setup.py

   1 #!/usr/bin/python
   2 '''
   3
   4 pysam
   5 *****
   6
   7 '''
   8
   9 import os, sys, glob, shutil, hashlib
  10
  11 name = "pysam"
  12
  13 # collect pysam version
  14 sys.path.insert( 0, "pysam")
  15 import version
  16
  17 version = version.__version__
  18
  19 samtools_exclude = ( "bamtk.c", "razip.c", "bgzip.c", "errmod.c", "bam_reheader.c", "bam2bcf.c" )
  20 samtools_dest = os.path.abspath( "samtools" )
  21 tabix_exclude = ( "main.c", )
  22 tabix_dest = os.path.abspath( "tabix" )
  23
  24 # copy samtools source
  25 if len(sys.argv) >= 2 and sys.argv[1] == "import":
  26    if len(sys.argv) < 3: raise ValueError("missing PATH to samtools source directory")
  27    if len(sys.argv) < 4: raise ValueError("missing PATH to tabix source directory")
  28
  29    for destdir, srcdir, exclude in zip(
  30       (samtools_dest, tabix_dest),
  31       sys.argv[2:4],
  32       (samtools_exclude, tabix_exclude)):
  33
  34       srcdir = os.path.abspath( srcdir )
  35       if not os.path.exists( srcdir ): raise IOError( "samtools src dir `%s` does not exist." % srcdir )
  36
  37       cfiles = glob.glob( os.path.join( srcdir, "*.c" ) )
  38       hfiles = glob.glob( os.path.join( srcdir, "*.h" ) )
  39       ncopied = 0
  40       for new_file in cfiles + hfiles:
  41          f = os.path.basename(new_file)
  42          if f in exclude: continue
  43          old_file = os.path.join( destdir, f )
  44          if os.path.exists( old_file ):
  45             md5_old = hashlib.md5("".join(open(old_file,"r").readlines())).digest()
  46             md5_new = hashlib.md5("".join(open(new_file,"r").readlines())).digest()
  47             if md5_old == md5_new: continue
  48             raise ValueError( "incompatible files for %s and %s" % (old_file, new_file ))
  49
  50          shutil.copy( new_file, destdir )
  51          ncopied += 1
  52       print "installed latest source code from %s: %i files copied" % (srcdir, ncopied)
  53    sys.exit(0)
  54
  55 from distutils.core import setup, Extension
  56 from Cython.Distutils import build_ext
  57
  58 classifiers = """
  59 Development Status :: 2 - Alpha
  60 Operating System :: MacOS :: MacOS X
  61 Operating System :: Microsoft :: Windows :: Windows NT/2000
  62 Operating System :: OS Independent
  63 Operating System :: POSIX
  64 Operating System :: POSIX :: Linux
  65 Operating System :: Unix
  66 Programming Language :: Python
  67 Topic :: Scientific/Engineering
  68 Topic :: Scientific/Engineering :: Bioinformatics
  69 """
  70
  71 samtools = Extension(
  72     "csamtools",                   # name of extension
  73     [ "pysam/csamtools.pyx" ]  +\
  74        [ "pysam/%s" % x for x in (
  75              "pysam_util.c", )] +\
  76        glob.glob( os.path.join( "samtools", "*.c" ) ),
  77     library_dirs=[],
  78     include_dirs=[ "samtools", "pysam" ],
  79     libraries=[ "z", ],
  80     language="c",
  81     define_macros = [('FILE_OFFSET_BITS','64'),
  82                      ('_USE_KNETFILE','')],
  83     )
  84
  85 tabix = Extension(
  86     "ctabix",                   # name of extension
  87     [ "pysam/ctabix.pyx" ]  +\
  88        [ "pysam/%s" % x for x in ()] +\
  89        glob.glob( os.path.join( "tabix", "*.c" ) ),
  90     library_dirs=[],
  91     include_dirs=[ "tabix", "pysam" ],
  92     libraries=[ "z", ],
  93     language="c",
  94     )
  95
  96 metadata = {
  97     'name': name,
  98     'version': version,
  99     'description': "pysam",
 100     'long_description': __doc__,
 101     'author': "Andreas Heger",
 102     'author_email': "andreas.heger@gmail.com",
 103     'license': "MIT",
 104     'platforms': "ALL",
 105     'url': "http://code.google.com/p/pysam/",
 106     'py_modules': [
 107       "pysam/__init__",
 108       "pysam/Pileup",
 109       "pysam/namedtuple",
 110       "pysam/version" ],
 111     'ext_modules': [samtools, tabix],
 112     'cmdclass' : {'build_ext': build_ext},
 113     }
 114
 115 if __name__=='__main__':
 116    dist = setup(**metadata)