we also want docs about the fltk gui code

add notes of what i learned about seqcomp and nway
stored notes as doxygen comments

add parse error exceptions for the command line args.

number of seqs is more informative than seq num

massive code move
mussa_gui_ was redundant so i moved all of those modules into
gui/
Also I used the non-recursive gnu make style build system.
And lastly there are some Doxygen compatible bits of doucmentation thrown in
here.

make headers less interdependent
The mussa headers all depended on including each other to get
all of the right include files. This has been broken and files are more
explicit at including what they depend on.

Also based on Accellerated C++, I followed the convention that header files
should never do a using namespace std, on the off chance that someone
wants to redefine something in the std namespace.

remove unnecessary member variable length.
One should trust the string.length() instead

[project @ 16]
Build settings for mingw32 (under cygwin)

[project @ 15]
As mussa is a c++ program switch from using $(CC) to $(CXX) for compilations

[project @ 14]
Fix save_path_base undefined error. Ticket:1

[project @ 13]
mussa015

[project @ 12]
mussa014 example

[project @ 11]
mussa014

[project @ 10]
mussa010

[project @ 9]
mussa009

[project @ 8]
mussa_008

[project @ 7]
mussa_pre.7

[project @ 6]
musssa_pre.5

[project @ 5]
mussa_pre.4.tar.gz

[project @ 4]
mussa_pI.3

[project @ 3]
checked in mussa_pI.2

[project @ 2]
Checked in mussa_pI.1