pysam/TabProxies.pxd

   1 cdef extern from "stdlib.h":
   2     void free(void *)
   3     void *malloc(size_t)
   4     void *calloc(size_t,size_t)
   5     void *realloc(void *,size_t)
   6     int c_abs "abs" (int)
   7     int c_abs "abs" (int)
   8     int atoi( char *nptr)
   9     long atol( char *nptr)
  10     double atof( char *nptr)
  11
  12 cdef extern from "Python.h":
  13     ctypedef struct FILE
  14     FILE* PyFile_AsFile(object)
  15     char *fgets(char *str, int size, FILE *ifile)
  16     int feof(FILE *stream)
  17     size_t strlen(char *s)
  18     size_t getline(char **lineptr, size_t *n, FILE *stream)
  19     char *strstr(char *, char *)
  20     char *strchr(char *string, int c)
  21     int fileno(FILE *stream)
  22
  23 cdef extern from "string.h":
  24   int strcmp(char *s1, char *s2)
  25   int strncmp(char *s1,char *s2,size_t len)
  26   char *strcpy(char *dest,char *src)
  27   char *strncpy(char *dest,char *src, size_t len)
  28   char *strdup(char *)
  29   char *strcat(char *,char *)
  30   size_t strlen(char *s)
  31   int memcmp( void * s1, void *s2, size_t len )
  32   void *memcpy(void *dest, void *src, size_t n)
  33   void *memchr(void *s, int c, size_t n)
  34
  35 cdef extern from "stdint.h":
  36   ctypedef int int64_t
  37   ctypedef int int32_t
  38   ctypedef int uint32_t
  39   ctypedef int uint8_t
  40   ctypedef int uint64_t
  41
  42 cdef class TupleProxy:
  43
  44     cdef:
  45         char * data
  46         char ** fields
  47         int nfields
  48         int index
  49         int nbytes
  50         int offset
  51         cdef bint is_modified
  52
  53     cdef int getMaxFields( self, size_t nbytes )
  54
  55     cdef take( self, char * buffer, size_t nbytes )
  56     cdef present( self, char * buffer, size_t nbytes )
  57     cdef copy( self, char * buffer, size_t nbytes )
  58     cdef update( self, char * buffer, size_t nbytes )
  59
  60 cdef class GTFProxy( TupleProxy) :
  61
  62     cdef:
  63         char * contig
  64         char * source
  65         char * feature
  66         uint32_t start
  67         uint32_t end
  68         char * score
  69         char * strand
  70         char * frame
  71         char * attributes
  72         cdef bint hasOwnAttributes
  73
  74     cdef int getMaxFields( self, size_t nbytes )
  75     cdef update( self, char * buffer, size_t nbytes )
  76
  77 cdef class NamedTupleProxy( TupleProxy) :
  78     pass
  79
  80 cdef class BedProxy( NamedTupleProxy) :
  81
  82     cdef:
  83         char * contig
  84         uint32_t start
  85         uint32_t end
  86         int bedfields
  87
  88     cdef int getMaxFields( self, size_t nbytes )
  89     cdef update( self, char * buffer, size_t nbytes )
  90
  91 cdef class VCFProxy( NamedTupleProxy) :
  92
  93     cdef:
  94         char * contig
  95         uint32_t pos
  96
  97     cdef update( self, char * buffer, size_t nbytes )