sequence.hh

   1 //                        ----------------------------------------
   2 //                           ---------- sequence.hh -----------
   3 //                        ----------------------------------------
   4
   5
   6 #include <iostream>
   7 #include <list>
   8 #include <vector>
   9 #include <string>
  10 #include <fstream>
  11 #include <stdlib.h>
  12 #include <algorithm>
  13
  14 // Sequence data class
  15
  16 using namespace std;
  17
  18 struct annot
  19 {
  20   int start, end;
  21   string name, type;
  22 };
  23
  24 class Sequence
  25 {
  26   friend class ConnView;
  27   friend class SeqView;
  28   private:
  29     string sequence;
  30     int length;
  31     string header;
  32     string species;
  33     int species_num;
  34
  35
  36     list<annot> annots;
  37
  38
  39
  40
  41   public:
  42     Sequence();
  43     void load_fasta(string file_path, int seq_num,
  44                     int start_index, int end_index);
  45     void load_annot(string file_path);
  46     string seq();
  47     const char * c_seq();
  48     string rev_comp();
  49     int len();
  50     string hdr();
  51     void set_seq(string a_seq);
  52     list<int> find_motif(string a_motif);
  53   //  string species();
  54     void clear();
  55     void save(fstream &save_file);
  56     void load_museq(string load_file_path, int seq_num);
  57 };