samtools/misc/md5.c.pysam.c

   1 #include "pysam.h"
   2
   3 /*
   4  * This code implements the MD5 message-digest algorithm.
   5  * The algorithm is due to Ron Rivest.  This code was
   6  * written by Colin Plumb in 1993, no copyright is claimed.
   7  * This code is in the public domain; do with it what you wish.
   8  *
   9  * Equivalent code is available from RSA Data Security, Inc.
  10  * This code has been tested against that, and is equivalent,
  11  * except that you don't need to include two pages of legalese
  12  * with every copy.
  13  *
  14  * To compute the message digest of a chunk of bytes, declare an
  15  * MD5Context structure, pass it to MD5Init, call MD5Update as
  16  * needed on buffers full of bytes, and then call MD5Final, which
  17  * will fill a supplied 16-byte array with the digest.
  18  */
  19
  20 /* Brutally hacked by John Walker back from ANSI C to K&R (no
  21    prototypes) to maintain the tradition that Netfone will compile
  22    with Sun's original "cc". */
  23
  24 #include <string.h>
  25 #include "md5.h"
  26
  27 #ifndef HIGHFIRST
  28 #define byteReverse(buf, len)   /* Nothing */
  29 #else
  30 /*
  31  * Note: this code is harmless on little-endian machines.
  32  */
  33 void byteReverse(buf, longs)
  34     unsigned char *buf; unsigned longs;
  35 {
  36     uint32_t t;
  37     do {
  38         t = (uint32_t) ((unsigned) buf[3] << 8 | buf[2]) << 16 |
  39             ((unsigned) buf[1] << 8 | buf[0]);
  40         *(uint32_t *) buf = t;
  41         buf += 4;
  42     } while (--longs);
  43 }
  44 #endif
  45
  46 void MD5Transform(uint32_t buf[4], uint32_t in[16]);
  47
  48
  49 /*
  50  * Start MD5 accumulation.  Set bit count to 0 and buffer to mysterious
  51  * initialization constants.
  52  */
  53 void MD5Init(ctx)
  54     struct MD5Context *ctx;
  55 {
  56     ctx->buf[0] = 0x67452301;
  57     ctx->buf[1] = 0xefcdab89;
  58     ctx->buf[2] = 0x98badcfe;
  59     ctx->buf[3] = 0x10325476;
  60
  61     ctx->bits[0] = 0;
  62     ctx->bits[1] = 0;
  63 }
  64
  65 /*
  66  * Update context to reflect the concatenation of another buffer full
  67  * of bytes.
  68  */
  69 void MD5Update(ctx, buf, len)
  70     struct MD5Context *ctx; unsigned char *buf; unsigned len;
  71 {
  72     uint32_t t;
  73
  74     /* Update bitcount */
  75
  76     t = ctx->bits[0];
  77     if ((ctx->bits[0] = t + ((uint32_t) len << 3)) < t)
  78         ctx->bits[1]++;         /* Carry from low to high */
  79     ctx->bits[1] += len >> 29;
  80
  81     t = (t >> 3) & 0x3f;        /* Bytes already in shsInfo->data */
  82
  83     /* Handle any leading odd-sized chunks */
  84
  85     if (t) {
  86         unsigned char *p = (unsigned char *) ctx->in + t;
  87
  88         t = 64 - t;
  89         if (len < t) {
  90             memcpy(p, buf, len);
  91             return;
  92         }
  93         memcpy(p, buf, t);
  94         byteReverse(ctx->in, 16);
  95         MD5Transform(ctx->buf, (uint32_t *) ctx->in);
  96         buf += t;
  97         len -= t;
  98     }
  99     /* Process data in 64-byte chunks */
 100
 101     while (len >= 64) {
 102         memcpy(ctx->in, buf, 64);
 103         byteReverse(ctx->in, 16);
 104         MD5Transform(ctx->buf, (uint32_t *) ctx->in);
 105         buf += 64;
 106         len -= 64;
 107     }
 108
 109     /* Handle any remaining bytes of data. */
 110
 111     memcpy(ctx->in, buf, len);
 112 }
 113
 114 /*
 115  * Final wrapup - pad to 64-byte boundary with the bit pattern
 116  * 1 0* (64-bit count of bits processed, MSB-first)
 117  */
 118 void MD5Final(digest, ctx)
 119     unsigned char digest[16]; struct MD5Context *ctx;
 120 {
 121     unsigned count;
 122     unsigned char *p;
 123
 124     /* Compute number of bytes mod 64 */
 125     count = (ctx->bits[0] >> 3) & 0x3F;
 126
 127     /* Set the first char of padding to 0x80.  This is safe since there is
 128        always at least one byte free */
 129     p = ctx->in + count;
 130     *p++ = 0x80;
 131
 132     /* Bytes of padding needed to make 64 bytes */
 133     count = 64 - 1 - count;
 134
 135     /* Pad out to 56 mod 64 */
 136     if (count < 8) {
 137         /* Two lots of padding:  Pad the first block to 64 bytes */
 138         memset(p, 0, count);
 139         byteReverse(ctx->in, 16);
 140         MD5Transform(ctx->buf, (uint32_t *) ctx->in);
 141
 142         /* Now fill the next block with 56 bytes */
 143         memset(ctx->in, 0, 56);
 144     } else {
 145         /* Pad block to 56 bytes */
 146         memset(p, 0, count - 8);
 147     }
 148     byteReverse(ctx->in, 14);
 149
 150     /* Append length in bits and transform */
 151     ((uint32_t *) ctx->in)[14] = ctx->bits[0];
 152     ((uint32_t *) ctx->in)[15] = ctx->bits[1];
 153
 154     MD5Transform(ctx->buf, (uint32_t *) ctx->in);
 155     byteReverse((unsigned char *) ctx->buf, 4);
 156     memcpy(digest, ctx->buf, 16);
 157     memset(ctx, 0, sizeof(ctx));        /* In case it's sensitive */
 158 }
 159
 160
 161 /* The four core functions - F1 is optimized somewhat */
 162
 163 /* #define F1(x, y, z) (x & y | ~x & z) */
 164 #define F1(x, y, z) (z ^ (x & (y ^ z)))
 165 #define F2(x, y, z) F1(z, x, y)
 166 #define F3(x, y, z) (x ^ y ^ z)
 167 #define F4(x, y, z) (y ^ (x | ~z))
 168
 169 /* This is the central step in the MD5 algorithm. */
 170 #define MD5STEP(f, w, x, y, z, data, s) \
 171         ( w += f(x, y, z) + data,  w = w<<s | w>>(32-s),  w += x )
 172
 173 /*
 174  * The core of the MD5 algorithm, this alters an existing MD5 hash to
 175  * reflect the addition of 16 longwords of new data.  MD5Update blocks
 176  * the data and converts bytes into longwords for this routine.
 177  */
 178 void MD5Transform(buf, in)
 179     uint32_t buf[4]; uint32_t in[16];
 180 {
 181     register uint32_t a, b, c, d;
 182
 183     a = buf[0];
 184     b = buf[1];
 185     c = buf[2];
 186     d = buf[3];
 187
 188     MD5STEP(F1, a, b, c, d, in[0] + 0xd76aa478, 7);
 189     MD5STEP(F1, d, a, b, c, in[1] + 0xe8c7b756, 12);
 190     MD5STEP(F1, c, d, a, b, in[2] + 0x242070db, 17);
 191     MD5STEP(F1, b, c, d, a, in[3] + 0xc1bdceee, 22);
 192     MD5STEP(F1, a, b, c, d, in[4] + 0xf57c0faf, 7);
 193     MD5STEP(F1, d, a, b, c, in[5] + 0x4787c62a, 12);
 194     MD5STEP(F1, c, d, a, b, in[6] + 0xa8304613, 17);
 195     MD5STEP(F1, b, c, d, a, in[7] + 0xfd469501, 22);
 196     MD5STEP(F1, a, b, c, d, in[8] + 0x698098d8, 7);
 197     MD5STEP(F1, d, a, b, c, in[9] + 0x8b44f7af, 12);
 198     MD5STEP(F1, c, d, a, b, in[10] + 0xffff5bb1, 17);
 199     MD5STEP(F1, b, c, d, a, in[11] + 0x895cd7be, 22);
 200     MD5STEP(F1, a, b, c, d, in[12] + 0x6b901122, 7);
 201     MD5STEP(F1, d, a, b, c, in[13] + 0xfd987193, 12);
 202     MD5STEP(F1, c, d, a, b, in[14] + 0xa679438e, 17);
 203     MD5STEP(F1, b, c, d, a, in[15] + 0x49b40821, 22);
 204
 205     MD5STEP(F2, a, b, c, d, in[1] + 0xf61e2562, 5);
 206     MD5STEP(F2, d, a, b, c, in[6] + 0xc040b340, 9);
 207     MD5STEP(F2, c, d, a, b, in[11] + 0x265e5a51, 14);
 208     MD5STEP(F2, b, c, d, a, in[0] + 0xe9b6c7aa, 20);
 209     MD5STEP(F2, a, b, c, d, in[5] + 0xd62f105d, 5);
 210     MD5STEP(F2, d, a, b, c, in[10] + 0x02441453, 9);
 211     MD5STEP(F2, c, d, a, b, in[15] + 0xd8a1e681, 14);
 212     MD5STEP(F2, b, c, d, a, in[4] + 0xe7d3fbc8, 20);
 213     MD5STEP(F2, a, b, c, d, in[9] + 0x21e1cde6, 5);
 214     MD5STEP(F2, d, a, b, c, in[14] + 0xc33707d6, 9);
 215     MD5STEP(F2, c, d, a, b, in[3] + 0xf4d50d87, 14);
 216     MD5STEP(F2, b, c, d, a, in[8] + 0x455a14ed, 20);
 217     MD5STEP(F2, a, b, c, d, in[13] + 0xa9e3e905, 5);
 218     MD5STEP(F2, d, a, b, c, in[2] + 0xfcefa3f8, 9);
 219     MD5STEP(F2, c, d, a, b, in[7] + 0x676f02d9, 14);
 220     MD5STEP(F2, b, c, d, a, in[12] + 0x8d2a4c8a, 20);
 221
 222     MD5STEP(F3, a, b, c, d, in[5] + 0xfffa3942, 4);
 223     MD5STEP(F3, d, a, b, c, in[8] + 0x8771f681, 11);
 224     MD5STEP(F3, c, d, a, b, in[11] + 0x6d9d6122, 16);
 225     MD5STEP(F3, b, c, d, a, in[14] + 0xfde5380c, 23);
 226     MD5STEP(F3, a, b, c, d, in[1] + 0xa4beea44, 4);
 227     MD5STEP(F3, d, a, b, c, in[4] + 0x4bdecfa9, 11);
 228     MD5STEP(F3, c, d, a, b, in[7] + 0xf6bb4b60, 16);
 229     MD5STEP(F3, b, c, d, a, in[10] + 0xbebfbc70, 23);
 230     MD5STEP(F3, a, b, c, d, in[13] + 0x289b7ec6, 4);
 231     MD5STEP(F3, d, a, b, c, in[0] + 0xeaa127fa, 11);
 232     MD5STEP(F3, c, d, a, b, in[3] + 0xd4ef3085, 16);
 233     MD5STEP(F3, b, c, d, a, in[6] + 0x04881d05, 23);
 234     MD5STEP(F3, a, b, c, d, in[9] + 0xd9d4d039, 4);
 235     MD5STEP(F3, d, a, b, c, in[12] + 0xe6db99e5, 11);
 236     MD5STEP(F3, c, d, a, b, in[15] + 0x1fa27cf8, 16);
 237     MD5STEP(F3, b, c, d, a, in[2] + 0xc4ac5665, 23);
 238
 239     MD5STEP(F4, a, b, c, d, in[0] + 0xf4292244, 6);
 240     MD5STEP(F4, d, a, b, c, in[7] + 0x432aff97, 10);
 241     MD5STEP(F4, c, d, a, b, in[14] + 0xab9423a7, 15);
 242     MD5STEP(F4, b, c, d, a, in[5] + 0xfc93a039, 21);
 243     MD5STEP(F4, a, b, c, d, in[12] + 0x655b59c3, 6);
 244     MD5STEP(F4, d, a, b, c, in[3] + 0x8f0ccc92, 10);
 245     MD5STEP(F4, c, d, a, b, in[10] + 0xffeff47d, 15);
 246     MD5STEP(F4, b, c, d, a, in[1] + 0x85845dd1, 21);
 247     MD5STEP(F4, a, b, c, d, in[8] + 0x6fa87e4f, 6);
 248     MD5STEP(F4, d, a, b, c, in[15] + 0xfe2ce6e0, 10);
 249     MD5STEP(F4, c, d, a, b, in[6] + 0xa3014314, 15);
 250     MD5STEP(F4, b, c, d, a, in[13] + 0x4e0811a1, 21);
 251     MD5STEP(F4, a, b, c, d, in[4] + 0xf7537e82, 6);
 252     MD5STEP(F4, d, a, b, c, in[11] + 0xbd3af235, 10);
 253     MD5STEP(F4, c, d, a, b, in[2] + 0x2ad7d2bb, 15);
 254     MD5STEP(F4, b, c, d, a, in[9] + 0xeb86d391, 21);
 255
 256     buf[0] += a;
 257     buf[1] += b;
 258     buf[2] += c;
 259     buf[3] += d;
 260 }
 261
 262 /* lh3: the following code is added by me */
 263
 264 #ifdef MD5SUM_MAIN
 265 #include <stdio.h>
 266 #include <stdlib.h>
 267 #include <string.h>
 268 #define HEX_STR "0123456789abcdef"
 269
 270 static void md5_one(const char *fn)
 271 {
 272         unsigned char buf[4096], digest[16];
 273         MD5_CTX md5;
 274         int l;
 275         FILE *fp;
 276
 277         fp = strcmp(fn, "-")? fopen(fn, "r") : stdin;
 278         if (fp == 0) {
 279                 fprintf(pysamerr, "md5sum: %s: No such file or directory\n", fn);
 280                 exit(1);
 281         }
 282         MD5Init(&md5);
 283         while ((l = fread(buf, 1, 4096, fp)) > 0)
 284                 MD5Update(&md5, buf, l);
 285         MD5Final(digest, &md5);
 286         if (fp != stdin) fclose(fp);
 287         for (l = 0; l < 16; ++l)
 288                 printf("%c%c", HEX_STR[digest[l]>>4&0xf], HEX_STR[digest[l]&0xf]);
 289         printf("  %s\n", fn);
 290 }
 291 int main(int argc, char *argv[])
 292 {
 293         int i;
 294         if (argc == 1) md5_one("-");
 295         else for (i = 1; i < argc; ++i) md5_one(argv[i]);
 296         return 0;
 297 }
 298 #endif