pysam/pysam_util.h

   1 #ifndef PYSAM_UTIL_H
   2 #define PYSAM_UTIL_H
   3
   4 //////////////////////////////////////////////////////////////////
   5 // set pysam standard error to point to stream
   6 FILE * pysam_set_stderr( FILE * f );
   7
   8 //////////////////////////////////////////////////////////////////
   9 //////////////////////////////////////////////////////////////////
  10 //////////////////////////////////////////////////////////////////
  11 // various helper functions
  12 //
  13 // fill pileup buffer for next position.
  14
  15 int pysam_pileup_next(const bam1_t *b,
  16                       bam_plbuf_t *buf,
  17                       bam_pileup1_t ** plp,
  18                       int * tid,
  19                       int * pos,
  20                       int * n_plp);
  21
  22 int pysam_dispatch(int argc, char *argv[] );
  23
  24 /*!
  25   @abstract Update the variable length data within a bam1_t entry
  26
  27   Old data is deleted and the data within b are re-arranged to
  28   make place for new data.
  29
  30   @discussion Returns b
  31
  32   @param  b           bam1_t data
  33   @param  nbytes_old  size of old data
  34   @param  nbytes_new  size of new data
  35   @param  pos         position of data
  36 */
  37 bam1_t * pysam_bam_update( bam1_t * b,
  38                            const size_t nbytes_old,
  39                            const size_t nbytes_new,
  40                            uint8_t * pos );
  41
  42 // translate a nucleotide character to binary code
  43 unsigned char pysam_translate_sequence( const unsigned char s );
  44
  45 // defined in bam_import.c
  46 extern unsigned char bam_nt16_table[256];
  47
  48 // translate a reference string *s* to a tid
  49 int pysam_reference2tid( bam_header_t *header, const char * s );
  50
  51 // debugging functions
  52 #include "glf.h"
  53 uint32_t pysam_glf_depth( glf1_t * g);
  54
  55 #include "bam_maqcns.h"
  56 void pysam_dump_glf( glf1_t * g, bam_maqcns_t * c );
  57
  58
  59 #endif