setup.py

   1 #!/usr/bin/python
   2 '''
   3
   4 pysam
   5 *****
   6
   7 '''
   8
   9 import os, sys, glob, shutil, hashlib, re, fnmatch
  10 import platform
  11
  12 name = "pysam"
  13
  14 # collect pysam version
  15 sys.path.insert( 0, "pysam")
  16 import version
  17
  18 version = version.__version__
  19
  20 samtools_exclude = ( "bamtk.c", "razip.c", "bgzip.c",
  21                      "main.c", "calDepth.c", "bam2bed.c",
  22                      "wgsim.c", "md5fa.c", "maq2sam.c",)
  23 samtools_dest = os.path.abspath( "samtools" )
  24 tabix_exclude = ( "main.c", )
  25 tabix_dest = os.path.abspath( "tabix" )
  26
  27 def locate(pattern, root=os.curdir):
  28     '''Locate all files matching supplied filename pattern in and below
  29     supplied root directory.'''
  30     for path, dirs, files in os.walk(os.path.abspath(root)):
  31        for filename in fnmatch.filter(files, pattern):
  32           yield os.path.join(path, filename)
  33
  34 def _update_pysam_files(cf, destdir):
  35   for filename in cf:
  36      if not filename: continue
  37      dest = filename + ".pysam.c"
  38      with open( filename ) as infile:
  39         with open( dest, "w" ) as outfile:
  40            outfile.write( '#include "pysam.h"\n\n' )
  41            outfile.write( re.sub( "stderr", "pysamerr", "".join(infile.readlines()) ) )
  42   with open( os.path.join( destdir, "pysam.h" ), "w" )as outfile:
  43      outfile.write ("""#ifndef PYSAM_H
  44 #define PYSAM_H
  45 #include "stdio.h"
  46 extern FILE * pysamerr;
  47 #endif
  48 """)
  49
  50 # copy samtools source
  51 if len(sys.argv) >= 2 and sys.argv[1] == "import":
  52    if len(sys.argv) < 3: raise ValueError("missing PATH to samtools source directory")
  53    if len(sys.argv) < 4: raise ValueError("missing PATH to tabix source directory")
  54
  55    for destdir, srcdir, exclude in zip(
  56       (samtools_dest, tabix_dest),
  57       sys.argv[2:4],
  58       (samtools_exclude, tabix_exclude)):
  59
  60       srcdir = os.path.abspath( srcdir )
  61       if not os.path.exists( srcdir ): raise IOError( "samtools src dir `%s` does not exist." % srcdir )
  62
  63       cfiles = locate( "*.c", srcdir )
  64       hfiles = locate( "*.h", srcdir )
  65       ncopied = 0
  66
  67       def _compareAndCopy( src, srcdir, destdir, exclude ):
  68
  69          d, f = os.path.split(src)
  70          if f in exclude: return None
  71          common_prefix = os.path.commonprefix( (d, srcdir ) )
  72          subdir = re.sub( common_prefix, "", d )[1:]
  73          targetdir = os.path.join( destdir, subdir )
  74          if not os.path.exists( targetdir ):
  75             os.makedirs( targetdir )
  76          old_file = os.path.join( targetdir, f )
  77          if os.path.exists( old_file ):
  78             md5_old = hashlib.md5("".join(open(old_file,"r").readlines())).digest()
  79             md5_new = hashlib.md5("".join(open(src,"r").readlines())).digest()
  80             if md5_old != md5_new:
  81                raise ValueError( "incompatible files for %s and %s" % (old_file, src ))
  82
  83          shutil.copy( src, targetdir )
  84          return old_file
  85
  86       for src_file in hfiles:
  87          _compareAndCopy( src_file, srcdir,destdir, exclude )
  88          ncopied += 1
  89
  90       cf = []
  91       for src_file in cfiles:
  92          cf.append( _compareAndCopy( src_file, srcdir, destdir, exclude ) )
  93          ncopied += 1
  94
  95       print "installed latest source code from %s: %i files copied" % (srcdir, ncopied)
  96       # redirect stderr to pysamerr and replace bam.h with a stub.
  97       print "applying stderr redirection"
  98
  99       _update_pysam_files(cf, destdir)
 100
 101
 102    sys.exit(0)
 103
 104 if len(sys.argv) >= 2 and sys.argv[1] == "refresh":
 105     print "refreshing latest source code from .c to .pysam.c"
 106 # redirect stderr to pysamerr and replace bam.h with a stub.
 107     print "applying stderr redirection"
 108     for destdir in ('samtools', 'tabix'):
 109         pysamcfiles = locate( "*.pysam.c", destdir )
 110         for f in pysamcfiles: os.remove(f)
 111         cfiles = locate( "*.c", destdir )
 112         _update_pysam_files(cfiles, destdir)
 113
 114     sys.exit(0)
 115
 116
 117
 118 from ez_setup import use_setuptools
 119 use_setuptools()
 120
 121 from setuptools import Extension, setup
 122
 123 ## note that for automatic cythoning,
 124 ## both pyrex and cython need to be installed.
 125 ## see http://mail.python.org/pipermail/distutils-sig/2007-September/008204.html
 126
 127 try:
 128     from Cython.Distutils import build_ext
 129 except:
 130     from setuptools.command.build_ext import build_ext
 131
 132 classifiers = """
 133 Development Status :: 2 - Alpha
 134 Operating System :: MacOS :: MacOS X
 135 Operating System :: Microsoft :: Windows :: Windows NT/2000
 136 Operating System :: OS Independent
 137 Operating System :: POSIX
 138 Operating System :: POSIX :: Linux
 139 Operating System :: Unix
 140 Programming Language :: Python
 141 Topic :: Scientific/Engineering
 142 Topic :: Scientific/Engineering :: Bioinformatics
 143 """
 144
 145 if platform.system()=='Windows':
 146     include_os = ['win32']
 147     os_c_files = ['win32/getopt.c']
 148 else:
 149     include_os = []
 150     os_c_files = []
 151
 152 samtools = Extension(
 153     "csamtools",                   # name of extension
 154     [ "pysam/csamtools.pyx" ]  +\
 155         [ "pysam/%s" % x for x in (
 156                 "pysam_util.c", )] +\
 157         glob.glob( os.path.join( "samtools", "*.pysam.c" )) +\
 158         os_c_files + \
 159         glob.glob( os.path.join( "samtools", "*", "*.pysam.c" ) ),
 160     library_dirs=[],
 161     include_dirs=[ "samtools", "pysam" ] + include_os,
 162     libraries=[ "z", ],
 163     language="c",
 164     define_macros = [('_FILE_OFFSET_BITS','64'),
 165                      ('_USE_KNETFILE','')],
 166     )
 167
 168 tabix = Extension(
 169     "ctabix",                   # name of extension
 170     [ "pysam/ctabix.pyx", ]  +\
 171        [ "pysam/%s" % x for x in ( "tabix_util.c", )] +\
 172         os_c_files + \
 173        glob.glob( os.path.join( "tabix", "*.pysam.c" ) ),
 174     library_dirs=[],
 175     include_dirs=[ "tabix", "pysam" ] + include_os,
 176     libraries=[ "z", ],
 177     language="c",
 178     )
 179
 180 tabproxies = Extension(
 181     "TabProxies",                   # name of extension
 182     [ "pysam/TabProxies.pyx", ] + os_c_files,
 183     library_dirs=[],
 184     include_dirs= include_os,
 185     libraries=[ "z", ],
 186     language="c",
 187     )
 188
 189 cvcf = Extension(
 190     "cvcf",                   # name of extension
 191     [ "pysam/cvcf.pyx", ] + os_c_files,
 192     library_dirs=[],
 193     include_dirs= ["tabix",] + include_os,
 194     libraries=[ "z", ],
 195     language="c",
 196     )
 197
 198 metadata = {
 199     'name': name,
 200     'version': version,
 201     'description': "pysam",
 202     'long_description': __doc__,
 203     'author': "Andreas Heger",
 204     'author_email': "andreas.heger@gmail.com",
 205     'license': "MIT",
 206     'platforms': "ALL",
 207     'url': "http://code.google.com/p/pysam/",
 208     'py_modules': [
 209       "pysam/__init__",
 210       "pysam/Pileup",
 211       "pysam/namedtuple",
 212       "pysam/version" ],
 213     'requires' : ['cython (>=0.12)'],
 214     'ext_modules': [samtools, tabix, tabproxies, cvcf ],
 215     'cmdclass' : {'build_ext': build_ext},
 216     'install_requires' : ['cython>=0.12.1',],
 217     # do not pack in order to permit linking to csamtools.so
 218     'zip_safe' :False,
 219     }
 220
 221 if __name__=='__main__':
 222    dist = setup(**metadata)