Pysam wants several functions not included in the library

The default samtools makefile has that marked
as an application object, this patch moves it into
the shared library.

Pysam needs more samtools headers.

Added several to the libbam-dev package

Build for most recent ubuntu version

Clean up my patches

Add a end-of-file newline to series and remove the
duplicate patch to enable shared libraries.

Move directory bam headers are installed in

build oneiric version

Don't build xz archives, we want to keep things reasonbly consistent

Include Henry's out-of-memory check.
Builld samtools with a shared library

Mention ‘SAMtools’ in libbam-dev's description, to make it easier to find with apt-cache.

Starting the work on next package update.

Uploading 0.1.18-1 to unstable.

Added a DEP 3 header to debian/patches/no-pileup-tests.patch.

Compress binary packages with xz.

New upstream release.

Updated copyright statements.

Merge commit 'upstream/0.1.18'

Imported Upstream version 0.1.18

Uploading samtools_0.1.17-1_amd64.changes.

Patched the example makefile to not use samtools pileup, deprecated.

bcftools.1 and samtools.1 were merged in upstream release 0.1.17.

New upstream release (no new copyright holder nor license statement).

Merge commit 'upstream/0.1.17'

Imported Upstream version 0.1.17

Uploaded samtools_0.1.16-1_amd64.changes.

Move the headers to /usr/include/samtools.

Distribute transiently sam.h in /usr/include.

Added a configuration file to make it obvious git-buildpackage is used.

New upstream release, introducing two files with new copyright statements.

Merge commit 'upstream/0.1.16'

Imported Upstream version 0.1.16

Uploaded 0.1.15-1 to Sid.

New upstream release (no new copyright notices).

Imported Upstream version 0.1.15

Merge commit 'upstream/0.1.15'

 # Uploaded samtools version 0.1.14-1.

 # New upstream release (new copyright notices and licenses proofchecked).

Imported Upstream version 0.1.14

Merge commit 'upstream/0.1.14'

 # Uploaded 0.1.13 to Sid.

 # bcftools/bcf-fix.pl removed upstream.

 # Copyright review of the diff between 0.1.12 and 0.1.13.

Imported Upstream version 0.1.13

Merge commit 'upstream/0.1.13'

 # Install the manual page of bcftools.

Closes: http://bugs.debian.org/616025

# Uploaded 0.1.12a-1 to Debian.

# Use bzip2 compression for the binary packages and raised DH compat level.

Reason: I am affraid that ‘--’ is not available in lower versions of debhelper.

# New usptream release; no change for licenses or copyrights.

Merge commit 'upstream/0.1.12a'

Imported Upstream version 0.1.12a

Merge commit 'upstream/0.1.11'

Imported Upstream version 0.1.11

 # New upstream release.

Merge commit 'upstream/0.1.10'

Imported Upstream version 0.1.10

 # New upstream release, and new program: bcftools.

 # Install bcftools, its manpage, bcf-fix.pl, vcfutils.pl, and new examples.

 # Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.9.1.

 # Updated and reformatted debian/copyright according to latest DEP-5 draft.

 # New files in the new upstream release.

Imported Upstream version 0.1.9

Merge commit 'upstream/0.1.9'

Added notes on how the package is tested.

New upstream release, with among many changes a new python script.

Copied from SVN revision 4710 and adapted to Git.

This source package is managed with Git since upstream version 1.7~dfsg.

Copyright notice bureaucracy.

Addded a new paragraph to comply with Debian's requirement to document
all copyright statements.

The 1.8 tarball does not contain Windows binaries anymore.

Merge commit 'upstream/0.1.8'

Imported Upstream version 0.1.8

In version 1.8, there are no binary files to remove from the upstream tarball.

Uploaded package after misc. improvements.

  - Updated debian/copyright.
  - Polished and install new razip manual page.
  - Better clean the example directory to make the source package
    buildable twice in a row.

Tidied the minimalistic razip.1 manual page.

Simple manpage created with help2man.

  help2man --no-info --name "Compress and decompress files in RAZip format" ./razip > debian/razip.1

Minor upstream update correcting a build failure.

Merge commit 'upstream/0.1.7a.dfsg'

Imported Upstream version 0.1.7a~dfsg

Converted to the source format ‘3.0 (quilt)’.

Update in preparation for new upstream release.

Imported Upstream version 0.1.7~dfsg

Merge commit 'upstream/0.1.7.dfsg'

Imported Debian patch 0.1.6~dfsg-1

Imported Upstream version 0.1.6~dfsg

Merge branch 'upstream'

Imported Debian patch 0.1.5c-2

Imported Debian patch 0.1.5c-1

Imported Upstream version 0.1.5c