tests/00README.txt

   1 File ex1.fa contains two sequences cut from the human genome
   2 build36. They were exatracted with command:
   3
   4   samtools faidx human_b36.fa 2:2043966-2045540 20:67967-69550
   5
   6 Sequence names were changed manually for simplicity. File ex1.sam.gz
   7 contains MAQ alignments exatracted with:
   8
   9   (samtools view NA18507_maq.bam 2:2044001-2045500;
  10    samtools view NA18507_maq.bam 20:68001-69500)
  11
  12 and processed with `samtools fixmate' to make it self-consistent as a
  13 standalone alignment.
  14
  15 To try samtools, you may run the following commands:
  16
  17   samtools faidx ex1.fa                 # index the reference FASTA
  18   samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam   # SAM->BAM
  19   samtools index ex1.bam                # index BAM
  20   samtools tview ex1.bam ex1.fa         # view alignment
  21   samtools pileup -cf ex1.fa ex1.bam    # pileup and consensus
  22   samtools pileup -cf ex1.fa -t ex1.fa.fai ex1.sam.gz
  23
  24 In order for the script pysam_test.py to work, you will need pysam
  25 in your PYTHONPATH.
  26
  27 In order for the script example.py to work, you will need pysam
  28 in your PYTHONPATH and run
  29
  30   make all
  31
  32 beforehand.