seqcomp.cc

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 #include "flp.hh"
  12 #include <time.h>
  13 #include <iomanip>
  14
  15 int main(int argc, char **argv)
  16 {
  17   Sequence seqA, seqB;
  18   FLPs analysis;
  19   string seqA_file, seqB_file, output_file;
  20   string ana_type;
  21   int window, threshold;
  22   int seqA_len, seqB_len;
  23
  24   time_t t1, t2, begin, end;
  25   double setuptime, comp1time, comp2time, sorttime, savetime, totaltime;
  26
  27   begin = time(NULL);
  28
  29   cout << "fee fie foe fum" << endl;
  30
  31   ana_type = * ++argv;
  32   seqA_file = * ++argv;
  33   seqB_file = * ++argv;
  34   window = atoi(* ++argv);
  35   threshold = atoi(* ++argv);
  36   output_file = * ++argv;
  37
  38   t1 = time(NULL);
  39
  40   seqA.load_fasta(seqA_file, 1, 0, 0);
  41   seqA_len = seqA.len();
  42   //cout << setw(60) << seqA.hdr() << "\n";
  43
  44   seqB.load_fasta(seqB_file, 1, 0, 0);
  45   seqB_len = seqB.len();
  46   //cout << seqB.hdr() << "\n";
  47
  48
  49   cout << "Length: Seq A = " << seqA_len;
  50   cout << "; Seq B = " << seqB_len << "\n";
  51
  52   analysis.setup(ana_type, window, threshold, seqA_len, seqB_len);
  53
  54   t2 = time(NULL);
  55   setuptime = difftime(t2, t1);
  56
  57   t1 = time(NULL);
  58   analysis.seqcomp(seqA.seq(), seqB.seq(), false);
  59   t2 = time(NULL);
  60   comp1time = difftime(t2, t1);
  61
  62   t1 = time(NULL);
  63   analysis.seqcomp(seqA.seq(), seqB.rev_comp(), true);
  64   t2 = time(NULL);
  65   comp2time = difftime(t2, t1);
  66   /*
  67   t1 = time(NULL);
  68   analysis.sort();
  69   t2 = time(NULL);
  70   sorttime = difftime(t2, t1);
  71   */
  72   t1 = time(NULL);
  73   analysis.file_save(output_file);
  74   t2 = time(NULL);
  75   savetime = difftime(t2, t1);
  76
  77   end = time(NULL);
  78   totaltime = difftime(end, begin);
  79
  80   cout << "setup\tcomp\trc_comp\tsave\ttotal\n";
  81   cout << setuptime << "\t";
  82   cout << comp1time << "\t";
  83   cout << comp2time << "\t";
  84   //cout << sorttime << "\t";
  85   cout << savetime << "\t";
  86   cout << totaltime << "\n";
  87 }
  88
  89 /*
  90       cout << "fee\n";
  91       cout << "fie\n";
  92       cout << "foe  ";
  93       cout << "fum\n";
  94 */