make headers less interdependent
authorDiane Trout <diane@caltech.edu>
Fri, 3 Feb 2006 02:30:04 +0000 (02:30 +0000)
committerDiane Trout <diane@caltech.edu>
Fri, 3 Feb 2006 02:30:04 +0000 (02:30 +0000)
commit9e228210dba75f00f2cdae6d4706b36dff8a729a
tree97b15fc8dda37c55d12cac963bb923f0c54eb52b
parentf8b5774d5ac793c8dac97eda5002406f9673c9da
make headers less interdependent
The mussa headers all depended on including each other to get
all of the right include files. This has been broken and files are more
explicit at including what they depend on.

Also based on Accellerated C++, I followed the convention that header files
should never do a using namespace std, on the off chance that someone
wants to redefine something in the std namespace.
30 files changed:
flp.cc
flp.hh
flp_seqcomp.cc
mussa.cc
mussa_class.cc
mussa_class.hh
mussa_gui_annot_window.cc
mussa_gui_annot_window.hh
mussa_gui_conn_view.cc
mussa_gui_conn_view.hh
mussa_gui_conn_window.cc
mussa_gui_conn_window.hh
mussa_gui_load_window.cc
mussa_gui_load_window.hh
mussa_gui_motif_window.cc
mussa_gui_motif_window.hh
mussa_gui_seq.cc
mussa_gui_seq.hh
mussa_gui_seq_text.cc
mussa_gui_seq_text.hh
mussa_gui_seq_view.cc
mussa_gui_seq_view.hh
mussa_gui_subana.cc
mussa_gui_subana.hh
mussa_nway.cc
mussa_nway.hh
mussa_nway_entropy.cc
mussa_nway_other.cc
sequence.cc
sequence.hh