pysam/csamtools.pxd

   1
   2 cdef extern from "string.h":
   3   ctypedef int size_t
   4   void *memcpy(void *dst,void *src,size_t len)
   5   void *memmove(void *dst,void *src,size_t len)
   6   void *memset(void *b,int c,size_t len)
   7
   8 cdef extern from "stdlib.h":
   9   void free(void *)
  10   void *malloc(size_t)
  11   void *calloc(size_t,size_t)
  12   void *realloc(void *,size_t)
  13   int c_abs "abs" (int)
  14   void qsort(void *base, size_t nmemb, size_t size,
  15              int (*compar)(void *,void *))
  16
  17 cdef extern from "stdio.h":
  18   ctypedef struct FILE:
  19     pass
  20   FILE *fopen(char *,char *)
  21   FILE *freopen(char *path, char *mode, FILE *stream)
  22   int fileno(FILE *stream)
  23   int dup2(int oldfd, int newfd)
  24   int fflush(FILE *stream)
  25
  26   FILE * stderr
  27   FILE * stdout
  28   int fclose(FILE *)
  29   int sscanf(char *str,char *fmt,...)
  30   int printf(char *str,char *fmt,...)
  31   int sprintf(char *str,char *fmt,...)
  32   int fprintf(FILE *ifile,char *fmt,...)
  33   char *fgets(char *str,int size,FILE *ifile)
  34
  35 cdef extern from "ctype.h":
  36   int toupper(int c)
  37   int tolower(int c)
  38
  39 cdef extern from "unistd.h":
  40   char *ttyname(int fd)
  41   int isatty(int fd)
  42
  43 cdef extern from "string.h":
  44   int strcmp(char *s1, char *s2)
  45   int strncmp(char *s1,char *s2,size_t len)
  46   char *strcpy(char *dest,char *src)
  47   char *strncpy(char *dest,char *src, size_t len)
  48   char *strdup(char *)
  49   char *strcat(char *,char *)
  50   size_t strlen(char *s)
  51   int memcmp( void * s1, void *s2, size_t len )
  52
  53 cdef extern from "razf.h":
  54   pass
  55
  56 cdef extern from "stdint.h":
  57   ctypedef int int64_t
  58   ctypedef int int32_t
  59   ctypedef int uint32_t
  60   ctypedef int uint8_t
  61   ctypedef int uint64_t
  62
  63
  64 cdef extern from "bam.h":
  65
  66   # IF _IOLIB=2, bamFile = BGZF, see bgzf.h
  67   # samtools uses KNETFILE, check how this works
  68
  69   ctypedef struct tamFile:
  70       pass
  71
  72   ctypedef struct bamFile:
  73       pass
  74
  75   ctypedef struct bam1_core_t:
  76       int32_t tid
  77       int32_t pos
  78       uint32_t bin
  79       uint32_t qual
  80       uint32_t l_qname
  81       uint32_t flag
  82       uint32_t n_cigar
  83       int32_t l_qseq
  84       int32_t mtid
  85       int32_t mpos
  86       int32_t isize
  87
  88   ctypedef struct bam1_t:
  89     bam1_core_t core
  90     int l_aux
  91     int data_len
  92     int m_data
  93     uint8_t *data
  94
  95   ctypedef struct bam_pileup1_t:
  96       bam1_t *b
  97       int32_t qpos
  98       int indel
  99       int level
 100       uint32_t is_del
 101       uint32_t is_head
 102       uint32_t is_tail
 103
 104   ctypedef int (*bam_pileup_f)(uint32_t tid, uint32_t pos, int n, bam_pileup1_t *pl, void *data)
 105
 106   ctypedef int (*bam_fetch_f)(bam1_t *b, void *data)
 107
 108   ctypedef struct bam_header_t:
 109      int32_t n_targets
 110      char **target_name
 111      uint32_t *target_len
 112      void *hash
 113      void *rg2lib
 114      int l_text
 115      char *text
 116
 117   ctypedef struct bam_index_t:
 118       pass
 119
 120   ctypedef struct bam_plbuf_t:
 121       pass
 122
 123   bamFile razf_dopen(int data_fd, char *mode)
 124
 125   # removed - macros not found
 126
 127   # int64_t bam_seek( bamFile fp, uint64_t voffset, int where)
 128   # int64_t bam_tell( bamFile fp )
 129   # void bam_destroy1( bam1_t * b)
 130   # void bam_init_header_hash(bam_header_t *header)
 131
 132   bam1_t * bam_dup1( bam1_t *src )
 133
 134   bam1_t * bam_copy1(bam1_t *bdst, bam1_t *bsrc)
 135   bam_index_t *bam_index_load(char *f )
 136
 137   void bam_index_destroy(bam_index_t *idx)
 138
 139   int bam_parse_region(bam_header_t *header, char *str, int *ref_id, int *begin, int *end)
 140
 141   bam_plbuf_t *bam_plbuf_init(bam_pileup_f func, void *data)
 142
 143   int bam_fetch(bamFile fp, bam_index_t *idx, int tid, int beg, int end, void *data, bam_fetch_f func)
 144
 145   int bam_plbuf_push(bam1_t *b, bam_plbuf_t *buf)
 146
 147   void bam_plbuf_destroy(bam_plbuf_t *buf)
 148
 149   int bam_read1(bamFile fp, bam1_t *b)
 150
 151   int bam_write1( bamFile fp, bam1_t *b)
 152
 153   bam_header_t *bam_header_init()
 154
 155   int bam_header_write( bamFile fp, bam_header_t *header)
 156
 157   bam_header_t *bam_header_read( bamFile fp )
 158
 159   void bam_header_destroy(bam_header_t *header)
 160
 161   bam1_t * bam_dup1( bam1_t *src )
 162
 163   bam1_t * bam_copy1(bam1_t *bdst, bam1_t *bsrc)
 164
 165   uint8_t *bam_aux_get(bam1_t *b,  char tag[2])
 166
 167   int bam_aux2i(uint8_t *s)
 168   float bam_aux2f(uint8_t *s)
 169   double bam_aux2d(uint8_t *s)
 170   char bam_aux2A( uint8_t *s)
 171   char *bam_aux2Z( uint8_t *s)
 172
 173   int bam_reg2bin(uint32_t beg, uint32_t end)
 174
 175   uint32_t bam_calend(bam1_core_t *c, uint32_t *cigar)
 176
 177 cdef extern from "sam.h":
 178
 179   ctypedef struct samfile_t_un:
 180     tamFile tamr
 181     bamFile bam
 182     FILE *tamw
 183
 184   ctypedef struct samfile_t:
 185      int type
 186      samfile_t_un x
 187      bam_header_t *header
 188
 189   samfile_t *samopen( char *fn, char * mode, void *aux)
 190
 191   int sampileup( samfile_t *fp, int mask, bam_pileup_f func, void *data)
 192
 193   void samclose(samfile_t *fp)
 194
 195   int samread(samfile_t *fp, bam1_t *b)
 196
 197   int samwrite(samfile_t *fp, bam1_t *b)
 198
 199 cdef extern from "faidx.h":
 200
 201    ctypedef struct faidx_t:
 202       pass
 203
 204    int fai_build(char *fn)
 205
 206    void fai_destroy(faidx_t *fai)
 207
 208    faidx_t *fai_load(char *fn)
 209
 210    char *fai_fetch(faidx_t *fai, char *reg, int *len)
 211
 212 cdef extern from "pysam_util.h":
 213
 214     int pysam_bam_plbuf_push(bam1_t *b, bam_plbuf_t *buf, int cont)
 215
 216     int pysam_get_pos( bam_plbuf_t *buf)
 217
 218     int pysam_get_tid( bam_plbuf_t *buf)
 219
 220     bam_pileup1_t * pysam_get_pileup( bam_plbuf_t *buf)
 221
 222     int pysam_dispatch(int argc, char *argv[] )
 223
 224     # stand-in functions for samtools macros
 225     void pysam_bam_destroy1( bam1_t * b)
 226
 227     # add *nbytes* into the variable length data of *src* at *pos*
 228     bam1_t * pysam_bam_update( bam1_t * b,
 229                                size_t nbytes_old,
 230                                size_t nbytes_new,
 231                                uint8_t * pos )
 232
 233     # translate char to unsigned char
 234     unsigned char pysam_translate_sequence( char s )
 235
 236     # stand-ins for samtools macros
 237     uint32_t * pysam_bam1_cigar( bam1_t * b)
 238     char * pysam_bam1_qname( bam1_t * b)
 239     uint8_t * pysam_bam1_seq( bam1_t * b)
 240     uint8_t * pysam_bam1_qual( bam1_t * b)
 241     uint8_t * pysam_bam1_aux( bam1_t * b)
 242
 243     # iterator implemenation
 244     ctypedef struct bam_fetch_iterator_t:
 245         pass
 246
 247     bam_fetch_iterator_t* bam_init_fetch_iterator(bamFile fp, bam_index_t *idx, int tid, int beg, int end)
 248
 249     bam1_t * bam_fetch_iterate(bam_fetch_iterator_t *iter)
 250
 251     void bam_cleanup_fetch_iterator(bam_fetch_iterator_t *iter)