qui/subanalysis/SubanalysisWindow.cpp

   1 #include "qui/subanalysis/SubanalysisWindow.hpp"
   2 #include "qui/MussaWindow.hpp"
   3
   4 #include "mussa_exceptions.hpp"
   5 #include "alg/mussa.hpp"
   6
   7 #include <QMessageBox>
   8 #include <QVBoxLayout>
   9 #include <QHBoxLayout>
  10 #include <QGridLayout>
  11
  12 SubanalysisWindow::SubanalysisWindow(MussaRef m, QWidget *parent)
  13   : QWidget(parent),
  14     analysis(m),
  15     window(0),
  16     threshold(0),
  17     table(0),
  18     ok(0),
  19     cancel(0)
  20 {
  21   QGridLayout *parameterLayout = new QGridLayout;
  22
  23   QLabel *thresholdLabel = new QLabel(tr("threshold (bp)"));
  24   parameterLayout->addWidget(thresholdLabel, 0, 0);
  25   threshold = new QSpinBox(this);
  26   threshold->setValue(8);
  27   parameterLayout->addWidget(threshold, 1, 0);
  28   QLabel *windowLabel = new QLabel(tr("window (bp)"));
  29   parameterLayout->addWidget(windowLabel, 0, 1);
  30   window = new QSpinBox(this);
  31   window->setValue(10);
  32   parameterLayout->addWidget(window, 1, 1);
  33
  34   ok = new QPushButton(tr("&OK"), this);
  35   ok->setEnabled( false );
  36   connect(ok, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(run()));
  37
  38   cancel = new QPushButton(tr("Cancel"), this);
  39   connect(cancel, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(abort()));
  40
  41   table = new QTableView(this);
  42   table->setModel(&model);
  43
  44   // layout buttons
  45   QHBoxLayout *buttonLayout = new QHBoxLayout;
  46   buttonLayout->addWidget(ok);
  47   buttonLayout->addWidget(cancel);
  48
  49   // layout vertical space
  50   QVBoxLayout *verticalLayout = new QVBoxLayout;
  51   verticalLayout->addLayout(parameterLayout);
  52   verticalLayout->addWidget(table);
  53   verticalLayout->addLayout(buttonLayout);
  54   setLayout(verticalLayout);
  55
  56   // now that we're all setup lets get notices when we're updated
  57   connect(&model, SIGNAL(rowsInserted(const QModelIndex&, int, int)),
  58           this, SLOT(modelUpdated(const QModelIndex&, int, int)));
  59   connect(&model, SIGNAL(rowsRemoved(const QModelIndex&, int, int)),
  60           this, SLOT(modelUpdated(const QModelIndex&, int, int)));
  61
  62   updateTitle();
  63 }
  64
  65 SequenceLocationModel& SubanalysisWindow::getModel()
  66 {
  67   return model;
  68 }
  69
  70 void SubanalysisWindow::abort()
  71 {
  72   model.clear();
  73   hide();
  74 }
  75
  76 void SubanalysisWindow::run()
  77 {
  78   if (window == 0 or threshold == 0) {
  79     throw std::runtime_error("SubanalysisWindow misconstructed");
  80   }
  81
  82   if (model.size() == 0) {
  83     throw std::runtime_error("It shouldn't be possible to call run with an "
  84                              "empty model now.");
  85   }
  86
  87   MussaRef new_m(new Mussa);
  88
  89   for(SequenceLocationModel::iterator itor = model.begin();
  90       itor != model.end();
  91       ++itor)
  92   {
  93     // append_sequence from a const Sequence & will make a copy
  94     // for the shared pointer.
  95     Sequence s = itor->getSelectedSequence();
  96     s.clear_motifs();
  97     new_m->append_sequence(s);
  98   }
  99
 100   try {
 101     new_m->set_window(window->value());
 102     new_m->set_threshold(threshold->value());
 103     new_m->analyze();
 104     // FIXME: why isn't the nway_paths refined_pathz structure just initialized
 105     // FIXME: with the contents of pathz?
 106     new_m->set_soft_threshold(threshold->value());
 107     // copy over motifs
 108     std::vector<Sequence> motifs_copy;
 109     std::vector<Color> color_copy;
 110     const Mussa::motif_set motifs = analysis->motifs();
 111     boost::shared_ptr<AnnotationColors> mapper = analysis->colorMapper();
 112     for(Mussa::motif_set::const_iterator motif_i = motifs.begin();
 113         motif_i != motifs.end();
 114         ++motif_i)
 115     {
 116       motifs_copy.push_back(*motif_i);
 117       color_copy.push_back(mapper->lookup("motif", motif_i->get_sequence()));
 118     }
 119     new_m->set_motifs(motifs_copy, color_copy);
 120     MussaWindow *mw = new MussaWindow(new_m);
 121     mw->show();
 122     model.clear();
 123     hide();
 124   } catch(mussa_error e) {
 125     QMessageBox::critical(this,
 126                           "Mussa Subanalysis Error",
 127                           QString(e.what()),
 128                           QMessageBox::Ok, 0, 0);
 129   }
 130 }
 131
 132 void SubanalysisWindow::modelUpdated(const QModelIndex&, int, int )
 133 {
 134   // if the model is empty we shouldn't be able to click ok
 135   if (ok) ok->setEnabled(not model.empty());
 136 }
 137
 138 void SubanalysisWindow::updateTitle()
 139 {
 140   std::string title("Subanalysis: ");
 141   if (analysis) {
 142     title += analysis->get_title();
 143   }
 144   setWindowTitle(title.c_str());
 145 }