pysam/ctabix.pxd

   1
   2 cdef extern from "string.h":
   3   ctypedef int size_t
   4   void *memcpy(void *dst,void *src,size_t len)
   5   void *memmove(void *dst,void *src,size_t len)
   6   void *memset(void *b,int c,size_t len)
   7   char *strtok_r(char *str, char *delim, char **saveptr)
   8   char *strncpy(char *dest, char *src, size_t n)
   9   void *memchr(void *s, int c, size_t n)
  10
  11 cdef extern from "stdlib.h":
  12   void free(void *)
  13   void *malloc(size_t)
  14   void *calloc(size_t,size_t)
  15   void *realloc(void *,size_t)
  16   void qsort(void *base, size_t nmemb, size_t size,
  17              int (*compar)(void *,void *))
  18   int c_abs "abs" (int)
  19   int atoi( char *nptr)
  20   long atol( char *nptr)
  21   double atof( char *nptr)
  22
  23 cdef extern from "stdio.h":
  24   ctypedef struct FILE:
  25     pass
  26   FILE *fopen(char *,char *)
  27   FILE *freopen(char *path, char *mode, FILE *stream)
  28   int fileno(FILE *stream)
  29   int dup2(int oldfd, int newfd)
  30   int fflush(FILE *stream)
  31
  32   FILE * stderr
  33   FILE * stdout
  34   int fclose(FILE *)
  35   int sscanf(char *str,char *fmt,...)
  36   int printf(char *str,char *fmt,...)
  37   int sprintf(char *str,char *fmt,...)
  38   int fprintf(FILE *ifile,char *fmt,...)
  39   char *fgets(char *str,int size,FILE *ifile)
  40
  41 cdef extern from "ctype.h":
  42   int toupper(int c)
  43   int tolower(int c)
  44
  45 cdef extern from "sys/types.h":
  46   pass
  47
  48 cdef extern from "sys/stat.h":
  49   pass
  50
  51 cdef extern from "fcntl.h":
  52   int open(char *pathname, int flags)
  53
  54 cdef extern from "unistd.h":
  55   ctypedef int ssize_t
  56   char *ttyname(int fd)
  57   int isatty(int fd)
  58   ssize_t read(int fd, void *buf, size_t count)
  59
  60 cdef extern from "string.h":
  61   int strcmp(char *s1, char *s2)
  62   int strncmp(char *s1,char *s2,size_t len)
  63   char *strcpy(char *dest,char *src)
  64   char *strncpy(char *dest,char *src, size_t len)
  65   char *strdup(char *)
  66   char *strcat(char *,char *)
  67   size_t strlen(char *s)
  68   int memcmp( void * s1, void *s2, size_t len )
  69
  70 cdef extern from "stdint.h":
  71   ctypedef int int64_t
  72   ctypedef int int32_t
  73   ctypedef int uint32_t
  74   ctypedef int uint8_t
  75   ctypedef int uint64_t
  76
  77 cdef extern from "Python.h":
  78     ctypedef struct FILE
  79     FILE* PyFile_AsFile(object)
  80     char *fgets(char *str, int size, FILE *ifile)
  81     int feof(FILE *stream)
  82     size_t strlen(char *s)
  83     size_t getline(char **lineptr, size_t *n, FILE *stream)
  84     char *strstr(char *, char *)
  85     char *strchr(char *string, int c)
  86     int fileno(FILE *stream)
  87
  88 cdef extern from "bgzf.h":
  89
  90   ctypedef struct BGZF:
  91     pass
  92
  93   int64_t bgzf_seek(BGZF* fp, int64_t pos, int where)
  94
  95   BGZF * bgzf_open(char * path, char * mode)
  96
  97   int bgzf_write(BGZF * fp, void* data, int length)
  98
  99   int bgzf_close(BGZF* fp)
 100
 101 # tabix support
 102 cdef extern from "tabix.h":
 103
 104   ctypedef struct ti_conf_t:
 105     int32_t preset
 106     int32_t sc, bc, ec
 107     int32_t meta_char, line_skip
 108
 109   ctypedef struct ti_index_t:
 110      pass
 111
 112   ctypedef struct tabix_t:
 113     BGZF *fp
 114     ti_index_t *idx
 115     char *fn
 116     char *fnidx
 117
 118   ctypedef struct ti_iter_t:
 119     pass
 120
 121   tabix_t *ti_open(char *fn, char *fnidx)
 122
 123   int ti_lazy_index_load(tabix_t *t)
 124
 125   void ti_close(tabix_t *t)
 126
 127   ti_iter_t ti_query(tabix_t *t, char *name, int beg, int end)
 128   ti_iter_t ti_queryi(tabix_t *t, int tid, int beg, int end)
 129   ti_iter_t ti_querys(tabix_t *t, char *reg)
 130   char * ti_read(tabix_t *t, ti_iter_t iter, int *len)
 131
 132   # Get the list of sequence names. Each "char*" pointer points to a
 133   #     internal member of the index, so DO NOT modify the returned
 134   #      pointer; otherwise the index will be corrupted. The returned
 135   #     pointer should be freed by a single free() call by the routine
 136   #     calling this function. The number of sequences is returned at *n
 137   char **ti_seqname(ti_index_t *idx, int *n)
 138
 139   # Destroy the iterator
 140   void ti_iter_destroy(ti_iter_t iter)
 141
 142   # Build the index for file <fn>. File <fn>.tbi will be generated
 143   # and overwrite the file of the same name. Return -1 on failure. */
 144   int ti_index_build(char *fn, ti_conf_t *conf)
 145
 146   #/* Load the index from file <fn>.tbi. If <fn> is a URL and the index
 147   #   * file is not in the working directory, <fn>.tbi will be
 148   #   * downloaded. Return NULL on failure. */
 149   ti_index_t *ti_index_load( char *fn)
 150
 151   ti_index_t *ti_index_load_local(char *fnidx)
 152
 153   #/* Destroy the index */
 154   void ti_index_destroy(ti_index_t *idx)
 155
 156   #/* Parse a region like: chr2, chr2:100, chr2:100-200. Return -1 on failure. */
 157   int ti_parse_region( ti_index_t *idx,  char *str, int *tid, int *begin, int *end)
 158
 159   int ti_get_tid( ti_index_t *idx,  char *name)
 160
 161   #  /* Get the iterator pointing to the first record at the current file
 162   #   * position. If the file is just openned, the iterator points to the
 163   #   * first record in the file. */
 164   ti_iter_t ti_iter_first()
 165
 166   #  /* Get the iterator pointing to the first record in region tid:beg-end */
 167   ti_iter_t ti_iter_query( ti_index_t *idx, int tid, int beg, int end)
 168
 169   #  /* Get the data line pointed by the iterator and iterate to the next record. */
 170   # char *ti_iter_read(BGZF *fp, ti_iter_t iter, int *len)
 171
 172 cdef class Tabixfile:
 173     cdef char * filename
 174
 175     # pointer to tabixfile
 176     cdef tabix_t * tabixfile
 177
 178 cdef class Parser:
 179      pass