (ok) ok->setEnabled(not model.empty());
 140 }
 141
 142 void SubanalysisWindow::updateTitle()
 143 {
 144   std::string title("Subanalysis: ");
 145   if (analysis) {
 146     title += analysis->get_title();
 147   }
 148   setWindowTitle(title.c_str());
 149 }