29 pysam.egg-info/PKG-INFO
30 pysam.egg-info/SOURCES.txt
31 pysam.egg-info/dependency_links.txt
32 pysam.egg-info/not-zip-safe
33 pysam.egg-info/requires.txt
34 pysam.egg-info/top_level.txt
35 samtools/bam.c.pysam.c
37 samtools/bam2bcf.c.pysam.c
39 samtools/bam2bcf_indel.c.pysam.c
40 samtools/bam2depth.c.pysam.c
41 samtools/bam_aux.c.pysam.c
42 samtools/bam_cat.c.pysam.c
43 samtools/bam_color.c.pysam.c
45 samtools/bam_import.c.pysam.c
46 samtools/bam_index.c.pysam.c
47 samtools/bam_lpileup.c.pysam.c
48 samtools/bam_mate.c.pysam.c
49 samtools/bam_md.c.pysam.c
50 samtools/bam_pileup.c.pysam.c
51 samtools/bam_plcmd.c.pysam.c
52 samtools/bam_reheader.c.pysam.c
53 samtools/bam_rmdup.c.pysam.c
54 samtools/bam_rmdupse.c.pysam.c
55 samtools/bam_sort.c.pysam.c
56 samtools/bam_stat.c.pysam.c
57 samtools/bam_tview.c.pysam.c
58 samtools/bedidx.c.pysam.c
59 samtools/bgzf.c.pysam.c
61 samtools/cut_target.c.pysam.c
62 samtools/errmod.c.pysam.c
64 samtools/faidx.c.pysam.c
66 samtools/kaln.c.pysam.c
70 samtools/knetfile.c.pysam.c
72 samtools/kprobaln.c.pysam.c
76 samtools/kstring.c.pysam.c
78 samtools/phase.c.pysam.c
80 samtools/razf.c.pysam.c
82 samtools/sam.c.pysam.c
84 samtools/sam_header.c.pysam.c
86 samtools/sam_view.c.pysam.c
87 samtools/sample.c.pysam.c
89 samtools/bcftools/bcf.c.pysam.c
90 samtools/bcftools/bcf.h
91 samtools/bcftools/bcf2qcall.c.pysam.c
92 samtools/bcftools/bcfutils.c.pysam.c
93 samtools/bcftools/call1.c.pysam.c
94 samtools/bcftools/em.c.pysam.c
95 samtools/bcftools/fet.c.pysam.c
96 samtools/bcftools/index.c.pysam.c
97 samtools/bcftools/kfunc.c.pysam.c
98 samtools/bcftools/kmin.c.pysam.c
99 samtools/bcftools/kmin.h
100 samtools/bcftools/mut.c.pysam.c
101 samtools/bcftools/prob1.c.pysam.c
102 samtools/bcftools/prob1.h
103 samtools/bcftools/vcf.c.pysam.c
104 samtools/misc/md5.c.pysam.c
106 samtools/misc/seqtk.c.pysam.c
107 samtools/win32/xcurses.h
108 samtools/win32/zconf.h
109 samtools/win32/zlib.h
111 tabix/bedidx.c.pysam.c
114 tabix/bgzip.c.pysam.c
115 tabix/index.c.pysam.c
117 tabix/knetfile.c.pysam.c
121 tabix/kstring.c.pysam.c
139 tests/example.bed.gz.tbi
141 tests/example.gtf.gz.tbi
144 tests/example_btag.sam
145 tests/example_empty_header.bam
146 tests/example_unmapped_reads_no_sq.sam
147 tests/example_user_header.sam
150 tests/segfault_tests.py
153 tests/vcf-examples/10.vcf
154 tests/vcf-examples/11.vcf
155 tests/vcf-examples/12.vcf
156 tests/vcf-examples/13.vcf
157 tests/vcf-examples/15.vcf
158 tests/vcf-examples/16.vcf
159 tests/vcf-examples/18.vcf
160 tests/vcf-examples/2.vcf
161 tests/vcf-examples/20.vcf
162 tests/vcf-examples/21.vcf
163 tests/vcf-examples/22.vcf
164 tests/vcf-examples/23.vcf
165 tests/vcf-examples/24.vcf
166 tests/vcf-examples/3.vcf
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168 tests/vcf-examples/5.vcf
169 tests/vcf-examples/6.vcf
170 tests/vcf-examples/7.vcf
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172 tests/vcf-examples/9.vcf
173 tests/vcf-examples/issue85.vcf