pysam/TabProxies.c
pysam/TabProxies.pxd
pysam/TabProxies.pyx
-pysam/VCF.py
pysam/__init__.py
pysam/csamtools.c
pysam/csamtools.pxd
samtools/bam_import.c.pysam.c
samtools/bam_index.c.pysam.c
samtools/bam_lpileup.c.pysam.c
-samtools/bam_maqcns.c.pysam.c
-samtools/bam_maqcns.h
samtools/bam_mate.c.pysam.c
samtools/bam_md.c.pysam.c
samtools/bam_pileup.c.pysam.c
samtools/bam_plcmd.c.pysam.c
+samtools/bam_reheader.c.pysam.c
samtools/bam_rmdup.c.pysam.c
samtools/bam_rmdupse.c.pysam.c
samtools/bam_sort.c.pysam.c
samtools/errmod.h
samtools/faidx.c.pysam.c
samtools/faidx.h
-samtools/glf.c.pysam.c
-samtools/glf.h
samtools/kaln.c.pysam.c
samtools/kaln.h
samtools/khash.h
samtools/ksort.h
samtools/kstring.c.pysam.c
samtools/kstring.h
-samtools/msvc_compat.h
samtools/phase.c.pysam.c
samtools/pysam.h
samtools/razf.c.pysam.c
samtools/bcftools/kfunc.c.pysam.c
samtools/bcftools/kmin.c.pysam.c
samtools/bcftools/kmin.h
+samtools/bcftools/mut.c.pysam.c
samtools/bcftools/prob1.c.pysam.c
samtools/bcftools/prob1.h
samtools/bcftools/vcf.c.pysam.c
samtools/misc/md5.c.pysam.c
samtools/misc/md5.h
+samtools/misc/seqtk.c.pysam.c
samtools/win32/xcurses.h
samtools/win32/zconf.h
samtools/win32/zlib.h
tabix/ksort.h
tabix/kstring.c.pysam.c
tabix/kstring.h
-tabix/msvc_compat.h
tabix/pysam.h
tabix/tabix.h
tests/00README.txt