ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r562 | lh3lh3 | 2010-05-09 19:43:56 -0400 (Sun, 09 May 2010) | 2 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/tabix/index.c
   5
   6 Fixed a bug
   7
   8 ------------------------------------------------------------------------
   9 r560 | lh3lh3 | 2010-05-05 10:59:09 -0400 (Wed, 05 May 2010) | 3 lines
  10 Changed paths:
  11    A /trunk/tabix/NEWS
  12    M /trunk/tabix/TabixReader.java
  13    M /trunk/tabix/index.c
  14    M /trunk/tabix/main.c
  15    M /trunk/tabix/tabix.1
  16    M /trunk/tabix/tabix.h
  17
  18  * Release tabix-0.1.5 (r560)
  19  * Improve seeking efficiency. Index file needs to be rebuilt.
  20
  21 ------------------------------------------------------------------------
  22 r559 | lh3lh3 | 2010-05-04 23:11:42 -0400 (Tue, 04 May 2010) | 2 lines
  23 Changed paths:
  24    M /trunk/tabix/main.c
  25
  26 Release tabix-0.1.4 (r559)
  27
  28 ------------------------------------------------------------------------
  29 r558 | lh3lh3 | 2010-05-01 12:48:01 -0400 (Sat, 01 May 2010) | 2 lines
  30 Changed paths:
  31    M /trunk/tabix/TabixReader.java
  32
  33 implement SAM/VCF support; NOT tested yet
  34
  35 ------------------------------------------------------------------------
  36 r557 | lh3lh3 | 2010-05-01 00:42:34 -0400 (Sat, 01 May 2010) | 2 lines
  37 Changed paths:
  38    A /trunk/tabix/TabixReader.java
  39
  40 The Java implementation of tabix.
  41
  42 ------------------------------------------------------------------------
  43 r556 | lh3lh3 | 2010-04-30 22:34:07 -0400 (Fri, 30 Apr 2010) | 4 lines
  44 Changed paths:
  45    M /trunk/tabix/index.c
  46    M /trunk/tabix/knetfile.c
  47    M /trunk/tabix/main.c
  48
  49  * tabix-0.1.3-3 (r556)
  50  * fixed a small memory leak in knetfile
  51  * fixed a minor bug for remote downloading
  52
  53 ------------------------------------------------------------------------
  54 r555 | lh3lh3 | 2010-04-30 22:15:12 -0400 (Fri, 30 Apr 2010) | 4 lines
  55 Changed paths:
  56    M /trunk/tabix/Makefile
  57    M /trunk/tabix/index.c
  58    M /trunk/tabix/main.c
  59
  60  * tabix-0.1.3-2 (r555)
  61  * do not overwrite index file by default
  62  * a little code cleanup
  63
  64 ------------------------------------------------------------------------
  65 r554 | lh3lh3 | 2010-04-30 21:44:31 -0400 (Fri, 30 Apr 2010) | 2 lines
  66 Changed paths:
  67    M /trunk/tabix/index.c
  68
  69 fixed a potential bug for UCSC-like coordinate
  70
  71 ------------------------------------------------------------------------
  72 r553 | lh3lh3 | 2010-04-28 17:43:41 -0400 (Wed, 28 Apr 2010) | 2 lines
  73 Changed paths:
  74    M /trunk/tabix/tabix.tex
  75
  76 minor clarification to the format spec
  77
  78 ------------------------------------------------------------------------
  79 r552 | lh3lh3 | 2010-04-28 16:33:07 -0400 (Wed, 28 Apr 2010) | 3 lines
  80 Changed paths:
  81    M /trunk/tabix/Makefile
  82    M /trunk/tabix/bgzip.c
  83    A /trunk/tabix/tabix.tex
  84
  85  * added the format specification
  86  * fixed a typo in bgzip
  87
  88 ------------------------------------------------------------------------
  89 r550 | petulda | 2010-04-22 11:03:24 -0400 (Thu, 22 Apr 2010) | 1 line
  90 Changed paths:
  91    M /trunk/tabix/bgzip.c
  92
  93 The behaviour changed slightly to mimic gzip. Detect if std descriptors are connected to the terminal.
  94 ------------------------------------------------------------------------
  95 r549 | petulda | 2010-04-22 09:46:10 -0400 (Thu, 22 Apr 2010) | 1 line
  96 Changed paths:
  97    M /trunk/tabix/bgzip.c
  98
  99 Fix in src/dst file detection and slight change of behaviour
 100 ------------------------------------------------------------------------
 101 r548 | petulda | 2010-04-19 04:39:46 -0400 (Mon, 19 Apr 2010) | 1 line
 102 Changed paths:
 103    M /trunk/tabix/index.c
 104
 105 Close file descriptor in ti_list_chromosomes
 106 ------------------------------------------------------------------------
 107 r547 | petulda | 2010-04-16 09:27:11 -0400 (Fri, 16 Apr 2010) | 1 line
 108 Changed paths:
 109    M /trunk/tabix/index.c
 110    M /trunk/tabix/main.c
 111    M /trunk/tabix/tabix.h
 112
 113 Added the -l option for listing chromosomes
 114 ------------------------------------------------------------------------
 115 r544 | lh3lh3 | 2010-03-29 10:58:48 -0400 (Mon, 29 Mar 2010) | 2 lines
 116 Changed paths:
 117    M /trunk/tabix/main.c
 118
 119 removed a line of debugging code
 120
 121 ------------------------------------------------------------------------
 122 r543 | lh3lh3 | 2010-03-19 12:29:16 -0400 (Fri, 19 Mar 2010) | 3 lines
 123 Changed paths:
 124    M /trunk/tabix/index.c
 125    M /trunk/tabix/main.c
 126    M /trunk/tabix/tabix.1
 127
 128  * tabix-0.1.3 (r543)
 129  * fixed another off-by-one bug
 130
 131 ------------------------------------------------------------------------
 132 r542 | lh3lh3 | 2010-03-16 22:35:52 -0400 (Tue, 16 Mar 2010) | 2 lines
 133 Changed paths:
 134    M /trunk/tabix/index.c
 135    M /trunk/tabix/main.c
 136    M /trunk/tabix/tabix.1
 137
 138 Release tabix-0.1.1
 139
 140 ------------------------------------------------------------------------
 141 r506 | lh3lh3 | 2009-11-02 23:20:12 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 2 lines
 142 Changed paths:
 143    M /trunk/tabix/main.c
 144
 145 Release tabix-0.1.0
 146
 147 ------------------------------------------------------------------------
 148 r505 | lh3lh3 | 2009-11-02 23:15:49 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 2 lines
 149 Changed paths:
 150    A /trunk/tabix/tabix.1
 151
 152 documentation
 153
 154 ------------------------------------------------------------------------
 155 r504 | lh3lh3 | 2009-11-02 11:08:18 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 5 lines
 156 Changed paths:
 157    M /trunk/tabix/Makefile
 158    M /trunk/tabix/bgzip.c
 159    M /trunk/tabix/index.c
 160    M /trunk/tabix/main.c
 161    M /trunk/tabix/tabix.h
 162
 163  * tabix-0.0.0-5 (r504)
 164  * fixed a critical bug in fetching data (a typo in fact)
 165  * support SAM (tested on ex1.sam) and VCF (not tested)
 166  * improve the command-line interface
 167
 168 ------------------------------------------------------------------------
 169 r503 | lh3lh3 | 2009-11-02 10:04:43 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 3 lines
 170 Changed paths:
 171    M /trunk/tabix/Makefile
 172    M /trunk/tabix/index.c
 173    M /trunk/tabix/main.c
 174
 175  * tabix-0.0.0-4 (r503)
 176  * index files are bgzf compressed
 177
 178 ------------------------------------------------------------------------
 179 r502 | lh3lh3 | 2009-11-02 09:47:25 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 4 lines
 180 Changed paths:
 181    M /trunk/tabix/index.c
 182    M /trunk/tabix/main.c
 183    M /trunk/tabix/tabix.h
 184
 185  * tabix-0.0.0-3 (r502)
 186  * support meta lines (not tested)
 187  * I am going to make the index file in the BGZF format
 188
 189 ------------------------------------------------------------------------
 190 r501 | lh3lh3 | 2009-11-01 22:03:07 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 3 lines
 191 Changed paths:
 192    M /trunk/tabix/Makefile
 193    M /trunk/tabix/bgzf.h
 194    M /trunk/tabix/index.c
 195    M /trunk/tabix/main.c
 196
 197  * tabix-0.0.0-2 (r501)
 198  * accelerate ti_readline()
 199
 200 ------------------------------------------------------------------------
 201 r500 | lh3lh3 | 2009-11-01 20:49:52 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 3 lines
 202 Changed paths:
 203    M /trunk/tabix/Makefile
 204    M /trunk/tabix/bgzip.c
 205    M /trunk/tabix/index.c
 206    M /trunk/tabix/main.c
 207
 208  * tabix-0.0.0-1 (r500)
 209  * apparently working
 210
 211 ------------------------------------------------------------------------
 212 r499 | lh3lh3 | 2009-11-01 14:04:52 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 213 Changed paths:
 214    D /trunk/tabix/parser.c
 215
 216 obsolete file
 217
 218 ------------------------------------------------------------------------
 219 r498 | lh3lh3 | 2009-11-01 14:04:08 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 220 Changed paths:
 221    M /trunk/tabix/bgzip.c
 222
 223 bgzip is more like gzip in its command-line interface
 224
 225 ------------------------------------------------------------------------
 226 r497 | lh3lh3 | 2009-11-01 13:43:35 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 227 Changed paths:
 228    A /trunk/tabix/Makefile
 229    A /trunk/tabix/bam_endian.h
 230    A /trunk/tabix/bgzf.c
 231    A /trunk/tabix/bgzf.h
 232    A /trunk/tabix/bgzip.c
 233    A /trunk/tabix/index.c
 234    A /trunk/tabix/khash.h
 235    A /trunk/tabix/knetfile.c
 236    A /trunk/tabix/knetfile.h
 237    A /trunk/tabix/ksort.h
 238    A /trunk/tabix/kstring.c
 239    A /trunk/tabix/kstring.h
 240    A /trunk/tabix/main.c
 241    A /trunk/tabix/parser.c
 242    A /trunk/tabix/tabix.h
 243
 244 initial source code. It is BUGGY!
 245
 246 ------------------------------------------------------------------------
 247 r496 | lh3lh3 | 2009-11-01 13:42:39 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 248 Changed paths:
 249    A /trunk/tabix
 250
 251 A generic indexer for TAB-delimited genome position files
 252
 253 ------------------------------------------------------------------------