ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r875 | lh3lh3 | 2010-12-08 12:28:35 -0500 (Wed, 08 Dec 2010) | 2 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/tabix/ChangeLog
   5    M /trunk/tabix/index.c
   6
   7 Fixed a minor bug in generating index
   8
   9 ------------------------------------------------------------------------
  10 r855 | petulda | 2010-11-25 11:50:13 -0500 (Thu, 25 Nov 2010) | 1 line
  11 Changed paths:
  12    M /trunk/tabix/main.c
  13
  14 Disable "unknown target name or minus interval" warning.
  15 ------------------------------------------------------------------------
  16 r775 | petulda | 2010-10-26 15:02:30 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 1 line
  17 Changed paths:
  18    M /trunk/tabix/main.c
  19
  20 Added -h option to print header lines
  21 ------------------------------------------------------------------------
  22 r742 | jmarshall | 2010-09-27 06:47:23 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
  23 Changed paths:
  24    M /trunk/tabix
  25
  26 Add svn:ignore properties for intermediate and generated files.
  27
  28 ------------------------------------------------------------------------
  29 r725 | lh3lh3 | 2010-09-15 13:01:53 -0400 (Wed, 15 Sep 2010) | 2 lines
  30 Changed paths:
  31    M /trunk/tabix/bgzip.c
  32
  33 patches by Peter Chines
  34
  35 ------------------------------------------------------------------------
  36 r714 | lh3lh3 | 2010-09-07 10:13:25 -0400 (Tue, 07 Sep 2010) | 2 lines
  37 Changed paths:
  38    M /trunk/tabix/TabixReader.java
  39    M /trunk/tabix/index.c
  40    M /trunk/tabix/main.c
  41
  42 fixed a bug in C/Java when n_off == 0
  43
  44 ------------------------------------------------------------------------
  45 r712 | lh3lh3 | 2010-09-03 09:21:23 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 2 lines
  46 Changed paths:
  47    M /trunk/tabix/TabixReader.java
  48
  49 fixed a bug in parsing region strings
  50
  51 ------------------------------------------------------------------------
  52 r700 | petulda | 2010-08-25 10:42:37 -0400 (Wed, 25 Aug 2010) | 1 line
  53 Changed paths:
  54    M /trunk/tabix/main.c
  55
  56 Fix: Exit with an error rather than segfault when index is not present and region is queried
  57 ------------------------------------------------------------------------
  58 r696 | petulda | 2010-08-24 10:24:12 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 1 line
  59 Changed paths:
  60    M /trunk/tabix/bgzf.c
  61    M /trunk/tabix/bgzf.h
  62    M /trunk/tabix/index.c
  63    M /trunk/tabix/main.c
  64
  65 Complain about not-bgzipped files and check for noncontinuous chromosome blocks
  66 ------------------------------------------------------------------------
  67 r603 | lh3lh3 | 2010-06-28 10:49:39 -0400 (Mon, 28 Jun 2010) | 2 lines
  68 Changed paths:
  69    M /trunk/tabix/NEWS
  70    M /trunk/tabix/TabixReader.java
  71    M /trunk/tabix/index.c
  72    M /trunk/tabix/main.c
  73
  74 Release tabix-0.2.2
  75
  76 ------------------------------------------------------------------------
  77 r597 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:08:29 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
  78 Changed paths:
  79    M /trunk/tabix/index.c
  80
  81 Change the namespace of sorting, to avoid function name collision with samtools.
  82
  83
  84 ------------------------------------------------------------------------
  85 r582 | lh3lh3 | 2010-06-03 10:40:25 -0400 (Thu, 03 Jun 2010) | 2 lines
  86 Changed paths:
  87    M /trunk/tabix/NEWS
  88    M /trunk/tabix/main.c
  89    M /trunk/tabix/tabix.py
  90
  91 Release tabix-0.2.1
  92
  93 ------------------------------------------------------------------------
  94 r581 | lh3lh3 | 2010-05-24 14:24:24 -0400 (Mon, 24 May 2010) | 2 lines
  95 Changed paths:
  96    M /trunk/tabix/tabix.py
  97
  98 OOP interface with the help from Aaron Quinlan
  99
 100 ------------------------------------------------------------------------
 101 r580 | lh3lh3 | 2010-05-23 23:36:05 -0400 (Sun, 23 May 2010) | 2 lines
 102 Changed paths:
 103    M /trunk/tabix/tabix.py
 104
 105 minor change
 106
 107 ------------------------------------------------------------------------
 108 r579 | lh3lh3 | 2010-05-23 23:25:24 -0400 (Sun, 23 May 2010) | 2 lines
 109 Changed paths:
 110    M /trunk/tabix/tabix.py
 111
 112 For Snow Leopard compatibility
 113
 114 ------------------------------------------------------------------------
 115 r575 | lh3lh3 | 2010-05-12 19:31:27 -0400 (Wed, 12 May 2010) | 4 lines
 116 Changed paths:
 117    M /trunk/tabix/Makefile
 118    M /trunk/tabix/index.c
 119    M /trunk/tabix/tabix.h
 120    A /trunk/tabix/tabix.py
 121
 122  * optionally generate shared library for Mac and Linux
 123  * added a python script that directly calls the shared library
 124  * added a new API for easy python access
 125
 126 ------------------------------------------------------------------------
 127 r574 | lh3lh3 | 2010-05-11 12:14:27 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 2 lines
 128 Changed paths:
 129    M /trunk/tabix/ChangeLog
 130    M /trunk/tabix/NEWS
 131    M /trunk/tabix/perl/Tabix.pm
 132    M /trunk/tabix/perl/TabixIterator.pm
 133    M /trunk/tabix/tabix.1
 134
 135 Release tabix-0.2.0
 136
 137 ------------------------------------------------------------------------
 138 r573 | lh3lh3 | 2010-05-11 12:08:30 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 2 lines
 139 Changed paths:
 140    M /trunk/tabix/Makefile
 141
 142 Added -fPIC
 143
 144 ------------------------------------------------------------------------
 145 r572 | lh3lh3 | 2010-05-11 11:59:07 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 2 lines
 146 Changed paths:
 147    M /trunk/tabix/perl/MANIFEST
 148
 149 update
 150
 151 ------------------------------------------------------------------------
 152 r571 | lh3lh3 | 2010-05-11 11:56:54 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 4 lines
 153 Changed paths:
 154    A /trunk/tabix/example.gtf.gz
 155    A /trunk/tabix/example.gtf.gz.tbi
 156    M /trunk/tabix/index.c
 157    M /trunk/tabix/main.c
 158    M /trunk/tabix/perl/MANIFEST
 159    M /trunk/tabix/perl/Tabix.pm
 160    M /trunk/tabix/perl/Tabix.xs
 161    A /trunk/tabix/perl/TabixIterator.pm
 162    A /trunk/tabix/perl/t
 163    A /trunk/tabix/perl/t/01local.t
 164    A /trunk/tabix/perl/t/02remote.t
 165    M /trunk/tabix/tabix.1
 166    M /trunk/tabix/tabix.h
 167
 168  * improved C/Perl APIs
 169  * added test for Perl
 170  * added an tiny example
 171
 172 ------------------------------------------------------------------------
 173 r570 | lh3lh3 | 2010-05-11 01:04:21 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 2 lines
 174 Changed paths:
 175    M /trunk/tabix/TabixReader.java
 176
 177 fixed the same issue in java
 178
 179 ------------------------------------------------------------------------
 180 r569 | lh3lh3 | 2010-05-11 01:03:24 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 3 lines
 181 Changed paths:
 182    M /trunk/tabix/index.c
 183    M /trunk/tabix/perl/Tabix.pm
 184    M /trunk/tabix/perl/Tabix.xs
 185
 186  * fixed a potential issue in index.c
 187  * improve perl APIs
 188
 189 ------------------------------------------------------------------------
 190 r568 | lh3lh3 | 2010-05-10 23:46:21 -0400 (Mon, 10 May 2010) | 2 lines
 191 Changed paths:
 192    M /trunk/tabix/perl/Tabix.xs
 193
 194 return an array from get_names()
 195
 196 ------------------------------------------------------------------------
 197 r567 | lh3lh3 | 2010-05-10 23:38:46 -0400 (Mon, 10 May 2010) | 4 lines
 198 Changed paths:
 199    M /trunk/tabix/TabixReader.java
 200    M /trunk/tabix/index.c
 201    A /trunk/tabix/perl
 202    A /trunk/tabix/perl/MANIFEST
 203    A /trunk/tabix/perl/Makefile.PL
 204    A /trunk/tabix/perl/Tabix.pm
 205    A /trunk/tabix/perl/Tabix.xs
 206    A /trunk/tabix/perl/typemap
 207    M /trunk/tabix/tabix.h
 208
 209  * added the initial perl binding. The interface needs to be improved.
 210  * added a new API for perl binding
 211  * fixed a potential bug in java.
 212
 213 ------------------------------------------------------------------------
 214 r565 | lh3lh3 | 2010-05-09 23:24:35 -0400 (Sun, 09 May 2010) | 2 lines
 215 Changed paths:
 216    M /trunk/tabix/main.c
 217
 218 Release tabix-0.1.6
 219
 220 ------------------------------------------------------------------------
 221 r564 | lh3lh3 | 2010-05-09 23:01:49 -0400 (Sun, 09 May 2010) | 2 lines
 222 Changed paths:
 223    M /trunk/tabix/index.c
 224
 225 fixed a typo
 226
 227 ------------------------------------------------------------------------
 228 r563 | lh3lh3 | 2010-05-09 22:58:26 -0400 (Sun, 09 May 2010) | 2 lines
 229 Changed paths:
 230    A /trunk/tabix/ChangeLog
 231    M /trunk/tabix/NEWS
 232    M /trunk/tabix/index.c
 233    M /trunk/tabix/main.c
 234    M /trunk/tabix/tabix.h
 235
 236 If nothing bad happens, this will become 0.1.6
 237
 238 ------------------------------------------------------------------------
 239 r562 | lh3lh3 | 2010-05-09 19:43:56 -0400 (Sun, 09 May 2010) | 2 lines
 240 Changed paths:
 241    M /trunk/tabix/index.c
 242
 243 Fixed a bug
 244
 245 ------------------------------------------------------------------------
 246 r560 | lh3lh3 | 2010-05-05 10:59:09 -0400 (Wed, 05 May 2010) | 3 lines
 247 Changed paths:
 248    A /trunk/tabix/NEWS
 249    M /trunk/tabix/TabixReader.java
 250    M /trunk/tabix/index.c
 251    M /trunk/tabix/main.c
 252    M /trunk/tabix/tabix.1
 253    M /trunk/tabix/tabix.h
 254
 255  * Release tabix-0.1.5 (r560)
 256  * Improve seeking efficiency. Index file needs to be rebuilt.
 257
 258 ------------------------------------------------------------------------
 259 r559 | lh3lh3 | 2010-05-04 23:11:42 -0400 (Tue, 04 May 2010) | 2 lines
 260 Changed paths:
 261    M /trunk/tabix/main.c
 262
 263 Release tabix-0.1.4 (r559)
 264
 265 ------------------------------------------------------------------------
 266 r558 | lh3lh3 | 2010-05-01 12:48:01 -0400 (Sat, 01 May 2010) | 2 lines
 267 Changed paths:
 268    M /trunk/tabix/TabixReader.java
 269
 270 implement SAM/VCF support; NOT tested yet
 271
 272 ------------------------------------------------------------------------
 273 r557 | lh3lh3 | 2010-05-01 00:42:34 -0400 (Sat, 01 May 2010) | 2 lines
 274 Changed paths:
 275    A /trunk/tabix/TabixReader.java
 276
 277 The Java implementation of tabix.
 278
 279 ------------------------------------------------------------------------
 280 r556 | lh3lh3 | 2010-04-30 22:34:07 -0400 (Fri, 30 Apr 2010) | 4 lines
 281 Changed paths:
 282    M /trunk/tabix/index.c
 283    M /trunk/tabix/knetfile.c
 284    M /trunk/tabix/main.c
 285
 286  * tabix-0.1.3-3 (r556)
 287  * fixed a small memory leak in knetfile
 288  * fixed a minor bug for remote downloading
 289
 290 ------------------------------------------------------------------------
 291 r555 | lh3lh3 | 2010-04-30 22:15:12 -0400 (Fri, 30 Apr 2010) | 4 lines
 292 Changed paths:
 293    M /trunk/tabix/Makefile
 294    M /trunk/tabix/index.c
 295    M /trunk/tabix/main.c
 296
 297  * tabix-0.1.3-2 (r555)
 298  * do not overwrite index file by default
 299  * a little code cleanup
 300
 301 ------------------------------------------------------------------------
 302 r554 | lh3lh3 | 2010-04-30 21:44:31 -0400 (Fri, 30 Apr 2010) | 2 lines
 303 Changed paths:
 304    M /trunk/tabix/index.c
 305
 306 fixed a potential bug for UCSC-like coordinate
 307
 308 ------------------------------------------------------------------------
 309 r553 | lh3lh3 | 2010-04-28 17:43:41 -0400 (Wed, 28 Apr 2010) | 2 lines
 310 Changed paths:
 311    M /trunk/tabix/tabix.tex
 312
 313 minor clarification to the format spec
 314
 315 ------------------------------------------------------------------------
 316 r552 | lh3lh3 | 2010-04-28 16:33:07 -0400 (Wed, 28 Apr 2010) | 3 lines
 317 Changed paths:
 318    M /trunk/tabix/Makefile
 319    M /trunk/tabix/bgzip.c
 320    A /trunk/tabix/tabix.tex
 321
 322  * added the format specification
 323  * fixed a typo in bgzip
 324
 325 ------------------------------------------------------------------------
 326 r550 | petulda | 2010-04-22 11:03:24 -0400 (Thu, 22 Apr 2010) | 1 line
 327 Changed paths:
 328    M /trunk/tabix/bgzip.c
 329
 330 The behaviour changed slightly to mimic gzip. Detect if std descriptors are connected to the terminal.
 331 ------------------------------------------------------------------------
 332 r549 | petulda | 2010-04-22 09:46:10 -0400 (Thu, 22 Apr 2010) | 1 line
 333 Changed paths:
 334    M /trunk/tabix/bgzip.c
 335
 336 Fix in src/dst file detection and slight change of behaviour
 337 ------------------------------------------------------------------------
 338 r548 | petulda | 2010-04-19 04:39:46 -0400 (Mon, 19 Apr 2010) | 1 line
 339 Changed paths:
 340    M /trunk/tabix/index.c
 341
 342 Close file descriptor in ti_list_chromosomes
 343 ------------------------------------------------------------------------
 344 r547 | petulda | 2010-04-16 09:27:11 -0400 (Fri, 16 Apr 2010) | 1 line
 345 Changed paths:
 346    M /trunk/tabix/index.c
 347    M /trunk/tabix/main.c
 348    M /trunk/tabix/tabix.h
 349
 350 Added the -l option for listing chromosomes
 351 ------------------------------------------------------------------------
 352 r544 | lh3lh3 | 2010-03-29 10:58:48 -0400 (Mon, 29 Mar 2010) | 2 lines
 353 Changed paths:
 354    M /trunk/tabix/main.c
 355
 356 removed a line of debugging code
 357
 358 ------------------------------------------------------------------------
 359 r543 | lh3lh3 | 2010-03-19 12:29:16 -0400 (Fri, 19 Mar 2010) | 3 lines
 360 Changed paths:
 361    M /trunk/tabix/index.c
 362    M /trunk/tabix/main.c
 363    M /trunk/tabix/tabix.1
 364
 365  * tabix-0.1.3 (r543)
 366  * fixed another off-by-one bug
 367
 368 ------------------------------------------------------------------------
 369 r542 | lh3lh3 | 2010-03-16 22:35:52 -0400 (Tue, 16 Mar 2010) | 2 lines
 370 Changed paths:
 371    M /trunk/tabix/index.c
 372    M /trunk/tabix/main.c
 373    M /trunk/tabix/tabix.1
 374
 375 Release tabix-0.1.1
 376
 377 ------------------------------------------------------------------------
 378 r506 | lh3lh3 | 2009-11-02 23:20:12 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 2 lines
 379 Changed paths:
 380    M /trunk/tabix/main.c
 381
 382 Release tabix-0.1.0
 383
 384 ------------------------------------------------------------------------
 385 r505 | lh3lh3 | 2009-11-02 23:15:49 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 2 lines
 386 Changed paths:
 387    A /trunk/tabix/tabix.1
 388
 389 documentation
 390
 391 ------------------------------------------------------------------------
 392 r504 | lh3lh3 | 2009-11-02 11:08:18 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 5 lines
 393 Changed paths:
 394    M /trunk/tabix/Makefile
 395    M /trunk/tabix/bgzip.c
 396    M /trunk/tabix/index.c
 397    M /trunk/tabix/main.c
 398    M /trunk/tabix/tabix.h
 399
 400  * tabix-0.0.0-5 (r504)
 401  * fixed a critical bug in fetching data (a typo in fact)
 402  * support SAM (tested on ex1.sam) and VCF (not tested)
 403  * improve the command-line interface
 404
 405 ------------------------------------------------------------------------
 406 r503 | lh3lh3 | 2009-11-02 10:04:43 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 3 lines
 407 Changed paths:
 408    M /trunk/tabix/Makefile
 409    M /trunk/tabix/index.c
 410    M /trunk/tabix/main.c
 411
 412  * tabix-0.0.0-4 (r503)
 413  * index files are bgzf compressed
 414
 415 ------------------------------------------------------------------------
 416 r502 | lh3lh3 | 2009-11-02 09:47:25 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 4 lines
 417 Changed paths:
 418    M /trunk/tabix/index.c
 419    M /trunk/tabix/main.c
 420    M /trunk/tabix/tabix.h
 421
 422  * tabix-0.0.0-3 (r502)
 423  * support meta lines (not tested)
 424  * I am going to make the index file in the BGZF format
 425
 426 ------------------------------------------------------------------------
 427 r501 | lh3lh3 | 2009-11-01 22:03:07 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 3 lines
 428 Changed paths:
 429    M /trunk/tabix/Makefile
 430    M /trunk/tabix/bgzf.h
 431    M /trunk/tabix/index.c
 432    M /trunk/tabix/main.c
 433
 434  * tabix-0.0.0-2 (r501)
 435  * accelerate ti_readline()
 436
 437 ------------------------------------------------------------------------
 438 r500 | lh3lh3 | 2009-11-01 20:49:52 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 3 lines
 439 Changed paths:
 440    M /trunk/tabix/Makefile
 441    M /trunk/tabix/bgzip.c
 442    M /trunk/tabix/index.c
 443    M /trunk/tabix/main.c
 444
 445  * tabix-0.0.0-1 (r500)
 446  * apparently working
 447
 448 ------------------------------------------------------------------------
 449 r499 | lh3lh3 | 2009-11-01 14:04:52 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 450 Changed paths:
 451    D /trunk/tabix/parser.c
 452
 453 obsolete file
 454
 455 ------------------------------------------------------------------------
 456 r498 | lh3lh3 | 2009-11-01 14:04:08 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 457 Changed paths:
 458    M /trunk/tabix/bgzip.c
 459
 460 bgzip is more like gzip in its command-line interface
 461
 462 ------------------------------------------------------------------------
 463 r497 | lh3lh3 | 2009-11-01 13:43:35 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 464 Changed paths:
 465    A /trunk/tabix/Makefile
 466    A /trunk/tabix/bam_endian.h
 467    A /trunk/tabix/bgzf.c
 468    A /trunk/tabix/bgzf.h
 469    A /trunk/tabix/bgzip.c
 470    A /trunk/tabix/index.c
 471    A /trunk/tabix/khash.h
 472    A /trunk/tabix/knetfile.c
 473    A /trunk/tabix/knetfile.h
 474    A /trunk/tabix/ksort.h
 475    A /trunk/tabix/kstring.c
 476    A /trunk/tabix/kstring.h
 477    A /trunk/tabix/main.c
 478    A /trunk/tabix/parser.c
 479    A /trunk/tabix/tabix.h
 480
 481 initial source code. It is BUGGY!
 482
 483 ------------------------------------------------------------------------
 484 r496 | lh3lh3 | 2009-11-01 13:42:39 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 485 Changed paths:
 486    A /trunk/tabix
 487
 488 A generic indexer for TAB-delimited genome position files
 489
 490 ------------------------------------------------------------------------