sequence.hh

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 //                        ----------------------------------------
  12 //                           ---------- sequence.hh -----------
  13 //                        ----------------------------------------
  14
  15
  16 #include <iostream>
  17 #include <iomanip>
  18 #include <list>
  19 #include <vector>
  20 #include <string>
  21 #include <fstream>
  22 #include <stdlib.h>
  23 #include <algorithm>
  24
  25 // Sequence data class
  26
  27 using namespace std;
  28
  29 struct annot
  30 {
  31   int start, end;
  32   string name, type;
  33 };
  34
  35 class Sequence
  36 {
  37   friend class ConnView;
  38   friend class SeqView;
  39   private:
  40     string sequence;
  41     int length;
  42     string header;
  43     string species;
  44     int species_num;
  45
  46
  47     list<annot> annots;
  48
  49     void motif_scan(string a_motif, vector<int> * motif_match_starts);
  50     string rc_motif(string a_motif);
  51     string motif_validate(string a_motif);
  52
  53   public:
  54     Sequence();
  55     string load_fasta(string file_path, int seq_num,
  56                     int start_index, int end_index);
  57     string load_annot(string file_path, int start_index, int end_index);
  58     string seq();
  59     string subseq(int start, int end);
  60     const char * c_seq();
  61     string rev_comp();
  62     int len();
  63     string hdr();
  64     void set_seq(string a_seq);
  65     vector<int> find_motif(string a_motif);
  66     string sp_name();
  67     void clear();
  68     void save(fstream &save_file);
  69     void load_museq(string load_file_path, int seq_num);
  70 };