setup.py

   1 #!/usr/bin/python
   2 '''
   3
   4 pysam
   5 *****
   6
   7 '''
   8
   9 import os, sys, glob, shutil
  10
  11 name = "pysam"
  12 version = "0.2"
  13
  14 samtools_exclude = ( "bamtk.c", "razip.c", "bgzip.c" )
  15 samtools_dest = os.path.abspath( "samtools" )
  16
  17 # copy samtools source
  18 if len(sys.argv) >= 2 and sys.argv[1] == "import":
  19    if len(sys.argv) < 3: raise ValueError("missing PATH to samtools source directory")
  20    samtools_src = os.path.abspath( sys.argv[2] )
  21    if not os.path.exists( samtools_src ): raise IOError( "samtools src dir `%s` does not exist." % samtools_src )
  22
  23    cfiles = glob.glob( os.path.join( samtools_src, "*.c" ) )
  24    hfiles = glob.glob( os.path.join( samtools_src, "*.h" ) )
  25    ncopied = 0
  26    for p in cfiles + hfiles:
  27       f = os.path.basename(p)
  28       if f in samtools_exclude: continue
  29       if os.path.exists( os.path.join( samtools_dest, f )): continue
  30       shutil.copy( p, samtools_dest )
  31       ncopied += 1
  32    print "installed latest source code from %s: %i files copied" % (samtools_src, ncopied)
  33    sys.exit(0)
  34
  35 from distutils.core import setup, Extension
  36 from Pyrex.Distutils import build_ext
  37
  38 classifiers = """
  39 Development Status :: 2 - Alpha
  40 Operating System :: MacOS :: MacOS X
  41 Operating System :: Microsoft :: Windows :: Windows NT/2000
  42 Operating System :: OS Independent
  43 Operating System :: POSIX
  44 Operating System :: POSIX :: Linux
  45 Operating System :: Unix
  46 Programming Language :: Python
  47 Topic :: Scientific/Engineering
  48 Topic :: Scientific/Engineering :: Bioinformatics
  49 """
  50
  51 pysam = Extension(
  52     "pysam/csamtools",                   # name of extension
  53     [ "pysam/csamtools.pyx" ]  +\
  54        [ "pysam/%s" % x for x in (
  55              "pysam_util.c", )] +\
  56        glob.glob( os.path.join( "samtools", "*.c" ) ),
  57     library_dirs=[],
  58     include_dirs=[ "samtools", ],
  59     libraries=[ "z", ],
  60     language="c",
  61     )
  62
  63 metadata = {
  64     'name': name,
  65     'version': version,
  66     'description': "pysam",
  67     'long_description': __doc__,
  68     'author': "Andreas Heger",
  69     'author_email': "andreas.heger@gmail.com",
  70     'license': "MIT",
  71     'platforms': "ALL",
  72     'url': "http://code.google.com/p/pysam/",
  73     'py_modules': [
  74       "pysam/__init__", "pysam/Pileup", "pysam/namedtuple" ],
  75     'ext_modules': [pysam,],
  76     'cmdclass' : {'build_ext': build_ext} }
  77
  78 if __name__=='__main__':
  79    dist = setup(**metadata)