samtools/bam_aux.c.pysam.c

   1 #include "pysam.h"
   2
   3 #include <ctype.h>
   4 #include "bam.h"
   5 #include "khash.h"
   6 typedef char *str_p;
   7 KHASH_MAP_INIT_STR(s, int)
   8 KHASH_MAP_INIT_STR(r2l, str_p)
   9
  10 void bam_aux_append(bam1_t *b, const char tag[2], char type, int len, uint8_t *data)
  11 {
  12         int ori_len = b->data_len;
  13         b->data_len += 3 + len;
  14         b->l_aux += 3 + len;
  15         if (b->m_data < b->data_len) {
  16                 b->m_data = b->data_len;
  17                 kroundup32(b->m_data);
  18                 b->data = (uint8_t*)realloc(b->data, b->m_data);
  19         }
  20         b->data[ori_len] = tag[0]; b->data[ori_len + 1] = tag[1];
  21         b->data[ori_len + 2] = type;
  22         memcpy(b->data + ori_len + 3, data, len);
  23 }
  24
  25 uint8_t *bam_aux_get_core(bam1_t *b, const char tag[2])
  26 {
  27         return bam_aux_get(b, tag);
  28 }
  29
  30 #define __skip_tag(s) do { \
  31                 int type = toupper(*(s)); \
  32                 ++(s); \
  33                 if (type == 'Z' || type == 'H') { while (*(s)) ++(s); ++(s); } \
  34                 else if (type == 'B') (s) += 5 + bam_aux_type2size(*(s)) * (*(int32_t*)((s)+1)); \
  35                 else (s) += bam_aux_type2size(type); \
  36         } while(0)
  37
  38 uint8_t *bam_aux_get(const bam1_t *b, const char tag[2])
  39 {
  40         uint8_t *s;
  41         int y = tag[0]<<8 | tag[1];
  42         s = bam1_aux(b);
  43         while (s < b->data + b->data_len) {
  44                 int x = (int)s[0]<<8 | s[1];
  45                 s += 2;
  46                 if (x == y) return s;
  47                 __skip_tag(s);
  48         }
  49         return 0;
  50 }
  51 // s MUST BE returned by bam_aux_get()
  52 int bam_aux_del(bam1_t *b, uint8_t *s)
  53 {
  54         uint8_t *p, *aux;
  55         aux = bam1_aux(b);
  56         p = s - 2;
  57         __skip_tag(s);
  58         memmove(p, s, b->l_aux - (s - aux));
  59         b->data_len -= s - p;
  60         b->l_aux -= s - p;
  61         return 0;
  62 }
  63
  64 int bam_aux_drop_other(bam1_t *b, uint8_t *s)
  65 {
  66         if (s) {
  67                 uint8_t *p, *aux;
  68                 aux = bam1_aux(b);
  69                 p = s - 2;
  70                 __skip_tag(s);
  71                 memmove(aux, p, s - p);
  72                 b->data_len -= b->l_aux - (s - p);
  73                 b->l_aux = s - p;
  74         } else {
  75                 b->data_len -= b->l_aux;
  76                 b->l_aux = 0;
  77         }
  78         return 0;
  79 }
  80
  81 void bam_init_header_hash(bam_header_t *header)
  82 {
  83         if (header->hash == 0) {
  84                 int ret, i;
  85                 khiter_t iter;
  86                 khash_t(s) *h;
  87                 header->hash = h = kh_init(s);
  88                 for (i = 0; i < header->n_targets; ++i) {
  89                         iter = kh_put(s, h, header->target_name[i], &ret);
  90                         kh_value(h, iter) = i;
  91                 }
  92         }
  93 }
  94
  95 void bam_destroy_header_hash(bam_header_t *header)
  96 {
  97         if (header->hash)
  98                 kh_destroy(s, (khash_t(s)*)header->hash);
  99 }
 100
 101 int32_t bam_get_tid(const bam_header_t *header, const char *seq_name)
 102 {
 103         khint_t k;
 104         khash_t(s) *h = (khash_t(s)*)header->hash;
 105         k = kh_get(s, h, seq_name);
 106         return k == kh_end(h)? -1 : kh_value(h, k);
 107 }
 108
 109 int bam_parse_region(bam_header_t *header, const char *str, int *ref_id, int *beg, int *end)
 110 {
 111         char *s;
 112         int i, l, k, name_end;
 113         khiter_t iter;
 114         khash_t(s) *h;
 115
 116         bam_init_header_hash(header);
 117         h = (khash_t(s)*)header->hash;
 118
 119         *ref_id = *beg = *end = -1;
 120         name_end = l = strlen(str);
 121         s = (char*)malloc(l+1);
 122         // remove space
 123         for (i = k = 0; i < l; ++i)
 124                 if (!isspace(str[i])) s[k++] = str[i];
 125         s[k] = 0; l = k;
 126         // determine the sequence name
 127         for (i = l - 1; i >= 0; --i) if (s[i] == ':') break; // look for colon from the end
 128         if (i >= 0) name_end = i;
 129         if (name_end < l) { // check if this is really the end
 130                 int n_hyphen = 0;
 131                 for (i = name_end + 1; i < l; ++i) {
 132                         if (s[i] == '-') ++n_hyphen;
 133                         else if (!isdigit(s[i]) && s[i] != ',') break;
 134                 }
 135                 if (i < l || n_hyphen > 1) name_end = l; // malformated region string; then take str as the name
 136                 s[name_end] = 0;
 137                 iter = kh_get(s, h, s);
 138                 if (iter == kh_end(h)) { // cannot find the sequence name
 139                         iter = kh_get(s, h, str); // try str as the name
 140                         if (iter == kh_end(h)) {
 141                                 if (bam_verbose >= 2) fprintf(pysamerr, "[%s] fail to determine the sequence name.\n", __func__);
 142                                 free(s); return -1;
 143                         } else s[name_end] = ':', name_end = l;
 144                 }
 145         } else iter = kh_get(s, h, str);
 146         *ref_id = kh_val(h, iter);
 147         // parse the interval
 148         if (name_end < l) {
 149                 for (i = k = name_end + 1; i < l; ++i)
 150                         if (s[i] != ',') s[k++] = s[i];
 151                 s[k] = 0;
 152                 *beg = atoi(s + name_end + 1);
 153                 for (i = name_end + 1; i != k; ++i) if (s[i] == '-') break;
 154                 *end = i < k? atoi(s + i + 1) : 1<<29;
 155                 if (*beg > 0) --*beg;
 156         } else *beg = 0, *end = 1<<29;
 157         free(s);
 158         return *beg <= *end? 0 : -1;
 159 }
 160
 161 int32_t bam_aux2i(const uint8_t *s)
 162 {
 163         int type;
 164         if (s == 0) return 0;
 165         type = *s++;
 166         if (type == 'c') return (int32_t)*(int8_t*)s;
 167         else if (type == 'C') return (int32_t)*(uint8_t*)s;
 168         else if (type == 's') return (int32_t)*(int16_t*)s;
 169         else if (type == 'S') return (int32_t)*(uint16_t*)s;
 170         else if (type == 'i' || type == 'I') return *(int32_t*)s;
 171         else return 0;
 172 }
 173
 174 float bam_aux2f(const uint8_t *s)
 175 {
 176         int type;
 177         type = *s++;
 178         if (s == 0) return 0.0;
 179         if (type == 'f') return *(float*)s;
 180         else return 0.0;
 181 }
 182
 183 double bam_aux2d(const uint8_t *s)
 184 {
 185         int type;
 186         type = *s++;
 187         if (s == 0) return 0.0;
 188         if (type == 'd') return *(double*)s;
 189         else return 0.0;
 190 }
 191
 192 char bam_aux2A(const uint8_t *s)
 193 {
 194         int type;
 195         type = *s++;
 196         if (s == 0) return 0;
 197         if (type == 'A') return *(char*)s;
 198         else return 0;
 199 }
 200
 201 char *bam_aux2Z(const uint8_t *s)
 202 {
 203         int type;
 204         type = *s++;
 205         if (s == 0) return 0;
 206         if (type == 'Z' || type == 'H') return (char*)s;
 207         else return 0;
 208 }
 209
 210 #ifdef _WIN32
 211 double drand48()
 212 {
 213         return (double)rand() / RAND_MAX;
 214 }
 215 #endif