Imported Upstream version 0.7
[pysam.git] / tests / vcf-examples / 20.vcf
diff --git a/tests/vcf-examples/20.vcf b/tests/vcf-examples/20.vcf
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e14beb5
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,307 @@
+##fileformat=VCFv4.1\r
+##INFO=<ID=PacBio,Number=1,Type=String,Description="Status of PacBio for this site">\r
+##INFO=<ID=Sqnm,Number=1,Type=String,Description="Status of Sequenom for this site">\r
+##INFO=<ID=Sanger,Number=1,Type=String,Description="Status of Sanger Sequencing for this site">\r
+##INFO=<ID=NotCalledInValidationSamples,Number=.,Type=Flag,Description="Was not called polymorphic in sequencing for any of the passing validation samples; could still be polymorphic">\r
+##reference=file:///humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta\r
+#CHROM POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    \r
+20     207414  .       G       A       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     792106  .       C       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     894031  .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     1508892 .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     1686745 .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     1818886 .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     2062981 .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     2773229 .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     2817761 .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     2994966 .       G       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     3126723 .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     3523369 .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     3635082 .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     3714080 .       C       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     3905791 .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     3907250 .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     4171994 .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     4246375 .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     4375206 .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     4434727 .       A       T       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=Mono;Sanger=Mono\r
+20     4495199 .       G       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     4835415 .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     4915769 .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     4983198 .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     5441171 .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     5978029 .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     6061317 .       C       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     6328925 .       C       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     6675461 .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     6976115 .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     7013349 .       G       A       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     7039302 .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     7638704 .       C       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     7688381 .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     7726350 .       G       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     7733957 .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     7850516 .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     8095059 .       G       A       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     8232012 .       T       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     8415290 .       A       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     8438535 .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     8815233 .       G       A       .       .       PacBio=Mono;Sqnm=NoCall\r
+20     8953629 .       C       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     9237267 .       T       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     9744549 .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     9780416 .       C       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     10252552        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     10314038        .       C       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     10757416        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     11087688        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     11094107        .       G       A       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     11098680        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     11353163        .       G       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     11510559        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     11787224        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     11821024        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     11932295        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     11965311        .       G       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     12023599        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     12505523        .       G       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     12570054        .       A       C       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=Poly\r
+20     12667452        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     12678271        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Mono\r
+20     12704885        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     12733996        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     12737269        .       C       T       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     12788981        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     12828594        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     12999157        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     13083804        .       C       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     13197077        .       G       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     13217896        .       A       G       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=Poly\r
+20     13276778        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     13375116        .       G       A       .       .       PacBio=Mono;Sqnm=NoCall;NotCalledInValidationSamples\r
+20     13648056        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     13672895        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     14160159        .       C       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     14266815        .       T       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     14865143        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     14882868        .       T       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     15244725        .       C       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     15277072        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     15390867        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     15785205        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     15833020        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     15847620        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     15953253        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     15964434        .       G       C       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     16183922        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     16190824        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     16557779        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     16730061        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     16794015        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     17048741        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     17299827        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     17299845        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     17390323        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     17624973        .       C       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     17666040        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     17735813        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     17794990        .       A       G       .       .       PacBio=Mono;Sqnm=Mono;NotCalledInValidationSamples\r
+20     17809418        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     17860794        .       C       T       .       .       PacBio=Mono;Sqnm=NoCall\r
+20     17881936        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     17893097        .       C       G       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     18188883        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     18199319        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     18233699        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     18536869        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     18637785        .       T       C       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=Mono;Sanger=Mono;NotCalledInValidationSamples\r
+20     18763166        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     19102715        .       A       G       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     19244609        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     19573719        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     19815613        .       A       G       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=Poly\r
+20     20511479        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly;Sanger=Poly\r
+20     20639358        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     21278490        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     21297718        .       C       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     21418269        .       A       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     21560553        .       A       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     21618451        .       G       A       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     21705723        .       C       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     22076189        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     22118677        .       T       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     22320721        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     22368918        .       C       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     23020003        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     23214163        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     23273877        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     23335790        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     23790659        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     23830388        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     23837678        .       C       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     23901081        .       A       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     23946361        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     23949242        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     24539119        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     24986457        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     25183729        .       G       A       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     25277133        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     25292464        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     25528915        .       G       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     25851836        .       A       G       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     25970163        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     29920798        .       C       T       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     30007713        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     30051768        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     30183598        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     30604408        .       G       A       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     30759940        .       G       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     30881454        .       G       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     31356560        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     31450036        .       A       G       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=Mono\r
+20     31589920        .       A       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     31922121        .       C       T       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     32801430        .       G       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     32943975        .       G       T       .       .       PacBio=Mono;Sqnm=Mono\r
+20     33155812        .       C       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     34090682        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     34254080        .       C       T       .       .       PacBio=Mono;Sqnm=NoCall;NotCalledInValidationSamples\r
+20     34312126        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     34481504        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     34694577        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     35026572        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     35472344        .       T       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     35882698        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     36044719        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     36047623        .       C       A       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     36204890        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     36469514        .       G       C       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=Poly\r
+20     36840217        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     37460945        .       C       T       .       .       PacBio=Mono;Sqnm=Poly\r
+20     37665246        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     37732397        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     37874645        .       G       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     37958191        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     37996273        .       C       T       .       .       PacBio=Mono;Sqnm=NoCall;NotCalledInValidationSamples\r
+20     38016547        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     38435682        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     38505534        .       A       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     38803278        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     38963803        .       G       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     38971986        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     39269586        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     39289390        .       C       A       .       .       PacBio=Mono;Sqnm=Mono;NotCalledInValidationSamples\r
+20     39318956        .       T       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     39736197        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     40241339        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     41473555        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     41878576        .       T       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     42022716        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     42033671        .       A       C       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     42270334        .       C       T       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     42449590        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     42521157        .       T       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     42624300        .       C       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     42984548        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     43200148        .       G       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     43425384        .       T       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     43521990        .       C       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     43565804        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     43591237        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     43805929        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     43866692        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     43902088        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     44478507        .       C       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     44768810        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     45151582        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     45414003        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     45776825        .       G       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     46454905        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     46823642        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     47001376        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     47079360        .       G       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     47248953        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     47480655        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     47529099        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     47703355        .       A       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     47919541        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     48126120        .       A       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     48157380        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     48233077        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     48488571        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     48534468        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     48631385        .       G       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     48654970        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     48708007        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     48979827        .       C       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     49100106        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     49509102        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     49631170        .       G       A       .       .       PacBio=Mono;Sqnm=Mono;NotCalledInValidationSamples\r
+20     50210361        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     50309600        .       C       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     50681296        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     50750138        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     51639257        .       G       A       .       .       PacBio=Mono;Sqnm=Poly\r
+20     51814664        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     51891088        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     52299250        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     52363435        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     52583941        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     52787584        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     53256945        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     54155398        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     54172374        .       G       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     54209446        .       A       G       .       .       PacBio=Mono;Sqnm=Mono;NotCalledInValidationSamples;Sanger=Poly\r
+20     54317862        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     54852735        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     54889864        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     55208711        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     55220477        .       G       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     55224856        .       G       T       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     55441530        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     55585710        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     55630163        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     56031994        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     56316071        .       T       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     56366198        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     56703987        .       G       A       .       .       PacBio=Mono;Sqnm=Mono;NotCalledInValidationSamples;Sanger=Poly\r
+20     56794829        .       G       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     56797026        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     56922427        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     57025102        .       A       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     57104529        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     57360225        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     57630386        .       T       A       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     57754033        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     57956631        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     57997801        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=NoCall\r
+20     58046279        .       C       G       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     58186723        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     58214460        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     58317759        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     58491642        .       A       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     58560045        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     58629232        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     58805192        .       G       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     58869523        .       A       G       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     59337535        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     59441596        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     59445223        .       G       A       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     59605846        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     59864395        .       G       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     60099821        .       G       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     60290551        .       A       G       .       .       PacBio=Mono;Sqnm=Mono;NotCalledInValidationSamples;Sanger=Poly\r
+20     60362527        .       G       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     60516358        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     60559594        .       C       T       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=Poly\r
+20     60745115        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     60831300        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     60907675        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     61458191        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     61717607        .       C       T       .       .       PacBio=Mono;Sqnm=Poly\r
+20     61771154        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     61950497        .       G       A       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     62000091        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     62550780        .       C       T       .       .       PacBio=NoCall;Sqnm=NoCall\r
+20     62558259        .       T       C       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r
+20     62727205        .       C       T       .       .       PacBio=Poly;Sqnm=Poly\r