debian/changelog

   1 samtools (0.1.18-2ubuntu1~lucid) lucid; urgency=low
   2
   3   * Make a branch for woldlab-lucid
   4
   5  -- Diane Trout <diane@caltech.edu>  Mon, 24 Oct 2011 14:58:35 -0700
   6
   7 samtools (0.1.18-2) UNRELEASED; urgency=low
   8
   9   * Work in progress, see git commits.
  10
  11  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Thu, 15 Sep 2011 13:26:37 +0900
  12
  13 samtools (0.1.18-1) unstable; urgency=low
  14
  15   [b990d9d3] New upstream release.
  16   [d59366b9] Updated copyright statements.
  17   [aa08abe5] Compress binary packages with xz.
  18   [9a36c994] Added a DEP 3 header to debian/patches/no-pileup-tests.patch.
  19
  20  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Tue, 06 Sep 2011 16:52:04 +0900
  21
  22 samtools (0.1.17-1) unstable; urgency=low
  23
  24   * New upstream release 0.1.17 (6 July, 2011).
  25   * bcftools.1 and samtools.1 merged (debian/rules, debian/samtools.manpages).
  26   * Patched the example makefile to not use samtools pileup, deprecated.
  27     (debian/control, debian/rules, debian/patches/series,
  28     debian/patches/no-pileup-tests.patch)
  29
  30  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Mon, 11 Jul 2011 21:04:30 +0900
  31
  32 samtools (0.1.16-1) unstable; urgency=low
  33
  34   * New upstream release, implementing SAM Spec v1.4.
  35   * Distribute sam.h and the other headers in /usr/include/samtools.
  36     Closes: #625622, #626044, LP: #690997.
  37
  38  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Thu, 19 May 2011 13:24:25 +0900
  39
  40 samtools (0.1.15-1) unstable; urgency=low
  41
  42   * New upstream release.
  43   * Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.9.2
  44     (debian/control, no changes needed).
  45   * debian/watch directly interrogates and downloads froms SourceForge.
  46
  47  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Tue, 12 Apr 2011 19:44:41 +0900
  48
  49 samtools (0.1.14-1) unstable; urgency=low
  50
  51   * New upstream release.
  52
  53  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Tue, 29 Mar 2011 13:13:54 +0900
  54
  55 samtools (0.1.13-1) unstable; urgency=low
  56
  57   * New upstream release:
  58     - backward incompatible with VCF/BCF generated by samtools older
  59       than r921 inclusive (0.1.12a is r862);
  60     - buildable with with ld --as-needed (Closes: #606004);
  61     - the helper tool bcf-fix.pl was removed.
  62   * Install the manual page of bcftools (debian/rules,
  63     debian/samtools.manpages). Closes: #616025.
  64
  65  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Wed, 02 Mar 2011 13:54:34 +0900
  66
  67 samtools (0.1.12a-1) unstable; urgency=low
  68
  69   * New upstream release.
  70   * Use bzip2 compression for the binary packages (debian/rules).
  71   * Incremented debhelper compatibility level to 8, in case ‘--‘ is not
  72     available in earlier versions (debian/compat, debian/control).
  73
  74  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Fri, 03 Dec 2010 13:32:21 +0900
  75
  76 samtools (0.1.10-1) unstable; urgency=low
  77
  78   * New upstream release.
  79
  80  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Wed, 17 Nov 2010 20:32:40 +0900
  81
  82 samtools (0.1.9-1) unstable; urgency=low
  83
  84   * New upstream release, and new program: bcftools.
  85   * debian/rules, debian/samtools.install: install bcftools, its manpage,
  86     and bcf-fix.pl and vcfutils.pl.
  87   * debian/samtools.examples, debian/rules: install and clean new examples.
  88   * Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.9.1
  89     (debian/control, no changes needed).
  90   * Updated and reformatted debian/copyright according to latest DEP-5 draft.
  91
  92  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Mon, 01 Nov 2010 20:06:32 +0900
  93
  94 samtools (0.1.8-1) unstable; urgency=low
  95
  96   * New upstream release.
  97   * Updated the VCS fields to the current Git repository (debian/control).
  98   * Install python scripts in usr/share/samtools, and suggest python
  99     (debian/samtools.install, debian/rules, debian/control).
 100   * Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.9.0
 101     (debian/control, no changes needed).
 102   * Added notes on how the package is tested (debian/README.Debian).
 103
 104  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Wed, 14 Jul 2010 14:08:59 +0900
 105
 106 samtools (0.1.7a~dfsg-1) unstable; urgency=low
 107
 108   * New upstream release: new script sam2vcf.pl, and many other changes.
 109   * Package converted to the format ‘3.0 (quilt)’ (debian/source/format).
 110   * Wrote a manual page for razip (debian/razip.1).
 111   * Better clean the example directory to make the source package
 112     buildable twice in a row (debian/rules).
 113
 114  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Tue, 17 Nov 2009 21:38:24 +0900
 115
 116 samtools (0.1.6~dfsg-1) unstable; urgency=low
 117
 118   * New upstream release.
 119   * Upstream sources repackaged to remove the win32 directory:
 120     - The removal was done with git-import-orig in a parallel Git repository,
 121       and the corresponding debian/gbp.conf file was added to this package.
 122     - Mangled the ~dfsg string of the Debian version in debian/watch.
 123     - Added a debian/README.source file and explanations in debian/copyright.
 124
 125  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Mon, 14 Sep 2009 21:58:36 +0900
 126
 127 samtools (0.1.5c-2) unstable; urgency=low
 128
 129   * Rebuilt with -fPIC (debian/rules, README.Debian).
 130   * Small corrections to the description from upstream (debian/changelog).
 131   * Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.8.3
 132     (no changes needed).
 133
 134  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Thu, 03 Sep 2009 19:29:40 +0900
 135
 136 samtools (0.1.5c-1) unstable; urgency=low
 137
 138   * Initial release (Closes: #540453)
 139
 140  -- Charles Plessy <plessy@debian.org>  Sun, 16 Aug 2009 14:38:20 +0900