build mussa with CXXFLAGS, so I can run gdb.

fixing the number of sequences at setup is silly
there's little reason to store seq_num as it's just as easily computed
from the size of our sequence vector.

fix inability to do reverse compliments
When I added the dynamic allocation of the all_matches vector, I assumed
that seqcomp would only be called once. It turns out that in actuality,
its called twice. Once for the forward compliment and once for the reverse
compliment. This includes a unittest that detects the problem and a fix
for the bug.

more thoroughly document FLPs

use boost to delete my temp file
the unittest now depends on boost/filesystem

refactor and test FLPs
FLPs now dynamically allocate the list of all_matches, which
has the bonus of not needing to pass in the size of the two
sequences that will be seqcomped.
I renamed win_num to size to make it more constent with other container
classes.
Also file_load and file_save were renamed to load and save, again
to be more consistent.
Lastly, I do make sure that I can construct FLPs and save and load them.

rename mussa_nway to nway_paths

i think a binary called unittests is more obvious.

rename the_Seqs to the_seqs

load a mupa file and test it
Start trying to isolate ConnWindow from the mussa_class object by using
accessors.
Try to get rid of seq_num and make mussa_class a bit more dynamic,
unfortunately when I killed a bit more in mussa_class than what's gone in
this patch the test cases noticed trying to free an invalid pointer.

add get_analysis_mode_name
get_analysis_mode_name returns a string representation of our analysis
name.
also added some consts to a couple of member functions

refactor and test sequence class

put exception definitions in one place and use them
use exceptions that are derived from runtime_error, and
use them for the cmdline argument parsing and sequence loading

always use all the prequisites when building
$? is the prereqs "newer" than the target
$^ is all the prerequisites
Needless to say when building binaries you need all the libraries,
even when they haven't changed.

force doxygen to look at all of our directories

rename some mussa_class members (ana_name to analysis_name)
also add some getters, reformat the parse_args if/else tree.
Change using character flags for analysis mode to using an enumeration.

test mussa class
Also the test case extension should match that of the other source
files.

unit test skeleton
Now we build a unit test binary, though currently there aren't any tests.

remove library blessings

break algorithm out into a subdirectory.

build fltk gui stuff as a library

we also want docs about the fltk gui code

add notes of what i learned about seqcomp and nway
stored notes as doxygen comments

add parse error exceptions for the command line args.

number of seqs is more informative than seq num

massive code move
mussa_gui_ was redundant so i moved all of those modules into
gui/
Also I used the non-recursive gnu make style build system.
And lastly there are some Doxygen compatible bits of doucmentation thrown in
here.

make headers less interdependent
The mussa headers all depended on including each other to get
all of the right include files. This has been broken and files are more
explicit at including what they depend on.

Also based on Accellerated C++, I followed the convention that header files
should never do a using namespace std, on the off chance that someone
wants to redefine something in the std namespace.

remove unnecessary member variable length.
One should trust the string.length() instead

[project @ 16]
Build settings for mingw32 (under cygwin)

[project @ 15]
As mussa is a c++ program switch from using $(CC) to $(CXX) for compilations

[project @ 14]
Fix save_path_base undefined error. Ticket:1

[project @ 13]
mussa015

[project @ 12]
mussa014 example

[project @ 11]
mussa014

[project @ 10]
mussa010

[project @ 9]
mussa009

[project @ 8]
mussa_008

[project @ 7]
mussa_pre.7

[project @ 6]
musssa_pre.5

[project @ 5]
mussa_pre.4.tar.gz

[project @ 4]
mussa_pI.3

[project @ 3]
checked in mussa_pI.2

[project @ 2]
Checked in mussa_pI.1