tests/Makefile

   1 all: ex1.glf ex1.pileup.gz ex1.bam.bai ex1.glfview.gz \
   2         ex2.sam.gz ex2.sam ex1.sam \
   3         ex2.bam \
   4         ex3.bam ex3.bam.bai \
   5         ex4.bam ex4.bam.bai \
   6         ex5.bam ex5.bam.bai \
   7         ex6.bam \
   8         ex8.bam
   9
  10 ex2.sam.gz: ex1.bam ex1.bam.bai
  11                 samtools view -h ex1.bam | gzip > ex2.sam.gz
  12
  13 %.bam: %.sam ex1.fa.fai
  14         samtools import ex1.fa.fai $< $@
  15
  16 %.sam: %.sam.gz
  17         gunzip < $< > $@
  18
  19 ex1.fa.fai:ex1.fa
  20                 samtools faidx ex1.fa
  21 ex1.bam:ex1.sam.gz ex1.fa.fai
  22                 samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam
  23 %.bam.bai:%.bam
  24                 samtools index $<
  25 ex1.pileup.gz:ex1.bam ex1.fa
  26                 samtools pileup -cf ex1.fa ex1.bam | gzip > ex1.pileup.gz
  27 ex1.glf:ex1.bam ex1.fa
  28                 samtools pileup -gf ex1.fa ex1.bam > ex1.glf
  29 ex1.glfview.gz:ex1.glf
  30                 samtools glfview ex1.glf | gzip > ex1.glfview.gz
  31
  32 clean:
  33                 rm -fr *.bam *.bai *.glf* *.fai *.pileup* *~ calDepth *.dSYM pysam_*.sam ex2.sam ex2.sam.gz ex1.sam