seqcomp.cpp

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 #include "flp.hh"
  12 #include "sequence.hh"
  13 #include <time.h>
  14 #include <iomanip>
  15
  16 using namespace std;
  17
  18 int main(int argc, char **argv)
  19 {
  20   Sequence seqA, seqB;
  21   FLPs analysis;
  22   string seqA_file, seqB_file, output_file;
  23   string ana_type;
  24   int window, threshold;
  25   int seqA_len, seqB_len;
  26
  27   time_t t1, t2, begin, end;
  28   double setuptime, comp1time, comp2time, sorttime, savetime, totaltime;
  29
  30   begin = time(NULL);
  31
  32   cout << "fee fie foe fum" << endl;
  33
  34   ana_type = * ++argv;
  35   seqA_file = * ++argv;
  36   seqB_file = * ++argv;
  37   window = atoi(* ++argv);
  38   threshold = atoi(* ++argv);
  39   output_file = * ++argv;
  40
  41   t1 = time(NULL);
  42
  43   seqA.load_fasta(seqA_file, 1, 0, 0);
  44   seqA_len = seqA.len();
  45   //cout << setw(60) << seqA.hdr() << "\n";
  46
  47   seqB.load_fasta(seqB_file, 1, 0, 0);
  48   seqB_len = seqB.len();
  49   //cout << seqB.hdr() << "\n";
  50
  51
  52   cout << "Length: Seq A = " << seqA_len;
  53   cout << "; Seq B = " << seqB_len << "\n";
  54
  55   analysis.setup(ana_type, window, threshold, seqA_len, seqB_len);
  56
  57   t2 = time(NULL);
  58   setuptime = difftime(t2, t1);
  59
  60   t1 = time(NULL);
  61   analysis.seqcomp(seqA.seq(), seqB.seq(), false);
  62   t2 = time(NULL);
  63   comp1time = difftime(t2, t1);
  64
  65   t1 = time(NULL);
  66   analysis.seqcomp(seqA.seq(), seqB.rev_comp(), true);
  67   t2 = time(NULL);
  68   comp2time = difftime(t2, t1);
  69   /*
  70   t1 = time(NULL);
  71   analysis.sort();
  72   t2 = time(NULL);
  73   sorttime = difftime(t2, t1);
  74   */
  75   t1 = time(NULL);
  76   analysis.save(output_file);
  77   t2 = time(NULL);
  78   savetime = difftime(t2, t1);
  79
  80   end = time(NULL);
  81   totaltime = difftime(end, begin);
  82
  83   cout << "setup\tcomp\trc_comp\tsave\ttotal\n";
  84   cout << setuptime << "\t";
  85   cout << comp1time << "\t";
  86   cout << comp2time << "\t";
  87   //cout << sorttime << "\t";
  88   cout << savetime << "\t";
  89   cout << totaltime << "\n";
  90 }
  91
  92 /*
  93       cout << "fee\n";
  94       cout << "fie\n";
  95       cout << "foe  ";
  96       cout << "fum\n";
  97 */