qui/test/TestSequenceDescription.hpp

   1 #ifndef _TEST_SEQUENCE_DESCRIPTION_HPP_
   2 #define _TEST_SEQUENCE_DESCRIPTION_HPP_
   3
   4 #include <QtGui>
   5 #include <QtTest/QtTest>
   6
   7 #include "alg/sequence.hpp"
   8 #include "alg/glsequence.hpp"
   9 #include "alg/annotation_colors.hpp"
  10 #include "qui/seqbrowser/SequenceDescription.hpp"
  11
  12 #include <iostream>
  13 #include <string>
  14 #include <vector>
  15
  16 class TestSequenceDescription : public QObject
  17 {
  18   Q_OBJECT
  19
  20 private slots:
  21   void testSimple() {
  22     Sequence seq1(new Sequence("AAGGCCTT"));
  23     seq1.set_species("foo");
  24     boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm(new AnnotationColors);
  25     // this is now a copy of the original sequence... which
  26     // means changes to the shared GlSequence wont do anything to Sequence
  27     boost::shared_ptr<GlSequence> glseq1(new GlSequence(seq1, cm));
  28
  29     SequenceDescription sd(glseq1, 0);
  30     QVERIFY(sd.glsequence() == glseq1);
  31     QVERIFY(sd.glsequence()->get_species() == glseq1->get_species());
  32     sd.setName(std::string("bar"));
  33     QVERIFY(sd.glsequence()->get_species() == glseq1->get_species());
  34     QVERIFY(seq1.get_species() != "bar");
  35     QVERIFY(glseq1->get_species() == "bar");
  36   }
  37   void testDeletedPointer() {
  38     SequenceDescription sd;
  39
  40     {
  41       boost::shared_ptr<Sequence> seq1(new Sequence("AAGGCCTT"));
  42       Sequence m("AAGG");
  43       seq1->find_motif(m);
  44       seq1->set_species("foo");
  45       boost::shared_ptr<AnnotationColors> cm(new AnnotationColors);
  46       boost::shared_ptr<GlSequence> glseq1(new GlSequence(*seq1, cm));
  47       sd.setGlSequence(glseq1);
  48     }
  49
  50     QVERIFY(sd.name() == "foo");
  51   }
  52 };
  53 #endif