samtools/bam_reheader.c.pysam.c

   1 #include "pysam.h"
   2
   3 #include <stdio.h>
   4 #include <stdlib.h>
   5 #include "bgzf.h"
   6 #include "bam.h"
   7
   8 #define BUF_SIZE 0x10000
   9
  10 int bam_reheader(BGZF *in, const bam_header_t *h, int fd)
  11 {
  12         BGZF *fp;
  13         bam_header_t *old;
  14         int len;
  15         uint8_t *buf;
  16         if (in->open_mode != 'r') return -1;
  17         buf = malloc(BUF_SIZE);
  18         old = bam_header_read(in);
  19         fp = bgzf_fdopen(fd, "w");
  20         bam_header_write(fp, h);
  21         if (in->block_offset < in->block_length) {
  22                 bgzf_write(fp, in->uncompressed_block + in->block_offset, in->block_length - in->block_offset);
  23                 bgzf_flush(fp);
  24         }
  25 #ifdef _USE_KNETFILE
  26         while ((len = knet_read(in->x.fpr, buf, BUF_SIZE)) > 0)
  27                 fwrite(buf, 1, len, fp->x.fpw);
  28 #else
  29         while (!feof(in->file) && (len = fread(buf, 1, BUF_SIZE, in->file)) > 0)
  30                 fwrite(buf, 1, len, fp->file);
  31 #endif
  32         free(buf);
  33         fp->block_offset = in->block_offset = 0;
  34         bgzf_close(fp);
  35         return 0;
  36 }
  37
  38 int main_reheader(int argc, char *argv[])
  39 {
  40         bam_header_t *h;
  41         BGZF *in;
  42         if (argc != 3) {
  43                 fprintf(pysamerr, "Usage: samtools reheader <in.header.sam> <in.bam>\n");
  44                 return 1;
  45         }
  46         { // read the header
  47                 tamFile fph = sam_open(argv[1]);
  48                 if (fph == 0) {
  49                         fprintf(pysamerr, "[%s] fail to read the header from %s.\n", __func__, argv[1]);
  50                         return 1;
  51                 }
  52                 h = sam_header_read(fph);
  53                 sam_close(fph);
  54         }
  55         in = strcmp(argv[2], "-")? bam_open(argv[2], "r") : bam_dopen(fileno(stdin), "r");
  56         if (in == 0) {
  57                 fprintf(pysamerr, "[%s] fail to open file %s.\n", __func__, argv[2]);
  58                 return 1;
  59         }
  60         bam_reheader(in, h, fileno(stdout));
  61         bgzf_close(in);
  62         return 0;
  63 }