mussa_gui_conn_view.hh

   1 #ifndef _MUSSA_GUI_CONN_VIEW_H_
   2 #define _MUSSA_GUI_CONN_VIEW_H_
   3 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   4 //  http://mussa.caltech.edu/
   5 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   6
   7 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   8 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   9 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
  10 // file for more information, or contact Tristan directly.
  11
  12 #include <list>
  13 #include <sstream>
  14 #include <string>
  15 #include <vector>
  16
  17 #include "mussa_gui_annot_window.hh"
  18 #include "mussa_gui_subana.hh"
  19
  20
  21 class ConnView : public Fl_Box
  22 {
  23   public:
  24     ConnView(int x_top,int y_top,int x_bot,int y_bot) :
  25       Fl_Box(x_top,y_top,x_bot,y_bot)
  26     {}
  27
  28     void setup(std::string name, int sq_num, int win_len,
  29                std::vector<Sequence> *, Nway_Paths *);
  30     void scale_paths();
  31
  32     void spawnSeq();
  33     void find_motifs();
  34     void annot_win();
  35
  36     void toggle_bars();
  37     void set_bar_interval(int new_bar_len);
  38     void toggle_lines();
  39     void set_line_interval(int new_line_len);
  40
  41
  42   private:
  43     std::string ana_name;
  44     int seq_num, window, threshold;
  45     bool win_append, thres_append;
  46
  47   //this data is passed as pointers to the instantiated classes
  48     std::vector<Sequence> *S;
  49     Nway_Paths *P;
  50
  51     int name_pad, y_pad;
  52     float x_scale_factor;
  53     int y_seq_incre;
  54     int drag_start, drag_end;
  55     float y_drag_start;
  56     int ref_seq_num, max_seq_len;
  57     bool dragging, selected;
  58     std::list<bool> highlight;
  59
  60   //path data scaled for current view size
  61     std::list<std::vector<int> > scaled_pathz;
  62     std::vector<int> seq_lens;
  63     std::vector<int> seq_scales;
  64     int bar_interval, line_interval;
  65     bool show_bars, show_lines;
  66
  67   //keeps track of all the motifs the user has inputed
  68     std::vector<motif> some_motifs;
  69     MotifWindow *motif_find_window;
  70
  71   //keeps track of the colors assigned to each motif type
  72     std::vector<annot_color> some_annots;
  73     AnnotWindow *annot_color_window;
  74
  75     SeqWindow *a_seq_win;
  76
  77     void draw();
  78     void draw_paths();
  79     void draw_sequence_stuff();
  80
  81     void resize(int x, int y, int w, int h);
  82     int handle(int e);
  83     void check_new_motifs();
  84
  85   //for drawing function debugging
  86     void reporter(std::string var, int value);
  87     void report_float(std::string var, float value);
  88 };
  89 #endif